辛自修，字子吉，襄城人。嘉靖三十五年(1556)的进士。授任海宁知县。
他升任吏科给事中。上奏称：“吏部选拔官吏，选才重要，量地选才尤为急迫。近来京府的属吏因为全面考察而离去的人有十分之五，难道唯独京城不肖之人很多吗？地方艰苦而事情繁多，请求根据地方的复杂和简易来授予官职，根据事情的繁琐、简单来做考核的依据。”吏部认为他的建议很好，奏请皇帝下令抚按大臣，像辛自修所提议的那样来举荐和弹劾有关人员。他巡视京都兵营，弹劾典营务镇远侯顾寰、协理佥都御史李燧，请求警告顾寰，罢免李燧。皇帝依从了。辛自修历任礼科都给事中。诚意伯刘世延不守法，辛自修极力抨击他的奸诈。诏令将他革职囚禁。隆庆元年(1567)，给事中胡应嘉论事被贬斥，辛自修上奏救助。不久，他疏论剥夺尚书顾可学、徐可成，侍郎朱隆禧、郭文英的封赠与谥号；因为徐可成由道士进用，郭文英由工匠进用，顾可学、朱隆禧都是凭方士的药丸得以进用。他升任太仆少卿，称病回乡。
万历六年(1578)，他出任应天府丞，再调任光禄卿。担任右佥都御史辖治保定的六府。上奏减少了六万两的里甲均徭役费，加筑了雄、任丘两县的堤防，用来防御滹沱河的水患。每年秋防期间，巡抚迁移到易州驻扎，向部属征收供给的费用，秋季防御期已经结束，征集依旧，辛自修上奏终止了此事。他入朝担任大理卿，兵部左、右侍郎，升任南京右都御史。御史沈汝梁巡视下江，以馈赠为名，搜刮完了部属的赎金，辛自修上奏弹劾了他。皇帝正想惩治贪官，下令将沈汝梁逮捕、治罪，并且召见辛自修任命他为左部御史。
万历十五年(1587)，全面考察京官，执政者想庇护私人，排斥异己。吏部尚书杨巍秉承旨意、谨小慎微，辛自修对此表示忧虑，事先上奏，请求不要以自己的爱憎为喜怒，排斥、压抑不结党派的人。神宗认为他的谏言很好，而执政者不满意。有十多个贪图钻营的人，都是执政者所看重的，辛自修想除去他们。给事中陈与郊自己估量不能幸免，于是称执宪大臣将以一次过失就废弃人，想一举使京都空虚。因此辛自修想贬斥的人都获得赦免。不久御史张鸣冈等人行纠察职责，首攻工部尚书何起鸣。何起鸣以前因为督察工程与宦官张诚相好，而且一向不喜欢辛自修，于是攻击辛自修挟私仇在背后指使。陈与郊和给事中吴之佳支持他。御史高维崧、赵卿、张鸣冈、左之宜愤恨不平，弹劾何起鸣掩饰过失，进行诡辩。皇帝先听到张诚的话，颇怀疑辛自修。见到他们的奏疏更加不高兴，说：“朝廷每次任用一个人，言官就纷纷排挤、打击。现在何起鸣离去，你们举荐堪当此任的人。”高维崧等人都上奏认罪，没有推举其他的人。神宗恼怒，将他们全部调出京城。给事中张养蒙救助，也被剥夺俸禄。刑部主事王德新又上奏争辩，话语触犯了神宗宠幸的人。神宗将他投入诏狱，施加酷刑追究主使人。他没有承认，于是削夺了他的官籍。辛自修自感不安，赶紧称病回乡。
辛自修的奏章，不合执政者的意愿，所以不被他们容纳。此后很久，才起用他任南京刑部尚书。又召他担任工部尚书。他没有上任就去世了。赠封为太子太保，谥号肃敏。