吕坤，字叔简，宁陵人，万历二年(1574)的进士。担任襄垣知县，有卓著的政绩。调往大同，授职为户部主事，历任郎中。调任山东参政、山西按察使、陕西右布政使。升任右佥都御史，巡按山西。过了三年，被召回任左佥都御史。历任刑部左、右侍郎。
万历二十五年(1597)五月上奏陈述国家的安危，大意是说：
“我私下以为从元旦以来，天气昏黄，日光暗淡，占卜的人认为是乱世的征兆。现在国家的形势，已经出现混乱的迹象，还没爆发。全国的民众，已经萌发祸乱之心，却还没有人倡导。现在的政治，都是播下祸乱的机会使人行动，帮助骚乱的人使之得以首倡的借口。我斗胆将救世的要务，向陛下陈述。自古有四种人对祸乱感到高兴。一是无依靠的人，得不到温饱，自己和家庭都困窘，就怀有骚乱的想法，希望延缓即将死去的生命。二是无德行的人，心气高亢性格强悍，对生命轻率，藐视法律，平常爱慕玉帛和女人却得不到，等到有变乱就图谋劫掠。三是信奉邪教的人，白莲教的社团，遍及四方，教主与小头目成群。倘若有首领召唤，他们就会归附。四是行为不轨的人，乘混乱之机，妄想称雄。只希望目前有变乱，不喜欢天下太平。陛下约束自己爱护别人，自己受损却使百姓受益，那么四种人都会成为赤诚的百姓，否则就会全部成为仇敌。
“现在天下苍生的贫困很清楚，从万历十年(1582)以来，没有一年无灾害，催收的课税依旧。我长期在京城外做官，看到陛下的赤子受冻却没有遮体的衣服，饥肠辘辘，吃了上顿无下顿，房屋没有遮盖，连茅草房子也不完整；流民一天天增加，废弃的土地很多；留下的人负担走了的人的粮食，活着的人承担死了的人的劳役。国君的门庭辽阔万里，谁能仰望申诉。现在国家的财政开支耗尽的情况很清楚。多年来修建寿宫耗资近百万两，织造耗资百万两，宁夏的变乱耗资近百万两，黄河决堤耗资近百万两，现在国家大工程、采木费又各有近百万两。土地没有扩展，百姓没有增多，没有天降豆类、地冒黄金的好事，怎么办呢？现在国家的防御概况很清楚。三大营的兵马护卫京城，马匹有一半羸弱衰老，人员有半数年老体弱。九处边关的兵马是为了抵御外敌的却都勇于挟制皇上，害怕与北方少数民族作战。外卫的兵马是预备征调和支援守备的，却因为劳役的占用使队伍缺员。家庭拖累于生计，仅存皮骨，军府何所依赖？假设有千名骑兵横行四方，国家就兵马不够用，必然选择百姓中的壮丁。用怨愤的百姓与怨愤的百姓战斗，与谁联合作战？
“人心是国家的命脉。现在的人心，只希望陛下收聚罢了。关、陇的气候寒冷、土地贫瘠，百姓的生活实在艰辛。织造花绒，户户贫困于逼纳。提花染色，日夜不得休息，一千只手历时一年也完不成一匹。其他的如山西的纟由，苏、松的锦绮，每年的定额完成后，又不断加造。至于饶州的磁器，西域的回青，不急需的东西，徒然使百姓受敲骨之累。陛下确实能停罢一切，就收聚了江南、陕西的民心。
“就采木而言。一丈八尺的粗木，不算百年的树木。深山穷谷，蛇虎杂居，毒雾缭绕，人烟稀少，因为寒暑饥渴患痢疾死亡的人不谈。就是一根木材刚放倒，千人也难以移动，倘若遇上阻隔艰辛，必然出现伤亡。蜀地百姓称‘入山一千人，出山剩五百’，哀怨很清楚。至于像海木，虽然官价是一株一千两银子，等到运抵京城，费用何止一万两。我看到楚、蜀的百姓，谈到采伐木料，没有人不哽咽。假设减少数量，增加价值，多给些时间，减小尺寸，就收聚了川、贵、湖广的民心。
“就采矿而言。南阳各府，年年闹饥荒，刚刚恢复生机，脸上的饥饿之色还没改变。自从责令报告殷实的人家，但是半数已经惊恐地逃亡了。自从不供应矿夫和官兵的口粮，多数人都快累死。自从都御史李盛春下严令责罚，抚按又怕治罪不敢说话。现在矿砂没有利润，责令百姓交纳银两，而奸人仲春又设计掠夺蚕食。朝廷得到一两银子，郡县的开支上千倍。果真下令告诫使者，不要乱征银两，有像仲春一样侵犯、掠夺百姓的人，杀无赦，就收聚了四方的人心。
