冯恩，字子仁，松江华亭人。幼年是孤儿，家庭贫穷，他的母亲亲自督教他学习。等到年龄大一点，知道竭力学习。除夕之夜无米下锅而且天在下雨，房室尽湿，冯恩在床上读书神情自若。登嘉靖五年(1526)进士，授官行人。出外慰劳两广总督王守仁，向王守仁执礼为弟子。
不久提升他为南京御史。按过去的惯例，御史有时审理案件，不定案就移交给刑部，刑部定案后，不再向御史通报。冯恩请尚书仍然向御史通报，诸位曹郎喧哗，说御史以我等为属吏。冯恩说：“不敢这样，想知道事情的本末，好进行检查核实。”尚书不能拿什么来为难他。之后，巡视上江。指挥张绅杀人，冯恩立即将他处死。考察赴朝廷觐见官吏，南台照例先行检举。都御史汪钅宏专权，请求到北台去，等到事情完毕，才允许论列。冯恩和给事中林士元等人上疏争辩这件事，才使得恢复原来程序。
皇帝采用阁臣的建议分建南北郊祀，并且想让皇后行蚕礼于北郊，诏令廷臣各抒己见，但诏令中屡次斥责持有异议的人为邪徒。冯恩上言说“：人臣进言非常困难，明诏下令直谏，又诋毁直谏的人为邪徒，让人适从哪一个呢？这不是陛下的意思，一定是左右奸佞的人想借其说而暗中诋毁的缘故。而今士风日下，以缄默不语为老成，以语言正直为矫激，已经祸及到忠直的人。如果事先担心有异议，而逆诋之为邪，那么必定是雷同附和，然后才行。况且天地合在一起祭祀已有一百多年，怎么能轻易改变？《礼》说‘：男不言内，女不言外。’皇后深居九重，岂适合远出郊野？希望陛下迅速罢去二项提议，不要被讨好您的人所误。”冯恩写疏章时，自己估计要得到重罚。等到疏上奏后，皇帝不给他加罪，冯恩因此更加感奋。
十一年(1532)冬天，彗星出现，皇帝下诏书征求直言。冯恩以天道远、人道近，来详细指称大臣的邪正，他说：
“大学士李时小心谦抑，解拨纷乱不是他的长处。翟銮附势持禄，惟事模棱。户部尚书许赞谨厚和易，虽然缺乏果断，必定没有不必要的开支花费。礼部尚书夏言，很有学问，是豪放的才士，驾驭任用他，可能是救时的宰相。兵部尚书王宪刚直不屈，通达有为。刑部尚书王时中，不知进退，委靡不振。工部尚书赵璜廉介自持，制节谨严。吏部尚书左侍郎周用，才学有余，正直诚实不足。右侍郎许诰讲论便捷，学术迂腐不正。礼部左侍郎湛若水聚徒讲学，素行未合人心。右侍郎顾鼎臣警悟疏通，不局限于偏长，是足以重任之器。兵部左侍郎钱如京安静有操守。右侍郎黄宗时虽然擅长文学，但因人成事。刑部左侍郎闻渊存心正直无私，处事精详，可以寄托以辅佐之任。右侍郎朱廷声笃实不浮，谦虚俭约有操守。工部左侍郎黎..滑稽浮浅，才也有为。右侍郎林廷木昂才学气度不凡，通达而不拘泥。”
而极力疏论大学士张孚敬、方献夫，右都御史汪钅宏的奸诈，他说：
“张孚敬刚恶凶险，嫉妒多变。近来都给事中已经痛说了他，用不着重复。方献夫外表看起来谨厚，内心实际上奸诈。以前在吏部，私庇乡里，报恩复仇，无所不至。去年伪称有病离去，陛下派遣使者征他回来，礼意恳切。他却态度傲慢，入山读书，一直等到传旨另外任用他，然后才高兴地上路。以吏部尚书另外使用，不是想入阁又是什么呢？这就是方献夫的疾病痊愈的原因。现在又派遣他兼管吏部，他必将呼引朋友同类，执掌威福之权，不大坏国事不会停止。像汪钅宏，则如鬼怪，不可比述。他所仇恨的只有忠良，他所图谋的只有报复。今日上奏降某官，明日上奏调某官，这些官员不是他所憎恨的就是宰相所憎恨的。我想不到陛下将汪钅宏寄托为心腹，而汪钅宏逞奸务私以至于达到如此极端。而督察院处于纲纪的首位。陛下如果不早用忠厚正直的人代替他，万一御史领命外出，效法他的刻薄来希求称职，为害天下生民百姓，能承担天下之言吗？所以我说张孚敬是根本的彗星；汪钅宏是腹心的彗星；方献夫是门庭的彗星。这三颗彗星不除去，百官不和，庶政不平，虽然想消弭天灾，不可能获得成功。”
