马经纶，字主一，顺天通州人。万历十七年(1589)进士，授职肥城知县，入京担任御史。
万历二十三年(1595)冬天，兵部考选军政。皇帝说只有副千户的，不宜擅自戴四品官职。指责部臣徇私，兵科不检举揭发。降武选郎韩范、都给事中吴文梓杂职。降员外郎曾伟芳，主事江中信、程僖、陈楚产，给事中刘仕瞻三级官阶，调往边远地区。由于御史区大伦、俞价、强思，给事中张同德议论事情常常违背圣旨，也降了三级官。而五城御史夏之臣、朱凤翔、涂乔迁、时偕行、杨述中抄没宦官客用之家，不称皇上旨意，一起贬为边远地区的典史。又因为客用的资财藏在崇信伯费甲金的家里，刑部拷问却无实据，发配郎中徐维濂到外地。一时之间，严旨频繁下达，并且得不到千户的主名，满朝廷臣都很震动害怕。这时东厂太监张诚失去皇帝的宠幸。张诚的家奴锦衣副千户霍文炳应当提升指挥佥事，部臣先已奏请，而皇帝却想找机会怪罪言官，于是用这事作为罪状。不久又移怒于两京的科道，认为他们故意保持沉默，下命掌印官将他们全都贬降三级。于是给事中耿随龙、邹廷彦、黎道昭、孙羽侯、黄运泰、毛一公，御史李宗延、顾际明、袁可立、綦才、吴礼嘉、王有功、李固本，南京给事中伍文焕、费必兴、卢大中，御史柳佐、聂应科、李文熙等十九人全都调任外地，留在两京的全都停发一年的薪俸。又下令吏部列上官职名称，再次罢免御史冯从吾、薛继茂、王慎德、姚三让四个人。大学士赵志皋、陈于陛、沈一贯及九卿各自上疏争论，尚书石星请求辞职来安慰各臣，皇帝都不采纳。陈于陛又特别上疏申救。皇帝发怒了，命令降各人为杂职，全都调往边地。尚书孙丕扬等人以为诏旨转严，再次上疏乞求宽恕。皇帝更加忿怒，全都剥夺官职贬为平民。马经纶十分气愤，上疏说：
“近来多次接到严旨，排斥驱逐南北的言官。臣幸蒙皇恩，罚俸禄供职，今天是臣诤言进谏的时候了。陛下数年以来，深居简出清静无为。君臣之间隔绝，朝廷内外都有隐忧。所依靠的言路各臣，公开为国家裁辨邪正，指斥奸雄。虽然庙堂处分，未必能够协调舆论，而缙绅的公议，颇足以维持世风，这是高庙神灵实际明察而加以保佑的。作为耳目的台省它所起的作用是很大的，陛下为什么要在一时之间闭塞自己的耳目呢？
因为兵部考察的缘故，从而怪罪兵科是对的。却因此而蔓延到其他给事中，又波及牵连到各御史。离职的不明白应负什么罪责，留任的不明白被原谅的因由。虽然圣意深微，不能轻易理解，而道听途说的传闻，又啧有烦言。陛下近年来讨厌苦恼言官，动辄加上渎职骚扰的罪名，现在忽然改变策略，用闭口不言来怪罪他们。
以不发表言论来怪罪言官，言官还有什么话可说。臣暗中观察陛下加给言官的罪责，比起言官的罪过来，还算小的。言官今日闭口不语，有五大罪过。陛下不郊祭上天已有多年了，言官却不曾援引典故上殿直言进谏，这是让陛下处于不敬天的境地，罪过之一。陛下不祭祀祖先已有多年了，言官却不曾用至诚的态度，及时直言进谏，这是让陛下不敬祖，罪过之二。陛下不亲临朝政，停止朝讲，言官说了却不能坚持到底，这是让陛下不能像祖宗那样勤政，罪过之三。陛下不能坚决远离奸邪的人，不能坚定地任用贤能的人，言官说了却不能坚持让陛下做到，这是让陛下不能像祖宗那样任用贤能，罪过之四。陛下喜好钱财成癖，对下属缺乏恩惠，近宫之内，积怨待变，言官都很担心，却终于没有能够冒犯陛下，劝阻陛下，这是让陛下甘愿抛弃执政的初衷，而不能善始善终。罪过之五。言官有这等大罪，陛下肯奋然励精图治而用这五大罪过怪罪他们，岂不是很恰当的吗！为什么要责怪他们缄口不语，不用此而用彼呢？
“近来廷臣轮番上疏辩论营救，陛下不但不肯恢复他们的职位，还将他们落职为民。各位官员本来来自平民，现在让他们回复为平民，又有什么遗憾呢？臣只是担心朝廷的举措不能停止，大臣的忠诚不可违背。陛下不听内阁奏疏的挽救，改降级为赴任杂职，那么辅臣还有什么脸面？这是自己疏远自己的心腹啊。陛下不听各部的奏疏营救，改任杂职者为平民，那么九卿又有什么脸面？这是自己伤害自己的股肱啊！君臣本为一体，元首虽然重要，也要依靠股肱心腹耳目的帮助，现在却自塞耳目、自离心腹、自伤股肱，陛下将和谁一起共同治理天下的事情？
“君主受命于天，跟臣子受命于君，道理是一样的。言官本没有大罪，陛下一旦震怒，就定他们失职罪，没有一个人敢违抗命令。既然大失人心，一定违背了上天的旨意。万一上天震怒，因陛下不郊天不祭祖、不上朝不朝讲、不惜贤才、不看轻钱财，追究陛下失人君之职，而赫然降下非同寻常的灾难，不知道陛下那时还能否违抗天命么？臣子不能违抗君主，君主不能违抗上天，这道理十分明白，陛下难道不思为国家社稷打算吗？”
皇帝大怒，也将他贬官三级，派往外地。
马经纶被贬之后，工科都给事中海阳林熙春等人上疏说：“陛下气愤言官缄默，排斥驱逐三十余人，臣等不胜惊恐。现在御史马经纶慷慨陈言，臣等窃以为陛下一定会对他温旨褒奖，没想到也跟着被贬斥。这是因为提建议有罪呢，还是因为不提建议有罪呢？臣等不能理解。先前怪罪的，既然是由于不说的缘故，当今所怪罪的，又因为敢说的缘故，这真是叫臣等无所适从啊！陛下若真以不进言为失职，则臣等不难进忧危的苦词；若以直言为逆旨，则臣等不难仿效暗中保持缄默的成习。只怕朝廷之上，全都阿谀奉承以讨陛下的欢心，这不是君主的福气啊。臣等富贵荣辱的心念难道与常人不同？然而臣等宁愿直言进谏而不愿阿谀奉承，只不过是沐浴了二百余年来大明的养士之恩，不辜负君父，并且不辜负此生罢了。陛下为什么要深恶痛绝，如此折辱臣等啊？”皇帝更加恼怒，贬林熙春为茶盐判官，加倍贬斥马经纶为典史。林熙春于是称病离职。这一天，御史定兴鹿久征等人也上疏，请求与各臣同罪，被贬为泽州判官。二疏列有数十人的名字，全部都剥夺俸禄。
不久，南京御史东莞林培上疏陈述时政。皇帝追怒马经纶，竟将他贬为平民。回家乡之后，闭门隐居达十年之久。马经纶死后，他的门人私下谥号为闻道先生。
天启初年，恢复马经纶的官衔，赠为太仆少卿。