耿定向，字在伦，黄安人。嘉靖三十五年(1556)的进士。授职为行人，升任御史。严嵩父子窃取朝政，吏部尚书吴鹏攀附他们。耿定向上书奏揭发吴鹏的六条罪状，进而称吴鹏的女婿、学士董份担任会试的总裁时，为吴鹏的儿子吴绍舞弊，应当一起予以贬斥。严嵩进行庇护，事情最后竟被搁置起来。他出京担任甘肃巡按御使，举荐与弹劾没有徇私。离任时，行李只有一挑担，有人赠送石经给他，他将石经留在境内离去。返回朝廷，督导南京的学政。
隆庆初年，他升任大理寺的右寺丞。高拱当权，耿定向曾经讥讽他气量狭小，没有大臣的气度，高拱对他怀恨在心。等到高拱掌管吏部，以考核为名贬谪他为横州判官。高拱被罢免后，他被委以衡州推官。
万历年间，他担任右副都御史。吏部侍郎陆光祖被御史周之翰弹劾，陆光祖已被留任，耿定向又称颂陆光祖贤明，批评周之翰。给事中李以谦称耿定向排挤言官，耿定向请求离去，皇帝不予追究。他历任刑部的左、右侍郎，晋升为南京右都御史。御史王藩臣弹劾应天巡抚周继，奏疏下发了一个月也没有告诉耿定向。耿定向很气愤，根据成例极力争辩，他弹劾自己请求罢免，并且批评王藩臣的弹劾不恰当。并说前任江西巡抚陈有年、四川巡抚徐元泰都贤明，却被御史方万山、王麟趾弹劾罢职，现在应该将他们召回委以官职，而酌情惩罚王藩臣。王藩臣为此被停发两个月的俸禄。这时给事中许弘纲、观政进士薛敷教、南京御史黄仁荣，以及王麟趾接连上奏弹劾耿定向。王麟趾说：“南台距离京城较远，如果奏章先告诉别人，会使人别有应对的计谋。例如，御史孙鸣治疏论魏国公徐邦瑞，陈扬善疏论主事刘以涣，都因为奏章先被知晓，一个人因为巴结权贵而幸免，另一个则被借口他事蒙受诬陷。所以，近来投递文书有的迟滞一个月，事情本来如此，不是从王藩臣开始的。”话语同时侵犯了大学士许国、左都御史吴时来、副都御史詹仰庇。执政者正厌恶言官，勒令薛敷教回乡反省过错，王麟趾、黄仁荣也被停发俸禄。当时已经授任耿定向为户部尚书督理仓场，耿定向就极力诉说请求退休。多次上奏，皇帝才批准。七十三岁时去世。他被赠封为太子少保，谥号恭简。
耿定向在列身朝廷之初名声很好，后来历经徐阶、张居正、申时行、王锡爵四位辅臣，都能平和相处。到张居正丧事在身仍出理政事时，耿定向给友人写信称张居正为古时伊尹贤相，贬斥议论者，遭到当时舆论的批评。他的学术思想本于王守仁。他曾经招请晋江李贽去黄安，后来逐渐讨厌李贽，李贽也多次批评耿定向。士大夫中好谈禅的人多跟李贽交往。李贽小有才气，善于辩说，耿定向不能胜他。
李贽任姚安知府，一天自己剃发，依然身穿官服坐在官堂上，上级官员勒令他辞职。后居住在黄安，每天招引士人讲学，其中也有妇女，专门崇尚佛教，鄙视孔、孟儒学。后来北游通州，被给事中张问达所弹劾、逮捕，死于狱中。