叶淇，字本清，山阳县人。景泰五年(1454)，考中进士。授予御史职务。天顺初年，权臣石享在皇帝英宗那儿说了叶淇的坏话，叶淇被送交有关部门审理，但调查审讯并没有获得他违法的证据，叶淇被贬为武陟知县。成化中年，渐次升为大同巡抚。孝宗即位，召叶淇为户部侍郎。弘治四年(1491)，叶淇接替李敏为户部尚书，不久加太子少保衔。当时发生了吐鲁番攻陷哈密的事件，边防官员请求给哈密遗民衣食供应，并将他们安置于内地。叶淇说“：这是给自己留下祸患。”停止了这项奏疏。不法之徒献纳大名田地为皇庄，叶淇谏议将这些田地交给有关部门处理。宦官龙绶请开银矿，叶淇不同意，孝宗听从了叶淇的意见。不久，龙绶又请求长芦盐引票二万引，在淮南淮北两地出卖，以供应宫廷织造费用。叶淇极力谏争，孝宗竟没有接受。
叶淇执掌户部六年，正直信实而有原则，能够为国家节约财政开支。每次朝廷议论用兵，叶淇总是持不同意的态度。叶淇还改变了由商人输粮于边的开中之制，命令淮地商人输银代粮，盐税骤然增至百万两，并将盐课税全部交给运输部门，边粮储备因此大为减少。弘治九年(1496)，叶淇请求退休，归家去世，朝廷封赠他为太子太保。