何卿，成都卫人。有志操，习武事。正德年间，承袭世职任指挥佥事。因他的能力，被提升为筠连守备。随从巡抚盛应期攻击歼斩叛贼谢文礼、谢文义。世宗即位，论功晋升为署都指挥佥事，充任左参将，协助镇守松潘。
嘉靖年代初期，芒部土舍陇政、土妇支禄等人反叛。何卿征讨他们，斩敌人二百多首级，降俘叛众有好几百人。陇政逃奔到乌撒，何卿檄令土官安宁将陇政擒获献来。安宁假装承诺，而实际上将陇政藏匿起来不交出来。巡抚汤沐说明了这种情况，皇帝剥夺了何卿的官职。川、贵之兵联合征讨，叛贼才被消灭，何卿恢复到原有官职。五年(1526)春天提升何卿为副总兵，仍然镇守松潘。陇氏已经灭绝，改芒部为镇雄府，设流官。不久，陇政的遗党沙保又进行叛乱。何卿和参将魏武、姚汝皋等人并进，斩除沙保等叛贼首领七人，余党也全部被歼。记录功劳，魏武最大，何卿第二，赐赏各有不同。黑虎五砦番谋反，围住长安诸堡，乌都、鹁鸽诸番也相继反叛。何卿都攻破平定了他们，升为都督佥事。威茂番十多砦连兵劫抢军饷，而且攻打茂州和长宁诸堡，索要抚恤赏赐。何卿和副使朱纨筑茂州外城来围困他们。不久又用计残害他们的部众，屡战屡胜，于是攻打深沟，焚烧他们的碉砦。诸番处境困迫，请求让他们赎罪。何卿责令他们献出首恶，番人不答应。何卿又分别剿攻浅沟、浑水二砦，并歼灭他们。诸番于是争献首恶，歃血断指耳，誓不再反叛。何卿于是与他们刻木为约，分处其部众，划疆为守，松潘的道路又畅通起来。巡抚潘鉴等人奏上他们两人的功劳，皇帝下诏赏赐何卿、朱纨银币，晋升何卿为署都督同知，镇守如故。过了很久，何卿因疾病辞官。
二十三年(1544)，塞上战事频起。朝廷召何卿，何卿以疾病相辞。皇帝发怒，夺去何卿的都督官职，命他以都指挥使的官职到兵部听候调遣。不久，敌寇逼近畿辅，命扎营在卢沟桥。松潘的副总兵李爵被巡抚丘养浩弹劾而罢去官职，皇帝下诏用何卿代替他。给事中许天伦说何卿贿赂丘养浩弹劾李爵，自为后路。皇帝发怒，革除何卿和丘养浩的官职，令巡按冉崇礼调查核实。当时兵事棘手，翁万达又推荐何卿，恢复他的都督佥事官职，督东官厅军马。之后冉崇礼具言说李爵贪污“，何卿镇守松潘有十七年，为蜀保障，军民颂德，但他还贫穷，哪有所得的钱财进行贿赂呢？”皇帝怒意才消解。四川白草番叛乱，副总兵高冈凤被弹劾。兵部尚书路迎上奏让何卿代替他。何卿再次莅临松潘，将士都很喜欢。何卿于是会聚巡抚张时彻征讨擒获首恶数人，俘斩九百七十多人，攻克四十七营砦，摧毁四千八百碉房，缴获马牛器械储积各以万计。何卿进署都督同知。何卿素有威望，为番人所忌惮。自从威茂到松潘、龙安夹道筑墙数百里，行旅往来，没有剽夺的祸患。他先后在镇二十四年，军民像爱戴慈母一样爱戴他。他再次因病回到家乡。
三十三年(1554)，倭寇侵略海上。皇帝诏令何卿和沈希仪各率家众奔赴苏、松军门。第二年何卿充任副总兵，总理浙江和苏、松海防。何卿是蜀中名将，不熟悉海道，年纪已老，兵与将不熟悉，竟不能有所作为。他被巡按御史周如斗弹劾而罢除官职，死去。