邹应龙，字云卿，长安人。嘉靖三十五年(1556)进士。授官行人，被提升为御史。严嵩专权已久，廷臣攻击他的都遭得祸害，相互告诫不敢言说严嵩。但邹应龙知道皇帝眷爱他已经潜移，他的儿子严世蕃更加贪纵，可以攻击进而除去他，于是上疏说：
“工部侍郎严世蕃凭藉其父之权，专利无厌。私人擅自颁给爵赏，广泛收纳贿赂。致使选举之法败坏，卖官公行。奸邪小人竞相趋至，严世蕃要价越来越高。刑部主事项治元用一万三千金买通转到吏部，举人潘鸿业用二千二百金买得知州。司属郡吏贿赂以千万金计，那么大至公卿与各方面重官，贿赂费用就更不知有多少。
“严世蕃平时纳赃受贿，为他当中间人的不下百十多人，而他的儿子锦衣严鹄、中书严鸿、家人严年、幕客中书严龙文为最突出。严年尤其狡黠，士大夫中无耻的人甚至呼严年为鹤山先生。遇到严嵩过生日，严年总是献万金来为严嵩祝寿。家奴获富奢侈达到这种地步，那么主人当如何呢？
“严嵩父子的原籍袁州，而广置良田美宅于南京、扬州，大约不下数十所，让豪仆严冬主持这件事。他们抑勒侵夺，百姓对他们怨恨入骨。他们在外地牟求利益是这样，那么在乡里又如何呢？
“尤其突出的是，严世蕃的母亲死去时，陛下因为严嵩年事已高，特留侍养，令严鹄扶棺材回到南方。严世蕃于是集聚狎客，拥艳姬，恒舞酣歌，人伦灭绝。至于严鹄的无知，则以他的祖母死丧为奇货。所到达的驿站都骚动，严鹄要索百端。诸司承奉他，郡邑为之一空。
“现在天下水旱灾害仍然频频出现，南北战事时起。但严世蕃父子还日事克扣，内外百司莫不竭尽民脂民膏，填塞他们欲壑。百姓怎么能够不贫穷，国家怎么能够不衰败，天灾人祸怎么能够不迭至呢？臣请求斩严世蕃的首级于市，作为人臣凶横不忠的警戒。如果臣有一言失实，甘愿遭受杀戮。严嵩溺爱恶子，召赂市权，也应当亟放他回归故里，以清政本。”
皇帝很了解严世蕃居丧期间淫纵放肆的行为，心里厌恶他。正好方士蓝道行因扶乩获得皇上的宠幸，皇帝密问他辅臣贤不贤。蓝道行假作乩语，具说严嵩父子弄权的情状，皇帝因此疏远严嵩而任用徐阶。等到邹应龙的奏章呈入，皇帝于是勒令严嵩辞职，将严世蕃等人下诏狱，提升邹应龙为通政司参议。但是皇帝虽然罢去严嵩，仍念他赞修玄功，心中还忽忽不乐，手札晓谕徐阶说：“严嵩已退，他的儿子也已经伏罪，敢再说的人，当与邹应龙一并斩首。”邹应龙深感自危，不敢上任，依靠徐阶调和护持始任职。御史张木贾巡盐河东，不知道皇帝的意旨，上疏说：“陛下已经显升邹应龙，但王宗茂、赵锦等人是首先揭发大奸的人没有被召封，是首发者不赏。”皇帝大怒，立即逮捕他到京城，杖打六十，贬斥为民。直到后来，严世蕃被诛，邹应龙才感到自安。
隆庆年初期，邹应龙以副都御史的身份总理江西、江南盐屯。迁工部右侍郎。镇守云南黔国公沐朝弼骄横恣肆，廷议派遣有威望的大臣镇住他，于是改任邹应龙为兵部侍郎兼右佥都御史巡抚云南。邹应龙到达后揭发沐朝弼的罪状，沐朝弼终被逮捕。万历改年号，铁索箐贼叛乱，邹应龙将他讨平。之后，番人木母犭发造反，邹应龙合土汉之兵进军讨伐，斩歼俘获敌人各一千多人。
邹应龙有才气，起初以弹劾严嵩得名，骤然达到通官显贵。等到任太常时，省察北郊牲祭，东厂太监冯保传呼而至，有专人将其引入，邹应龙看见冯保正面燃香，俨然像天子一样。邹应龙大为惊骇，弹劾冯保僭越放肆，冯保非常怀恨他。到这时，京察自己述职，冯保为了报复，令邹应龙辞职。临安土官普崇明、普崇新兄弟构争。普崇明引借广南侬兵作为援助，普崇新则召交州兵。之后，交州兵退去，而侬兵还留在当地，邹应龙命令部将杨守廉前往剿歼。杨守廉抢掠村落，杀人。被侬贼所乘，再次打败官军，人们将罪归咎到邹应龙身上。邹应龙听说自己已被罢官，不等代替的人到达就径直回家乡。代替他的人王凝想自以为功，力排邹应龙。给事中裴应章于是弹劾邹应龙误事。巡按御史郭廷梧向来不喜欢邹应龙，调查结果如王凝所说的一样。邹应龙于是被削去官籍，死在家中。
十六年(1588)，陕西巡抚王璇说邹应龙死后，遗田不到数亩，遗址不过数楹，恤典未能泽及，为朝野所遗憾。皇帝下令恢复邹应龙官，对他予以祭葬。