尹昌隆，字彦谦，泰和人。洪武年间，进士及第。被授予修撰，后改任监察御史。
惠帝刚即位时，出来视朝较晚，昌隆上疏劝谏道：“高皇帝鸡鸣而起，黎明即上朝，太阳没出已经接见百官了，所以能够百务振兴，天下平安。陛下继承大业，应该继承祖宗的雄武精神，兢兢业业，忧勤万机。但现在却已图安逸，太阳已出来数刻，还没有临朝。群臣宿卫宫中，疲于等候，旷职废业，上下松弛。如果这种现象传到天下四裔，将不是社稷之福。”皇上说“：昌隆的话很恳切坦直，礼部将他的话宣示天下，使天下知道我的过错。”不久，他因有地震又上书，被贬任福宁县知县。燕王军队逼近时，昌隆以北方来的章奏动辄便引周公辅佐成王的故事为由，劝皇上罢兵，允许燕王入京朝见；如果有了差错，便让出皇位；如果现在沉吟不断，进退唯艰，那以后想求作丹徒布衣也不行了。成祖入京师后，昌隆名在奸臣之中，因前面这篇奏章被免去死罪，命他到北平教授世子。
永乐二年，册封世子为皇太子，升昌隆为左春坊左中允。他随事匡正劝谏，太子很敬重他。解缙被贬退时，同一天改任昌隆为礼部主事。尚书吕震正在掌权，他性格刻薄妒嫉，当他独处深思时，如果用手指刮眉毛，则定有密谋深计，他的属官一发现便互相告诫，没有人敢在这种时候来汇报事情。昌隆上前汇报，吕震怒而不应。过了一会儿昌隆又汇报，吕震更怒了，拂衣而起。昌隆退下去向太子汇报，取得令旨来实行。吕震大怒，上奏说昌隆假托东宫臣僚，暗中想结党，蓄藏无君之心。昌隆被逮捕入狱，不久遇上赦令得以复官。父亲去世后，他不待守孝期满，即被召回任职，他去拜见吕震，吕震温言接待他。他入宫处理先前的奏章，又被投进锦衣卫监狱，并被抄了家。皇上每次出京巡幸，被投进诏狱人的都被车载随从，称为随驾重犯，昌隆也在其中。
过了几年，谷王谋反之事发。因谷王先前曾奏请昌隆做他的长史，就判他以同谋之罪，诏令公卿一起审问。昌隆不停地申辩，吕震驳斥他。定案之后，把他极刑处死，并将他诛族。后来吕震病重将死，叫喊“尹相”，说见到昌隆想杀他。