马自强，字体乾，同州人。嘉靖三十二年(1553)的进士。改任庶吉士，授职为检讨。隆庆年间，历任洗马，负责经筵。晋升为国子祭酒，整治学政，拒绝请托。提拔为少詹事兼侍读学士，负责翰林院。
神宗做皇太子时出后宫，他担任讲官，陈述明白、深切，于是受到皇上器重。等到神宗登基，马自强已经调任詹事，教导庶吉士，又提升为礼部右侍郎，担当日讲官。不久，以左侍郎身份负责詹事府，像以前一样负责讲授。遭逢继母去世而归乡。服丧期满，诏令他任原职协助负责詹事府。他到任后被升任吏部左侍郎，仍然负责经筵。才两个月，朝廷推举他任礼部尚书。皇帝派遣使者询问张居正尚书是否可以兼任讲官，张居正回答，事务繁多不得兼任。于是任用他为尚书，罢除日讲，担当经筵讲官。
礼官所负责的事，皇族宗藩的事情最多，先后的条例自相矛盾，狡黠的官吏得以恣意为奸。马自强选择恰当的条例命僚吏遵守，诸项不适宜于执行的条例都予以摒弃。每当藩府的奏疏送到，他都及时裁决，在礼部门上张榜告示，公开表明可行与禁止，官吏无法牟利。龙虎山正一真人，在隆庆年间就被降为提点，剥夺了盖有御印的诏书。到此时，张国祥请求恢复他原来的封号，马自强扣压了他的奏章。张国祥就大肆贿赂冯保，坚持请求恢复封号，马自强极力主张不可以，最终还是因为御旨准许了。起初，俺答通贡互市，对他们有定额的赏赐，后来边关大臣答应他们的请求，赏额逐渐增加。马自强奏请申明旧约，乱自请求的数额不给，每年节省的费用不可估量。《世宗实录》修撰成，他被加封太子少保。
万历六年(1578)三月，张居正准备回乡安葬父亲。思虑在乡里休息的内阁大臣，高拱与自己有很深的嫌隙，殷士儋有内援，有可能乘隙复出，只有徐阶年老容易结交，打算举荐他代替自己。已经派遣使者报告了徐阶，又思虑徐阶为前辈，自己还朝，应位居其下，于是奏请增设内阁大臣。皇帝当即指令张居正推举，于是根据人望推荐马自强以及所厚爱的申时行。诏令加封马自强为太子太保兼任文渊阁大学士，与申时行一起参与机要事务。马自强起初因为救助吴中行、赵用贤与张居正相抵触，自认不敢奢望，等到皇帝的命令下达，人们更加由此称赞张居正。当时吕调阳、张四维先入内阁。吕调阳身体衰弱，多次卧病不出门，小事由张四维代替他拟旨，大事则派快马到江陵报告张居正，听从他的裁决。马自强虽然正直，也不能有所作为，驻守职位罢了。
此后，张居正返回朝廷，吕调阳推辞政务，马自强也患病去世。诏令赠封他为少保，谥号文庄，派遣行人护送他的灵柩回乡。
关中人进内阁，从马自强开始。此后薛国观继之入阁。整个明代终了，关中只此两人入阁。