吴元珪字君璋，广平人。父亲名鼎，任燕南提刑按察副使。元珪生活简朴，为人持重，喜思考，凡征战方略、治国之道、律令章程的知识，都是家中传授的。至元十四年(1277)世祖召见，命授后卫经历，佩戴金符。十七年随帝去上都，受命去大都万岁山取药，不到一昼夜就到了，帝惊奇他的神速，提升枢密都事，升经历。曾随俺伯进西蕃铠甲，帝问西蕃的制度，回答得非常详细、明白，帝更奇其才能。
当时江南已平定，枢密奏请裁定官属，京师五卫、行省、万户府各设官吏，都有俸禄，给医药，设学校，置屯田，这些多为元 珪建议。二十六年参议枢密院，不久升枢密院判官。奏请规定万户用军八人，千户四人，百户二人，多役者有罚。二十八年任礼部侍郎，调迁左司郎中。三十一年参议中书省事。
大德元年(1297)，任吏部尚书，官吏的选拔考核多数人偏袒自己同乡，元 珪说“：此风不能助长，川党、朔党兴起，就是宋朝衰败的原因。”三年，任燕南宣抚，弹劾贪吏若干人。又迁工部尚书。河朔连年水灾，五谷不收，元 珪说：“《春秋》一书的宗旨，是以养民为本，凡用民力一定有记载，民力得到休息，人民生活就会好，人民生活好，就能进行教化，风俗也就好了。”宰相很称赞这席话。六年，任命河南中书省佥事，又任命浙江省参知政事。当时江浙省臣只元 珪一人没有贪财贿赂之事。
武宗即位，由枢密院佥事升枢密副使。诏令元珪二十多人议政，提出惜人力、严选举、节财用、定律令、谨赏罚、建科举、劝农桑、汰冗员、易封赠，都是当时必办之事。帝久闻元 珪之名，特加封平章政事，赐银二百五十两，只孙衣四套。
仁宗即位，诏元珪等十六人议论时政。皇庆元年(1312)出任江浙行省左丞。江淮漕臣提出要搜括江南的民田，元 珪反对说：“江南四年来都较太平，户有定籍，田有定亩，一有动摇，危害不小。”争执一月不下，元珪称病离去。延..元年(1314)任甘肃行省左丞。一年多召回，以宣抚身份到辽阳郡，又任枢密副使，帝在嘉禧殿召见他说：“你是前朝旧臣，应该仍任原职。”特加封荣禄大夫，赐钞五千缗、貂裘衣两套。元 珪上奏说：“从前世祖限制四百亩田供给军需，剩余的田全部要纳赋税。现在管理江淮田地的官员，以多报田亩来显示自己的能力，加上当地官府苛敛民财，使善良的百姓，一天天更加困苦，臣恐一旦生变，危害国家，惟望陛下稍加计虑。”帝曰：“凡你军士的田，都依旧制。”
至治元年(1321)英宗即位，元 珪与帖木儿不花上奏有关军民的十多件事，大抵是：诸王近侍，不能干预军政；管军的官吏，不能剥削军户；有才能的军官，应该升迁；官府征收赋税，一定要公正，不能偏颇；军官袭职，只传嫡嗣。帝赞许并降旨施行。元 珪因年老辞官退隐，至治二年起用商议中书省事务。三年卒。泰定元年(1324)赠光禄大夫、河南等处行省平章政事、柱国，追封赵国公，谥号忠简。三年，又加推诚佐理功臣、光禄大夫、司徒。