刘耕孙字存吾，茶陵州人。至顺元年(1330)进士，授承事郎及桂阳路临武县知县。
临武县临近少数民族地区，耕孙至，召集地方父老说：“我是儒生，今为你们的知县，你们当体察我的主张，训诫你们的子弟，要他们讲求孝悌，致力于农业，有暇则读《诗》、《书》，不要自暴自弃，冒犯国法。”又物色民间教师，建学校以教育子弟，设祭祀以习礼仪，三年而文化大兴。邑有茶税，岁额不过五锭，后增至五十锭。耕孙向朝廷报告此情，乃减免税额。后历任建德、徽州、瑞州三路推官。所到之处，审判疑案，政绩卓然。
至正十二年(1352)，蕲、黄民众起义，攻破湖南。耕孙倾家产招募丁壮，援救茶陵，义军屡次受挫，茶陵亦因而久未失守。十五年，转任儒林郎，宁国路推官。时因天灾闹饥荒，耕孙劝富人开仓赈灾，使数以万计的饥民免于死亡。有军琐南班、程述、谢玺等人进攻宁国，耕孙守城之西南，白天处理府中事务，夜晚便率兵守城。江浙行省遣参知政事吉尼哥儿来援，但到达宁国时，兵卒疲惫，城里守兵以为有援军，也不为备，结果，为琐南班所乘，夜四鼓，引众缘堞而上，城破，耕孙力战身死。