郭惟贤，字哲卿，晋江人。万历二年(1574)进士，从清江知县征拜为南京御史。张居正已经死了，吴中行、赵用贤等还未被启用。恰好皇长子出生，皇上下诏赦免天下，郭惟贤因此请求召回被贬的大臣。冯保很讨厌这话，因此将他贬为江山县丞。冯保因罪被处置后，郭惟贤官复原职。弹劾左都御史陈..看权贵眼色行事，将御史赵耀、赵应元弹劾罢职，因此不能再掌管监察事宜。陈..被免去职务。他又推荐王锡爵、贾三近、孙钅龙、何源、孙丕扬、耿定向、曾同亨、詹仰庇，这些人都被征召。主事董基劝谏皇宫内操练之事被贬，郭惟贤援救他，违背圣旨，调任南京大理评事。给事中阮子孝、御史潘惟岳等相继上疏救助，皇上发怒，不同程度地扣发了这些人的俸禄。郭惟贤不久升户部主事，后担任过顺天府丞。
万历二十年(1592)以右佥都御史身份巡抚湖广。景王分封在德安府，田土比别的藩王多一倍多，藩国绝灭后景王的赋额还在征收。等到皇上弟弟潞王分封在卫辉，将景王的赋税都给了他。潞王上奏说赋税不到规定的数目，皇上停发监司以下官职的俸禄，下令巡按赶紧奏报。郭惟贤说：“景府的赋额都是奸民投献的，乱说数目，我为潞王勘察田亩，增加赋税二万五千，不是像以前奏报的那个假数目，潞王反而说不足，为什么？况且潞王府离湖北很远，不如让有关官吏征收，转送给潞王府。《会典》上说皇庄以及勋贵、外戚的官庄，遇到灾荒与民田一样蠲减。现在襄水汉江涨水，潞王府的佃民逃亡过半，请求按原例蠲减。”又说：“长沙、宝庆、衡州三卫军戍守武冈，而永州、宁远诸卫远戍广西，因太潮湿而死去的人无数。请求分别轮流戍守武冈，停止戍守广西。”皇上都予以同意。承天府守备中官因为征收兴邸的旧赋，请求将潜江知县及佃民治罪，皇上下诏让抚按官逮捕。郭惟贤说：“我巡抚楚地，没有不过问的事。现在中官责问，而我等去追捕，我实在不能干。”皇上认为他的话直爽，于是停止实行命令。不久，他请求用太和山的香税充潞王所欠下的俸禄，不要加派于百姓，又请求以周敦颐的父亲辅成从祀启圣。皇帝均下诏听从他的意见。
入京师为左佥都御史。他说考核选用官员不应当长久停止，言官不应当长久被拘囚，御史官员不应久缺。尔后又说天下多有变故，是从大官至监司都有缺漏而没有补上，政事日益废弛，而且因劝谏被贬的人不下百余人，效忠的人都被永远贬斥而不任用。皇上不接受他的意见。不久升左副都御史，他请求尽早设立皇储，谨慎地对待辅臣，赶紧实行考选，尽快将推荐人才的奏疏发下，皇上都不予回答。过了很久，因家人去世回乡。后起用为户部左侍郎，没有上任就死了。赠为右都御史。天启初年，追谥号为恭定。