黄凤翔，字鸣周，晋江人。隆庆二年(1568)的进士及第，授职编修。在内书堂任教习，辑录前代宦官可作告诫借鉴的事，指令他们朗诵研习。《世宗实录》撰成，晋升为修撰。
万历五年(1577)，张居正服丧未满期，强出为官，杖责诸位劝谏者。黄凤翔心中不平，诉之于朝，编纂奏章的时候，收录全部谏言奏疏。张居正两个儿子参加会试时，请他关照，黄凤翔严辞拒绝了。他本当主持南畿的考试，因为王篆想为儿子徇私，他就推辞不去。升任南京国子祭酒。回乡探望母亲，而后起用为北京国子祭酒。
当时校刻《十三经注疏》，黄凤翔奏称“：近来陛下去掉《贞观政要》，讲诵《礼经》，很好。陛下阅读曾子论孝，称敬重父母所给的生命，就应当思虑珍惜爱护圣上的身体。阅读《学记》所言，学习之后知道不足，就应当思虑光明圣学。考察《月令》，依四季时序行政事，效法自然的刚健不息，就可以知道圣王之治当勤奋上进。探究《世子》篇中陈述保傅的教导、幼学的仪礼，就会注意到皇储应当早点进行教育。”奏疏呈入，答复知道了。
不久，他晋升为礼部右侍郎。洮、河地区传来警报，他又大胆奏疏：“多事之秋，陛下应当放弃游赏宴乐，亲临政事，以便真正消除祸患，求得安宁。现在最重要的事是用人、理财。宋代有大臣说：‘平常没有敢大胆劝谏的大臣，那么遇上祸乱就没有勇敢御敌的将士。’邹元标直言有气节，选官部门特意准备招用。其他因谏言遭到贬官，如潘士藻、孙如法也应考虑，但奏疏滞留宫中没有回应。结果士气一天天低落，言路一天天淤塞，平常只留恋爵位，培养交情，遇上危难则不肯捐躯为国竭尽全力。过去宋太祖想聚积二百万匹细绢，换取辽国人的首级；太宗拿出内府贮藏的供物，作为用兵养士的资财。现在户部每年供奉二十万两白银，开始并非旧有的定额，渐渐却成了经常性的供给。陛下拥有四海的财富，怎么还自己经营储蓄？试看都城的寺观，丹碧荧煌，梵刹的供奉，斋祭的供品，哪一项不耗费内府钱财？与其向阴间的鬼神求幸福，不如广泛地施恩于幸存的华夏赤子。”神宗没能采纳。
朝廷大臣们争论立太子的事，久久没有结果，神宗指令内阁大臣们明年春天进行办理。大学士王家屏告诉了礼部，黄凤翔与尚书于慎行、左侍郎李长春将册封的仪礼呈书皇上。神宗发怒，全部剥夺了他们的俸禄，考虑再做变更。黄凤翔又上奏争辩，没有答复，便请求辞官。
万历二十年(1592)，礼部左侍郎韩世能离职，张一桂未上任就去世了，神宗再次启用黄凤翔接替此职。不久，改任吏部职，授任南京吏部尚书。以赡养亲人的名义回乡。再次官封原职时，他以年老极力推辞。后来，母亲去世，就不再出仕，死于家中。天启初年，谥号文简。