“官店的租银收取、押送，从赵承勋时达到四千，因而开设了皇店。自从朝廷派遣太监，因而事权加重。市井是贫民谋取丝毫之利以养家饣胡口的场所，陛下享有全国的财富，对它有什么依赖？况且冯保有八家店铺，有多少房屋，每年却有四千两的课税。课税既然有四千两，征收的数目何止几倍。不掠夺市井的百姓，钱怎么能得来？现在富家派仆人开设店铺，居民尚且遭殃，况且特派的显赫的太监，受赐诏书，逞压卵之威，施行竭泽而渔的行为，难道还顾忌百姓的困苦吗？陛下撤回太监，责令有司输送课税，就收聚了京郊的人心。
“天下的宗室，都是九庙先祖的子孙。王守仁、王锦袭是盖世的神奸。籍贯相距数千里，却冒充是王弼的子孙；事情相隔三百年，却妄称接受寄存的财产。其间伪造圣旨，假传诏令，明地欺骗圣上，暗中陷害亲王，有的人像楚王含恨自杀，陛下拿什么话来告慰高皇帝？这两个贼人罪当诛杀，仅停止命令回归原籍，我担心万众惊讶生疑。果真马上斩决两名贼人以告慰楚王，就收聚天下宗族藩府人的心。
“崇信伯费甲金的贫困，十箱珠宝的谣言，都是全国知晓的。开始错在科道道听途说，严加追查也不为过。现在真正知道他受冤枉，又做禁锢，确实是加害无辜。请归还费甲金被剥夺的俸禄，为五城厂卫中被降职的人恢复官职，就收聚了功臣、外戚的人心。
“法律是平定天下的力量。它的轻重，太祖已经定为准则，列位圣祖又增添则例。如果轻重可以依照喜怒的情况，那么则例不能成为确定的法令。我在刑部供职多年，每次看到诏狱一下达，主张公平的人大都有违皇上的意愿，主张严惩的人都合乎皇上的心意。像往年陈恕、王正甄、常照等人的狱案，我们欺骗上天哄骗百姓，已经自己废止了法令，陛下还认为判轻了，全部施加处死极刑，这样律例又有什么作用呢？果真遵从刑部公平的裁决，鼓励遵奉祖宗的法规，就收聚了狱中人心。
“自古圣明的君主，难道乐意听诽谤的话吗？然而力求谏言、奖赏劝谏的人，知道国家的存亡与言路的畅通或堵塞相关。近来驱逐的人很多，选举和候补都罢除了。皇宫紧闭，帝位崇高，如果不广泛运用耳目观察，怎么能让圣人的圣明普照万里。现在陛下听到的，都是大家敢讲的事情，他们不敢讲的事情，陛下听不到。一人孤立在万乘之上，整个朝廷没有冲犯龙颜讲逆耳之言的人，一时快乐，却存忧他日。陛下果真释放曹学程，恢复吴文梓的官职，凡是因劝谏被治罪的人，全部将他们分别录用，就收聚了士大夫的心。
“朝鲜紧临我东部边疆，接近我们的肘腋，平壤西边邻近鸭绿江，晋州正对着登州、莱州。倘若倭寇夺取了它，聚众当兵。就地取得给养，进攻可以切断我们的漕运线，退守可以窥视我们辽东。不到一年，京城受困，这是国家的大忧患。他们请求援兵就推三推四，答应派兵又延缓时间；等到力量穷尽势力折转，他们不投靠倭寇不会终结。陛下果真早先确定大计，全力东征，就可以收聚属国的人心。
“全国输送的财物，筹办很苦，转运更艰辛。等到送入内库，大抵已经腐朽糜烂，万姓之民的脂膏，化为尘土。倘若一年核查一次，东西苦恶粗劣就对监收的人施加严刑，腐朽了就对负责看守的人判重刑，整顿一次，一年的物资可以够三年享用，每年节省不下百万两，就收聚了输送、押解人的心。
“自从抄家、没收财物法令严重，株连的人很多。因为转寄而治罪，就没收家产。被诬告藏私，就会互相株连亲人和熟识的朋友。住宅一旦被查封，鸡猪大半饿死，人一扫地出门，亲戚就不敢收留、隐藏。加上官吏严酷，兵丁严密搜索，年轻的妇女，也命令解开衣裳。我曾目睹过，我遮掩上眼睛，鼻子发酸。这些难道都是元凶的家、罪行深重的人吗？一字牵连，众口难辩解。奸人又乘机恐吓，榨取钱财，不足数不罢休。半年之中，骚扰整座京城，陛下知不知道？希望对抄家、没收财产的举动慎重行事，释放无辜囚禁的人，就收聚了京城人的心。
