曹邦辅，字子忠，定陶人。嘉靖十一年(1532)进士。历任元城、南和知县，以廉洁干练著称。提升为御史，巡视河东盐政。巡按陕西，弹劾总督张珩等人冒功，他们都谪戍边关。调任湖广副使，补职河南。
柘城叛贼师尚诏造反，攻陷归德。检校董纶率民兵巷战，手刃数贼，与他的妻子贾氏都战死。敌贼又攻陷柘城，劫获举人陈闻诗做主帅。陈闻诗不听，斩其随从来要挟他。陈闻诗哄骗他们说：“一定要我同行，就不要杀人，不要放火。”敌贼许诺，将他拥上马。他三天绝食，到鹿邑自缢而死。敌贼包围太康，都指挥尚允绍与他们在鄢陵交战，被敌贼打败。尚允绍又在霍山攻击敌贼，被敌贼包围，官兵没有敢前进的。曹邦辅将走在最后的士卒斩首，士卒就竞相前进。敌贼大溃，被擒斩的敌人有六百多人。师尚诏跑到莘县，被擒。敌贼起兵四十多天，攻破一府、八县，杀戮十多万人。曹邦辅与敌人急战，将他们歼灭。皇帝下诏令赏赐银币，升曹邦辅为山西右参政，迁浙江按察使。
三十四年(1555)拜封为右佥都御史，巡抚应天。倭寇聚集柘林。他们的党徒从绍兴逃窜转掠杭、严、徽、宁、太平，接着侵犯南京，攻破溧水，抵达宜兴。被官军追逼，逃奔浒墅。副总兵俞大猷、副使任环多次在半路上攻击他们，但柘林的余贼已经进据陶宅。曹邦辅督副使王崇古包围他们，佥事董邦政、把总娄宇协助剿敌。敌贼逃跑到太湖，被官军追上，并被全部歼灭。副将何卿的军队被敌人打败，曹邦辅援助他们。用火器攻破敌贼战船，前后俘歼六百多人。侍郎赵文华想窃取他们的功劳。曹邦辅的报捷之书先奏上皇帝，赵文华非常厌恨。既而赵文华与浙江巡按御史胡宗宪会同曹邦辅进攻陶宅的敌贼，诸路营军都被敌人击败。敌贼撤退时，曹邦辅进攻他们，又被打败，被剥夺俸禄。赵文华上奏告曹邦辅避难击易，致使战败，总督杨宜也奏曹邦辅故意违抗节制。给事中夏木式、孙..为曹邦辅抗争，曹邦辅没有获罪。赵文华回到京城，上奏余贼已扫尽，而巡按御史周如斗又奏失败的情况，皇帝很怀疑赵文华。赵文华因而说“：敌贼容易歼灭，督抚的人员不当，致使战败。我过去论告曹邦辅，夏木式、孙..却生事诬蔑我。东南涂炭何时能解除啊。”于是逮捕拘囚曹邦辅，将他谪戍朔州。
隆庆元年(1567)，杨博治理吏部，起用曹邦辅为左副都御史，协助处理院事。晋官兵部右侍郎，管理军政。不久以左侍郎兼右佥都御史，总督蓟、辽、保定军务。他说修治边墙并非上策，应当紧急练兵；兵练成之后才能谋议边事。用给事中张卤的话，召曹邦辅为右都御史，掌管院务。皇帝因京营事重，改协理为阅视，将京营交给懂得军事的大臣，遂以左都御史召还任职。之后，听从恭顺侯吴继爵的话，又改阅视为提督。
不久，转为南京户部尚书。上奏督仓主事张振选不听管束。吏部因而说：“过去执政喜欢别人取悦自己，属下的官吏依靠它来作为奥援。构陷朝堂上官员，以至于屈身降意，倒置名份。在外的巡按御史也曲庇进士推为知己，监司贤与不肖出自他的口吻。祸害政治没有比这更厉害的。”穆宗深深感到这些话是对的，于是贬黜张振选，整治内外诸司，但终不能改变。
曹邦辅多次乞求退休，皇帝不听。万历元年(1573)获准去京师，又因病请求离去，并且说辛爱有非分的企图，应当谨慎防备他。于是引退离去。过了三年，死去。赠太子少保。
曹邦辅廉洁刚直。在吴中被逮时，有司送上所储俸钱，被挥之出去。做官四十年，家里没有余钱。巡抚、巡按向皇帝报告这个情况，皇帝下令派遣右评事刘叔龙为他营造坟墓。