杨选，字以公，章丘人。嘉靖二十三年(1544)进士。授官行人。提升为御史，迁易州兵备副使。俺答包围大同右卫，巡抚朱笈被逮捕，越级升杨选为右佥都御史代替他。与侍郎江东、总兵官张承勋解大同之围。因父丧回家，再次被起用，仍然任原职。
四十年(1561)提升他为总督蓟、辽副都御史。他逐条上奏封疆极弊十五事，皇上多听从他的请求。因居庸岔道退却敌人有功，进官兵部右侍郎。
第二年五月，古北口守将派遣哨兵出塞，朵颜卫抓住其中四人。部长通汉叩关索要赏赐，副总兵胡镇将他捉住，并将他的同党十多人捆缚起来。通汉的儿子恐惧，带被抓住的哨兵到墙下，请求交换他的父亲。通汉是辛爱妻子的义父，杨选想用他来牵制辛爱，要他的儿子来做人质，才遣还他的父亲。从这时起通汉的诸个儿子轮流作为人质，半年换一次。杨选急驰上疏报告皇帝知道，并自夸有方略。杨选和巡抚徐绅等人都受到赏赐。
十月十一日，辛爱和把都儿等人大举从墙子岭、磨刀峪毁墙入侵内地，京师戒严。皇帝大惊，告诉阁臣徐阶说：“我看见东边的火光，说明此贼寇离京城不远，下令兵部告诉诸军并力剿除驱逐敌人。”第二天，杨选报告皇帝敌寇向东逃遁，并为将士祈求赏赐。皇帝怀疑这件事，就问徐阶。徐阶回答说：“敌寇的军营还在平谷，杨选等人往通州去了，说追杀敌人，简直荒谬。”皇帝怀恨他。敌寇逐渐向东，大肆抢掠三河、顺义，包围诸将付津等人于郑官屯。杨选派遣副将胡镇偕同总兵官孙膑、游击赵溱攻打敌人。孙膑、赵溱战死，胡镇竭力作战才得以逃脱。敌寇逗留内地八天不退走。给事中李瑜于是弹劾杨选、徐绅和副使卢镒，参将冯诏、胡粲，游击严瞻等人，他们都被逮捕下狱。又过了二日，敌寇才向北离去，京师解除戒严。
起初，侦察的人说敌寇准备窥探墙子岭，兵部檄文要求严阵以待，而三卫为敌寇引导的人欺骗杨选说敌寇开赴潘家口。敌寇已经侵入，杨选、徐绅恐怕有罪，径直趋向都城，屯兵东直门外，不久返回通州。等到派遣胡镇等人抵御敌人，又不能取胜。内侍住在蓟西的人，纷纷传说通汉父子实际召来敌寇。皇帝听到这个话，更加恼怒。法司以杨选、徐绅、冯诏守备不设之罪按律论斩，卢镒等人贬戍边关。皇帝告诉锦衣朱希孝问杨选放纵通汉勾结敌寇之罪，又将杨选下诏狱。杨选不承认，只承认抓住通汉父子这件事，并说这件事已经报告皇帝知道。朱希孝记录他的话呈上皇帝，刑部按皇帝的意思判杨选死刑。立即在市杀戮，枭首到边关示众，他的妻子流放二千里。徐绅被判死罪拘囚在狱，冯诏和卢镒等人贬戍边关。皇帝虽然特别恼恨杨选，但只想诛他本人，法司则连带问他妻子的罪。隆庆年初，他的妻子才释放回家。