袁洪愈，字抑之，吴县人。嘉靖二十五年(1546)获乡试第一。第二年考取进士，授职为中书舍人。升任礼科给事中。他弹劾检讨梁绍儒阿谀、攀附权贵，文选郎中白璧揽权卖官，尚书万镗、侍郎葛守礼不督察下属。世宗下诏痛责万镗、葛守礼，将白璧投入诏狱，梁绍儒被贬出京城。梁绍儒是大学士严嵩的亲信。此后，他陈述过边防的数件事，世宗的诏令都依从了。严嵩授意吏部尚书吴鹏，将他调出京城，担任福建佥事。历任河南参议、山东提学副使、湖广参政，均以清正廉洁著称。严嵩垮台，世宗召他担任南京太仆少卿，调任太常。隆庆五年(1571)，因病回乡。
万历年间，出任原职。调任南京工部右侍郎，升任右都御史，负责南京翰林院的事务，改任礼部尚书。南京御史谭希思上奏抨击宦官、外戚，并请求遵循旧制，在内阁设置丝纶簿，在宫门设置铁牌。神宗下诏指派南京都察院负责勘查、问讯，打算以诬陷、欺骗的罪名处理谭希思。袁洪愈已经改任别职，代替他的人还没到任，于是他详细陈述谭希思所陈说的意见，在王可大的《国宪家猷》和薛应旗的《宪章录》两书中都有记载。神宗认为他的依据不是朝廷颁布的制书，降了谭希思的职务。不久袁洪愈上奏请求禁止私人拜见显贵，并极力陈述屯田被荒废的害处，请求让商人依法承担盐的销售，以免内地急速运送。朝廷讨论后都予以施行。
万历十五年(1587)，他改任吏部职。当年冬天他请求退休。神宗看重他的清廉美德，加封他为太子少保，然后退休。袁洪愈为官四十多年，住所不曾增加一根椽木，出入朝廷都是徒步而行。七十四岁去世，巡抚周孔教捐款安葬了他。封赠为太子太保，谥号安节。