冯琦，字用韫，临朐人。幼时聪敏绝伦。十九岁，考取万历五年(1577)的进士，改任庶吉士，授职编修。参与修成《会典》，晋升为侍讲，充任日讲官，任过庶子。一并加封三王的议论兴起，他投书王锡爵与他极力争辩。晋升为少詹事，负责翰林院的事务。调任礼部右侍郎，改任吏部职。处理政务勤奋敏捷，极力抑制钻营投机的人，尚书李戴很器重他。
万历二十七年(1599)九月，太白星、太阴星同时在午时出现；又值狄道发生山崩，平地隆起大小五座山丘。冯琦草拟奏章，与尚书李戴一起劝谏：
“近来目睹太阴星经过天宇，太白星白天出现，已非常奇异。至于山陷成谷，地隆为山，自从开天辟地，只有唐垂拱中有过此事，而现在却又见到了。暗自思虑上天的无私，只听百姓的。想禀承天意，应当顺应民心。如天下的赋税数额，比二十年前，增加四成。但百姓中富足的，却减少五成。东征西讨，人们苦于兵事。
“自从派出了矿税使，则民间的苦痛更甚。加上水旱蝗灾，流民充塞道路，京城地区盗贼公然出现，这不是小小的变故。各位宦官使者领命出京师，随从奸诈之徒，动辄成百上千。陛下想通商，他们却专门困禁商业。陛下想爱护百姓，他们却专门残害百姓。近日有两种奇怪的奸诈事：其一，工于窥察陛下的心思，撰成奏章，假借武弁之手呈上；其二，致力盘剥平民，先有谋略，假借宦官之手施行。如鬼怪般运用机巧，锱铢之财也尽皆夺取。远近人一样叹息，贫富者均陷困境。贫穷者家中没有储蓄，只有靠小本经营。但仍然夺取他们几钱的小利，断绝他们一天的生资。至于富人，更加蒙受毒害。或者诬陷他们漏税、偷矿，或者诬陷他们贩盐、盗木。布下诡计，声势赫然吓人。等到夺取了钱财，就静寂得无事一般。小百姓吃尽苦却不敢声张，无地容身。好处被群奸得到，怨恨汇聚朝廷。因刺骨般的贫穷，怀抱伤心的痛楚，一人呼唤就容易暴动，一旦暴动就难以平息。现在依旧平安，百姓却怨恨汹汹，假若有不测之变，天下有谁来保护？口孛拜被杀，关白死去，这都是招募百姓壮丁当兵，用百姓的钱财做粮饷的结果。如果一方的穷苦百姓倡导暴乱，而且四面的民众响应，国家从哪里征兵，从哪里取得军饷？陛下不妨派遣忠实、亲信的人，采访都城内外，里巷的歌谣，让他们一一报告，那么百姓的怨忿、困苦，就可以目睹。上天心性仁爱，明确宣告责罚，真的是想要陛下猛然觉悟，消除祸乱。
“礼部修身自省的奏章没被批复，而奸人搜括民财的奏章却又被同意施行，像采纳何其贤的胡言，命令全部解送全国滞留官银。四方的钱谷，都有定额，所谓滞留，意思大概是指经费的节余。近来征调频繁，正额尚且不够，哪来的剩余？这道命令一下达，催促紧急，必然会分割公款来充数。经费筹措无着，还是加派到民间，这种事是必定不能做的。又如仇世亨奏疏徐鼐掘坟墓的事，照理说，没有一座坟墓埋藏着万两铜钱。假使有，也应当下令抚按核实、勘探。先确定他们盗墓的罪行，而后没收墓中的藏宝。没有罪状不明，先没收资财的事。早上递入片纸，晚上传出严令，纵然抱有深重的冤屈，谁敢辩论道理？不但使这些家族破败，还将波及很多人。一旦受株连，立刻就会家破人亡。在京城尚且经过多次审议，万里之外却只根据一面之词。于是使狡猾的人，掌握了生杀大权。这种风气一兴起，谁不效法？已经下达奖励生发隐匿缗钱的命令，又开启告密的风气。我们刚想陈诉，而奸人的奏章又获得御旨。五天之内，已经搜取了天下二百万两公私金银。奸诈之中又生奸诈，事例之外又创事例。我们先前希望它们一天天减少，现在更加忧虑它们一天天地增加，不使百姓困苦，钱财竭尽，激发起大乱不会终止。希望陛下严肃思虑将来，紧急与朝廷大臣共同修漏补缺，不要让海内的赤子聚结怨忿于盛朝，千秋青史留下对圣德的讥讽。”神宗没有答复。
不久，他转任左侍郎，受任礼部尚书。神宗将要册立东宫太子，诏令时间紧迫，执掌监司的宦官以供给经费不足为借口。冯琦道：“今天礼仪为重，不可与他们争辩。”他的弟弟户部主事冯瑗刚好运送四万两饷银出京城，冯琦立即将他追回，提供经费，事情才得以办成。
万历三十年(1602)，神宗患病，下令停止征收矿税，不久又后悔了。冯琦与同僚们联合上奏争辩，并且恳请皇帝亲自到郊庙祭祀，上殿受理朝拜，皇帝不接纳。湖广税监陈奉因为虐待百姓被撤回，陕西的黄河干涸，冯琦谏言辽东的高淮、山东的陈增、广东的李凤、陕西的梁永、云南的杨荣，肆虐的程度不低于陈奉，请求将他们一起撤回，神宗都没有答复。南京守备宦官邢隆请求另外给关防征税，冯琦不同意，就把御前牙关防税给了他。
当时士大夫多信奉佛教，士人写作往往吸取佛教之意，而鄙弃经书的传注。前任尚书余继登奏请约束、禁止，然而习俗风尚如故。冯琦又极力陈述它的弊端，皇帝下诏戒止。
冯琦熟习典故，学习有根底。多次陈述正直的言论，朝廷内外都希望看到他的风采，皇帝也很眷恋、倚重他。内阁缺人，神宗已经选用了朱国祚和冯琦。但是沈一贯秘密上书，称他们两人的年纪不大，不妨稍过一段时间再说，先任用年长者。于是改任沈鲤、朱赓。冯琦一向有病，因此更加沉重。十六次奏疏请求退休，皇帝不同意。死于任上，年仅四十六岁。遗下奏疏请求皇帝严肃明理之作，发下奏疏，补充空缺的官职，对下面的臣民表示诚意，收拢人心。语言很恳切诚挚。神宗对他悼念、惋惜。追赠太子少保。天启初年，谥号文敏。