魏时亮，字工甫，南昌人。嘉靖三十八年(1559)的进士。授职为中书舍人，升任兵科给事中。
隆庆元年(1567)正月初七，穆宗下诏免去朝见，过了三天又传旨免予朝见。魏时亮认为新主不能马上就懈怠了，上奏劝谏。不久，朝廷派遣魏时亮以左给事中的身份给检讨许国充当副职，出使朝鲜。先前，王侯面朝北方听从诏令，使者面向西方宣诏。魏时亮对此进行争辩，于是使者面向南宣布诏令。回到朝廷，他被晋升为户科给事中，趁机向穆宗奏陈辽东的情况。此后，他奏请穆宗谨慎起居，罢除游玩宴乐，每天亲临便殿审理奏章，招集大臣进行裁决。皇帝答复知道了。兴都有八千三百顷庄田，宦官强夺民田，又增加了八百顷，建立了三十六个庄园。穆宗依照抚按大吏的奏疏，吩咐有司征收租税，将兼并的田归还给百姓。宦官张尧为此请求穆宗，穆宗又同意让他们如此。魏时亮极力劝谏，穆宗不接受。
穆宗每次来到朝殿，默然拱手，没有讲过一句话。等到石州陷落，有人奏请皇帝追究大臣的罪责。过了两天，朝讲结束，皇上果然责问石州被攻陷的情况。宦官王本在旁边动不动就指责诸位大臣欺瞒、蒙蔽皇上。皇上变了脸色，目光盯视着他，王本还在不断地数说。皇帝很不高兴地罢了朝。魏时亮弹劾王本没有做臣民的礼节，是大不敬的罪行，并数说了他的几件不法的事。奏疏虽然没有被采纳，但士人的舆论支持他。十月初，穆宗下诏停止每天的讲授。魏时亮率领同僚上奏称天气还没有出现寒冻，不应该停止讲授。不久，奏请将薛蠧、陈献章、王守仁在文庙祭祀，奏章下发到主管部门。他又称正值春天万物复兴，应该敕令有司释放轻罪的犯人，停止诉讼，穆宗下诏同意了。
第二年六月他上奏称：“现在天下有三大忧患：藩府的俸禄不够供给，边地的军饷短缺，公私交困。对于藩府朝廷有一时之计，有百世之计。赶紧建立宗学，教导礼让，每年俸禄达万石的王府教他捐献出五分之一，每年俸禄达二千石的捐献出十分之一，千石的让他捐出二十分之一，用来赡养贫穷的宗族之人，确立为定制。这是一时之计。各个宗室聚集在一个城镇，一天天地更加贫困，应该在城镇附近分散居住，提供闲置的田让他们耕种以代替俸禄；滋事的罪孽之人，施行罢黜的重罚。这是百世之计。边防的军饷尤以屯田、盐税最重要，近选大臣庞尚鹏、邹应龙、凌儒经营筹办，权力虽然加重，不过派往河东的人兼管四川，派往江北的人兼管山东、河南，派往江南的人兼管浙江、湖广、云南、贵州，重视内地而轻视关塞地区，这不是本来的旨意。而且一个人管辖几个地区，辖区旷远难以照顾周全。请让在内地的大臣专门负责巡抚的事情，命令庞尚鹏等三人分别负责关塞地区的屯田事宜，管理的时间久了就成了一种职责，功绩也紧随而至，则利事兴起，而边防储备可以自给。现在全国的府库空虚，百姓困苦，而提出建议的人却想倾尽全国的库藏输往内府，用以接济旦夕之用，倘若州郡发生变乱，拿什么来应付？郡守县令以养育百姓为职责，首要的就是劝民务农植桑、理清徭役赋税、重视乡规民约、严格保甲制度，减少狱案，对催科巧拙不予理睬。”奏疏呈入，大都经讨论后实行。
当年冬天他又上奏说：“天下值得忧虑的事情在于百姓贫穷，能替百姓排除忧虑的人是知府。应该慎重挑选他们，治政业绩卓越的人就升任京卿或巡抚，那么人就会自我激励。督学是关系到全国人伦理教育的人，应当挑选学问、德行俱佳的人，不对他做时间限制。德行和声望都高峻的人，就招来担任祭酒或者进入翰林院，以便显示风范。”奏章下发给部里讨论，最后没有施行。
隆庆三年(1569)，他升任太仆少卿。起初，徐阶、高拱互相攻击，魏时亮与朝廷大臣对高拱进行攻击，使他离去。不久，高拱再次入阁，考核言官，排斥异己；魏时亮和陈瓒、张木贾已经升任京卿，他们都遭贬职。魏时亮被指责办事不严谨，被免去官职。
万历十二年(1584)，因为丘木舜、余懋学等人的推荐，他出任南京大理寺丞。升任右副都御史，负责京营的戍卫任务，他陈述了安良攘奸的十四件重要的事情。不久又请求根据水利、义气、生养、赋役、清狱、清除盗贼、善导民俗等七件事考察郡守、县令，年终报告给部院和各科计算为官的时间，依照修行与旷废的情况确定最后的名次。还请求皇长子出宫接受文化教育。他历任刑部左、右侍郎，南京刑部尚书。过了一年死于任上。
魏时亮起初喜欢交游，很有志向。曾经弹劾并罢免了左都御史张永明，被当时的舆论非议。魏时亮也很后悔。中年，他遭受挫折和压抑，潜心研究心性理学。天启年间，谥号庄靖。