孙继鲁，字道甫，云南右卫人。嘉靖二年(1523)进士。授官澧州知州。因事改为国子助教。历任户部郎中，监督通州仓。历任卫辉、淮安二府知府。织造中官经过淮安，孙继鲁和他相忤逆。遭诬陷而被逮捕到京都，大学士夏言将他救免。孙继鲁不感谢他，夏言不高兴。将他改补黎平。后提升他为湖广提学副使，又进职山西参政。数次以法绳治宗藩。等到他迁按察使时，宗藩一百多人围着马匹打开他的行装，除破旧衣服外别无长物，于是载酒谢过。不久升迁为陕西右布政使。
二十六年(1547)他被提升为右副都御史，代杨守谦巡抚山西。孙继鲁耿介，所到的地方都以清正廉洁见闻，然而性情刚烈意气用事。总督都御史翁万达建议撤消山西内边兵，并且尽力镇守大同外边关，得到皇帝的准可。孙继鲁上书抗争，说：“紫荆、居庸、山海诸关，东边临近溟渤；雁门、宁武、偏头诸关，西边靠着黄河。天设重险，以藩卫国家，怎么能聚师旷野，洞开重门来引进敌人。紫荆诸关之拱卫京师，与雁门诸关作为全晋的屏障一样的重要。今建议者不撤消紫荆用来一起守卫宣府，岂可独撤雁门用来一起守卫大同呢？况且从偏头、宁武、雁门向东抵达平型关是山西的漫长边塞，从右卫双沟墩至东阳河、镇口台是大同的长边，从丫角山至双沟一百四十里是大同的紧要边关，从丫角山到老牛湾一百四十里为山西紧要边关，论长边那么大同为急要，而山西则稍缓一些，就紧要边关来说则都是最急。这些都与河套密近，可比作河套的门户。山西守在左边，大同守右边。山西就是尽力守住左边还不能支持住，又怎么能分出力量来守大同这个右边呢？近年来敌寇不敢侵犯山西境内各郡，是因为三关防备森严的缘故。如果让三关的将士远离堡戍，想不受侵犯就难以做到啊。全师在外，强寇内侵，那么紫荆、倒马诸关不是白守了吗？”翁万达听到后不高兴，就上疏说：“增兵摆边，开始于近年，这与额定守边者是不同的。孙继鲁乃是用危言相恐吓，又遗臣书，论说往年建云中边关的提议，政府大臣几乎难以免罪。近年撤各路军兵，督抚已经蒙罪。他的诋毁竟如此。今年秋防已经迫近，请求调走孙继鲁，否则就早点罢去臣职，无误边事。”兵部说孙继鲁的话是对的。皇帝不从，下到朝廷议论。廷臣请求按翁万达的话办。皇帝正倚赖翁万达，恼怒孙继鲁传递私书，援引往事非议君上。而夏言也讨厌孙继鲁，不为他说话，于是逮捕孙继鲁下诏狱。因脖子上长疽疮，孙继鲁死在狱中。
孙继鲁做巡抚只有四个月。山西的人晓习他的前政，希望有所设施，孙继鲁竟因非罪而死，他们都为他痛惜。宗藩有上书为他鸣冤的人，就是以前夺视其行装的人。穆宗即位，赠孙继鲁兵部左侍郎，赐祭葬，并荫庇一子，谥号清愍。