“列位圣祖在位时，难道缺少宦官、宫妾？然而死于鞭笞之下的事，却听到很少。陛下几年来，疑心重怒气大。广庭中，血肉狼藉，宫禁内，惨叫啼呼。负气的冤魂，汇聚在福祥圣地。现在门口守卫的人，都是伤心、侧目而视的人。外表忠诚、勤勉，心中埋藏毒谋。既然早晚不能保存自己，九死又何求一生。陛下的卧榻边，有几个同心的人，深夜，几个人在防御祸患，我暗自担忧。希望陛下稍敛威严，慎施鞭笞，就收聚了左右人的心。
“祖宗以来，有一天三次朝见的，有一天上一次朝的。陛下很久不临朝，人心已经懈怠到极点，奸邪积淀很深重，守卫的官军只例行公事。现在修造乾清宫，接近皇上住地。军夫往来，谁认识相貌。万一发生不测的事，怎么应付。我希望在天明时发放宫门钥匙，在太阳西斜的时候将军夫放出。不是紧急军政事务，切忌在黑夜传旨宣诏。不答理奏章，先朝没有此事。至于现在，大部分留在皇宫。设想有国家大事奏报，被人截留却对外宣告‘留在皇宫’，人们知道吗？希望将至今还没有批示答复的奏章，每天由陛下发一纸之令，下发到会极门，转交诸司核察，可望做到君臣虽然没有面谈，但是上下仍没有欺诈、蒙蔽。
“我看到陛下昔日励精图治，现在正值鼎盛的年月，不曾有早晚忧患的情况，只常常担忧贫困。不懂得全国的财富，只有这个数额，国君想富裕，天下人受贫困，天下人贫困，国君难道能单独富裕。现在百姓们很憔悴，采办却一天天增加，诛杀的范围更加广阔，将万姓百姓的怨忿归咎一人，在全国结下九重的仇恨，我暗感悲痛。使统一的国家，千年不变，即使宫中物资空虚，谁忍心让陛下独受贫困。现在禁城中，不以拥有国君而欢乐。全国的百姓，不以拥有生命而欢乐，怨言愁叹，不堪入耳。陛下听到此事，必将吃不下饭，睡不安稳觉。我年老体弱，恐怕不能再看到天下太平，拜祭天地，斋戒七天，敬献忧患安危的诚挚之心希望陛下暗地实行臣的劝谏。翻然像发自圣心的警觉、醒悟，那么人们自然心中充满喜悦，天意自然会回归。倘若不然，陛下日后虽然后悔，也来不及了呀。”
奏疏呈送上去，皇帝没有答复。吕坤就称病告退，宫中传旨准许了他的要求。因此给事中戴士衡弹劾吕坤心计深，野心大，称石星大误东征，孙钅广乱杀无辜，吕坤看到了却没有讲话，曲意附和，没有大臣的气节。给事中刘道亨称往年孙丕扬弹劾张位，张位怀疑奏疏出自吕坤的手，所以指使戴士卫弹劾吕坤。张位上奏辩解。皇帝认为吕坤已经被罢免，全然置之不理。
起初，吕坤任山西按察使，曾经撰写《闺范图说》，宫中太监购买带入禁宫。郑贵妃趁机增加十二个人，并为他们制定秩序，嘱咐她的伯父郑承恩重新刊印。戴士卫就弹劾吕坤让郑承恩敬呈书籍，与内室勾结，包藏祸心。吕坤上奏争辩。不久，有不法的人为《闺范图说》做跋，称作《忧危..议》，大意讲：“吕坤撰写《闺范》，唯独选取汉代的明德后，皇后由贵人晋升而住在中宫，吕坤是献媚于郑贵妃。吕坤上奏陈述国家的忧患，无事不谈，唯独不谈设置皇储，意图显而易见。”它的话语狂乱，荒诞，将危害吕坤。皇帝将罪过归咎于戴士卫等人，此事才平息。
吕坤刚强正直，注重正统的学术。在家闲居的时候与后学探讨、研习。他的著作，颇有新意。起初，他在朝廷与吏部尚书孙丕扬相好，后来孙丕扬再度担任尚书，屡次推举吕坤担任左都御史没能成功，称：“我以一名八十岁的老臣的名誉保举吕坤，希望我能亲眼看到任用吕坤的效果。没有成效，我甘愿受举荐失当的惩罚，死而无憾。”此后，又推荐国家的三大贤士，沈鲤、郭正域，其中还有一位就是吕坤。孙丕扬先后举荐，上奏达二十多次，皇帝始终没采纳。福王分封到河南，赏赐的庄田达四万顷。吕坤在任，上奏说：“开国初期分封了二十四位亲王，赏赐的田亩没有上万顷的。河南已经分封了周、赵、伊、徽、郑、唐、崇、潞等八个王，如果都达四万顷，将占两河郡县一半的土地，希望皇帝加以裁减。”又向执政阁臣陈述此意。遇上朝廷大臣们也极力争辩，皇帝减少了一半的赏赐。他去世后，在天启初年，被赠封为刑部尚书。