元明善字复初，大名清河人。其祖先大概是拓跋魏的后裔，居住在清河的到明善已是第四世了。明善资质颖悟，读书过目不忘，学习诸经都能理解，而对《春秋》更为深刻。二十岁游吴中，文章名声卓著。由浙东使者荐为安丰、建康两县学正。
后来征召为枢密院属官，当时董士选为院佥事，对待他像宾客、朋友一样，不敢以属官对待他。士选升为江西左丞，又征召他为省的属官。当时赣州刘贵反叛，明善随士选统兵讨伐，擒三百人，明善对一些牵连的一律从轻惩处，使一百三十人免于死刑。有天，将佐说：“应该多杀俘获的叛逆，死了的应戮尸示众，以振军威。”明善坚决争辩，认为朝廷的军队，应奉行先帝的惩罚，这些人是小丑跳梁，杀大头子就可以了，百姓有什么罪。所以后来才得到赣、吉两地民丁十万人，有司企图从中得利，而明善请求焚烧反叛者名册以灭其迹，于是二郡百姓安宁无事。
升明善为南行台属官。不久授枢密院照磨。后又迁职中书左曹的属官。当初明善在江西时，张王宣为该省参政，明善有匹骏马，但是很瘦，张王宣借来骑用，时间长了，马养得肥壮起来，王宣非常喜爱，给三十斛米作为酬谢。后来王宣倒台，江浙行省清查其家产，金谷簿中写有“米三十斛送元复初”，不说是酬谢马的钱，明善因此判罪免职。很久以后，才有人为他辩白这件事，恢复省属官之职。
仁宗在东宫时，首先提拔他为太子文学。即位后改任翰林待制。参知编修《成宗实录》、《顺宗实录》，升翰林直学士。诏令他节录《尚书》经文，译其涉及政治者献上。明善推荐宋代忠臣集贤直学士同译润色。书编成后，每上奏一篇，帝一定称赞，并说：“二帝三王之道，要不是你，我不可能知道。”兴圣太后受尊号后，廷臣请求赦免罪人，明善说“：多次赦免，不是好人之福，宽容过失就可以了。”
奉旨去山东、河南救灾，当时彭城、下邳各州连着几十个驿站，人饿马死，而官府不下达文书赈济借贷，明善用二千锭分给百姓，并说：“我擅自命令，就是犯罪也不推辞。”回来后修编《武宗实录》，又升翰林侍讲学士，参预讨论科举、服色等事务。
延..二年(1315)开始进士考试，任明善为考官；廷试时又为阅卷官，所取士后来多为名臣。又改任礼部尚书，整饬孔氏宗法，使宣圣五十四世孙思晦袭封衍圣公。此情上报后，帝认为可以。提拔为参议中书省事，不久，入翰林为侍读，授湖广行省参知政事。又召入集贤任侍读，讨论扩充庙制，升翰林学士，修编《仁宗实录》。英宗亲自到太室祭奠，礼官送上祝册请署御名，帝命明善三次代帝签名，对他关怀之深厚，当时无人能相比。至治二年(1322)卒。泰定年间赠资善大夫、河南行省左丞，追封清河郡公，谥号文敏。
明善早就以文章自豪，到晚年造诣更深，有文集流行于社会上。
当初在江西、金陵时，常同虞集进行激烈争论相互切磋。明善说“：虞集整理诸经，只选朱熹所定，自汉以来先儒曾对经书尽心尽力，但考释很不广博。”虞集也说“：凡文辞能表达自己想说的话就可以了，一定要像明善说的‘像雷霆那样震惊，像鬼神那样灵变’然后才行，这不是性情端正的表现。”两个人原相处很好。到京师后，各不相让。董士选到江浙中台行省，两人一块送他到门外，士选说：“伯生以教导为职责，应该早回，复初可以再送我一程。”集回去了，明善送到二十里外，士选下马入旅舍，备置菜肴，与明善同饮，士选举杯嘱咐说：“士选以功臣之子，出入台省，对国家没什么补益，只求得几个好的士人，被朝廷使用，像复初和伯生，以后一定会显赫，但也难免被人挑拨离间。复初是中原人，仕途上会受到重用；伯生是南方人，将被复初摧折。现在饮下我这杯酒，希望你不要像这样。”明善接过酒杯，跪着饮干后起立说“：确实像您说的，且不说以后，现在已有缝隙，请您再赐一杯，我终身不敢忘您的话。”饮完第二杯就告别了。
真人吴全节与明善交往密切，曾求明善做文，明善对他说：“伯生见了我的文章一定会讥笑，我很想知道他说什么。成季为我准备，请伯生来看，如已镌刻石上就不好办了。”第二天虞集来了，明善拿出文章给集看，集说：“你能按我的话，删去一百多字，就可以了。”明善立即将笔蘸好墨，嘱集修改，共删一百二十多字，文章更加精当。明善大喜，于是二人和好如初。集每见深明经书的人士，也把明善的话告诉他们。