傅应祯，字公善，江西安福人。隆庆五年(1571)中进士，授职零陵知县。剿杀洞庭强盗，将祁阳有盗名的大土匪治罪，使老百姓得到安宁。后调任溧水知县。
万历三年(1575)升为御史。张居正执掌国事，傅应祯是他的门生，对时事有所思虑，遂上疏陈述重视君之道德、解除百姓负担、广开言路三件事，说：
“近来雷鸣震及端门的兽吻，京师及四方的地震频频发生，但没有听说发出诏书自己反省的，难道真的是天变不足以害怕吗？在真定，派驻征税宦官本来不是旧制度，正统年间曾暂时实行过，先皇帝采纳李芳的建议，已下诏停止了，而陛下想跟着实行缺德之事，难道真是祖宗不能效法吗？给事中朱东光上奏陈述治理地方事，不一定可与古代敢言直谏的人相比，竟把他的奏章留在禁中不下发，难道真的是意见不足以值得重视吗？这样的三不足，是王安石所以耽误宋朝的原因，不能不引以为戒。
“陛下登位的时候，自隆庆改元后的欠租，一一蠲免，四年以前的免除三分征收七分，恩眷优厚。皇上怜恤之情已尽到了，但下面的拖欠仍在拖欠，没有一个能够将欠下的全部还清的，为什么呢？小民一年的收入，仅可以供给一年，没有余力偿还欠收。最近制定如果输税没有达到限额的，由按抚官纠察，郡县予以调整。各位大臣害怕调遣，于是催促更为严厉。致使百姓流离失所，怨声载道，上达于天庭。难道这是太平的气象，陛下愿意听到的吗？请求下诏，不是官吏吞没的，其他欠租全部免除。老百姓的困难得到解除，灾害自然没有了。
“陛下登基时，任用正直的大臣石星、李巳，大臣们无不感到欣慰。现在赵参鲁纠正时弊被贬为典史，余懋学上陈时政被禁止终身参予政治。其他像胡轨礼、裴应章、侯于赵、赵焕等议论朝政，被冷落在一旁。如初时政情相比如何？我请求提拔赵参鲁在京城任职，恢复余懋学的官职，以作为大臣进言的榜样。”
上疏呈上，张居正认为疏中提到王安石之语是影射自己，大怒，下旨责问；又因为奏中论及到余懋学，将他逮捕下狱，严厉追问他的党羽。傅应祯临死都没有承认什么，于是被贬到定海。给事中严用和、御史刘天衢等上疏营救，皇上不听。当傅应祯被关进狱中后，给事中徐贞明带着御史李祯、乔岩看望他。锦衣帅余阴上告，三个人也被贬。
万历十一年(1583)，皇上采纳御史孙继先的意见，下诏恢复他的官职。皇上将临幸昌平检查墓道，而蓟镇出现军事警报，傅应祯劝皇上不要去，且上陈边防战备特别详悉。皇上以奖赏的语气予以回答。不久，提升为南京大理寺丞。临行前，上奏推荐了海内知名人士三十七人。没有多久，因病归家，三年后去世。赠本寺右少卿。傅应祯同县人刘台同时中进士，担任御史，同样得罪张居正招致祸患，乡人一同在祠堂祭祀他们。