程启充，字以道，嘉定州人。正德三年(1508)进士。授官三原知县，调入朝廷任御史。当时很多皇上宠爱之臣的子弟家人滥冒军功，有的得到都督职被赐蟒袍玉带。程启充上奏说：“定制，军职授官，悉准首功。现在宠癰之门大启，有买功、冒功、寄名、窜名、并功之弊。权要之家贿赂军士金帛，用来换取所获得的首级，这叫买功。冲锋斩敌首级的是甲，而乙却取去，更有甚者杀平民以为敌贼，这叫冒功。身不出门闾，而名子却隶属行伍，这叫寄名。贿赂求属官，洗补文册，这叫窜名。以至于有一人之身，一日之间，人不出京师，而东西南北四处报他的功劳，按名累计首级，骤然到达高阶，这叫并功。这都是破坏祖宗之法，使将士解体，乞求皇上严为审察进行革除。”皇帝不采用他的意见。
十一年(1516)元旦，群臣半夜入贺，到日已偏西礼才成。到散朝的时候，已是黄昏黑夜。众人奔趋而去，颠仆互相践踏。将军赵朗，死在禁门。程启充详细报告这种情况，请求皇帝清晨视朝，以图明作之治。都督马昂进献有身孕妹妹，程启充等人极力争辩。既而又极力陈述冗官、冗兵、冗费的弊端，请求全部进行革罢。但皇帝都不察看。腾骧四卫军改卫的，奉诏令撤回，而各卫被遣派的户籍仍然支粮，糜费仓储八十七万多石。程启充极力诉说这件事，冒支弊绝。因父丧事回家乡。
世宗即位，程启充被起用为原官职，就争辩兴献帝皇号。嘉靖元年(1522)正月城郊祀祭刚刚完毕，清宁宫小房失火。程启充说：“火灾到达内寝，是由于徇情之礼违背天常，僭逼之名很悖典则。辅臣坚执廷议，礼臣明白建言，不能抵挡经生的邪说，佞亻幸的谄谀词语，动不动假母后以钳天下人的言论。臣认为不正大礼，不黜邪说，所谓的是修身反省都是形式。况且近时的旨意是从宫中而出，内阁不知道，奸党案件成立而委曲为其庇护。诤谏之臣被贬斥驱逐，耳目有被堵塞遮蔽的忧患。大臣被疏远，股肱有痿痹的祸患。司礼之权重于宰相，枢机这种关键地方委任宦官。近臣贪浊，频频有升迁授官的。边关将帅师败，听不到被谴责贬斥。庄田的赏赐过多，潜邸的乞恩没有停止。伏望陛下仰畏天明，俯察众人之言，亲近大臣，严明庶政，以转变灾祸。”皇帝只说知道了。
不久，出按江西。获得宸濠通肖敬、张锐、陆完等人的私人信件，他想急着去掉孙燧，说：“代替他的人汤沐、梁宸可以，其次王守仁也可以。”因判论肖敬、张锐等人的罪状，并说王守仁袒护叛逆，应当追问剥夺俸禄。给事中汪应轸诉说王守仁的功劳，说：“叛逆宸濠的私人信件，有诏令焚毁。程启充轻信被贬黜的知县章立梅摘取的言词，才有这样的奏章，不是用来勉励有功的办法。”主事陆澄也为王守仁上奏辩解。御史向信据此弹劾汪应轸和陆澄，皇帝说：“王守仁一听到宸濠政变，仗义兴兵，平定大难，特加封爵，以酬大功，不必更议。”皇帝听从太监梁栋的请求，派遣中官督南京织造。程启充偕同官和科臣张嵩等人竭力诤谏，皇帝不加采纳。
程启充向来言语正直，张璁、桂萼厌恶他。正巧郭勋庇护李福达的官司，被程启充弹劾，张璁、桂萼因而指责程启充挟私，程启充被谪贬守戍边卫。十六年(1537)遇赦回来。言官交互推荐他，没有再次被任用，默默死去。隆庆初年，赠官光禄少卿。