皇帝得到疏章后大怒，将他逮捕下锦衣狱，追究主使他的姓名。冯恩一天天遭受拷打，多次濒临死亡，他的话始终没有改变。只是说御史宋邦辅曾经到过南京，谈到朝政和诸大臣的得失。于是一并逮捕宋邦辅并且下狱，夺去他的官职。
第二年春天将冯恩转移到刑部狱中。皇帝想按妄自上言大臣德政律问他的罪，致他于死地。尚书王时中等人说：“冯恩的疏章毁誉各有一半，不是专颂大臣，应当减罪戍边。”皇帝更加恼怒，说：“冯恩不是专门指责张孚敬三个臣子，只因为大礼的缘故，仇君无上，死有余罪。王时中是想欺公鬻狱吗？”于是革除王时中的官职，夺去侍郎闻渊的俸禄，贬郎中张国维、员外郎孙云，调到极边任杂职，而冯恩竟被判死刑。冯恩的长子冯行可十三岁，伏在殿阙讼冤。日夜匍匐长安街，见到有冠盖的官员经过，就攀车呼号乞求搭救，终究没有敢说话的人。当时汪钅宏已迁吏部尚书，而王廷相代他任都御史。因为冯恩被问的罪名不适当，王廷相上疏请求宽恕他，皇帝不听。
等到朝审，汪钅宏担任主笔，面向东而坐，冯恩独向殿阙而跪。汪钅宏命令士兵拽冯恩面向西，冯恩起立不屈。士兵呵斥他，冯恩怒叱士兵，士兵都委靡下去。汪钅宏说：“你屡次上疏想杀我，我现在先杀你。”冯恩喝叱说：“圣天子在上，你身为大臣，想以私怨杀害言官吗？而且这是什么地方，面对百僚诸公说这样的话，为什么没有忌惮呢？我死为厉鬼也要击杀你。”汪钅宏怒声说：“你以廉耻自负，而在狱中多受别人馈赠，是为什么呢？”冯恩说：“患难相恤，是古来之义。哪像你接受金钱卖官爵呢？”于是列举他的数件事，揭发汪钅宏不止。汪钅宏更加恼怒，推案而起，想殴打他。冯恩声音也更加严厉。都御史王廷相、尚书夏言援引廷臣大体为他们缓解。汪钅宏稍微止怒，但犹署案情真实。冯恩出长安门，士民来观看他的人像围墙一样多。都叹息说“：这个御史，不但口如铁，他的膝、他的胆、他的骨头都像铁。”所以称他为“四铁御史”。冯恩的母亲吴氏击登闻鼓讼冤。皇帝不省悟。
第三年，冯行可上书请求代父而死，皇帝不许。这一年冬天，事情更加紧迫，冯行可于是刺臂书写疏章，自己捆缚自己到殿阙下，他说：“我父亲自幼就失去依靠。祖母吴氏守节教育他，才得以成人，得为御史。全家受俸禄，图报无地，私忧过分，隐于大辟之罪。祖母吴氏年纪已有八十多岁了，忧伤之深，只剩下一点气息。如果我父亲今日死去，祖母吴氏必定在今日死。我父亲死，我祖母又死，我就是茕然一孤，必定不会独生。希望陛下哀怜，置我的罪，而赦免我的父亲，苟延祖母和父亲二人的性命。陛下杀我，不伤我的心。我被杀，不伤陛下的法。我谨伸着脖子来等待白刃。”通政使陈经为他入奏皇上。皇帝看了以后很悲痛，下令法司再讨论。尚书聂贤和都御史王廷相说，情和法不能成双，适宜用奏事不实律，输赎还职，皇帝不许。于是他们说冯恩情重律轻，请求让他守戍边关，皇帝下令许可。派遣冯恩戍守雷州。而汪钅宏也在后两月被罢官职。
过了六年，遇赦归还。居在家中，专为乡亲们做德事。穆宗即位，录先朝的直言之人。冯恩年纪已有七十多岁，即家拜大理寺丞，退休。又听从有司的话，表彰冯行可为孝子。冯恩八十一岁死去。