秦起宗字元卿，祖籍上党，后迁居广平之氵名水县。起宗生长在战争年代，练字无纸，其父削柳木为片，写好后教他，等到能背诵后，削去再写新的内容。十七岁时，适逢设立蒙古学，他一学就成，征召为武卫译史，御史中丞塔察儿爱其才，升任中书省译史。
仁宗即位，取消尚书省，他又转迁任中书省译史，屡次升迁太子家令司典簿官，又升南台御史。建业是多水的地方，有时确实遭灾，而官府压制不报，有时无灾却说有灾，起宗改装去了解实情，人们都认为他有高超的才能。
文宗就位，命威顺王征八番，这时蜀省襄加台拒命不服，起宗极力劝阻，认为武昌是重镇，应防备上游的军队及亲王，不能离开湖广远去。此后帝对威顺王说“：八番行军，要不是秦元卿，几乎铸成大错。”朝廷议论要起宗治理蜀地，幕府忘了他的名字，说秦元卿，帝提笔改起宗，帝对他的关怀达到如此程度。授中台御史，中丞和尚接纳妇女、贱买县官屋，起宗多次弹劾，甚至在皇帝面前跪着陈述己见，不肯立起，表示“：不办和尚的罪，不能正国法。”终于使和尚服罪。帝说“：做御史的应该像这样。”又弹劾福建地方长官卜咱耳，曾与父妾私奔，其父气死。起宗将他流放至岭南，自此时，有事直言，无一点忌讳，有《御史奏议》一卷。
升迁都漕运使，帝对他说：“漕输之事，多遭损坏，依靠你去治理。”出任抚州路总管。到任之日，官府供设帷帐，隆重欢迎，起宗问费用由谁出，小吏说“：由百姓出。”叫迎接的人快回去，从此，官府如果有集会，行礼完毕即止。他对大家说：“我出身于农家，安于节俭，喜欢安静，希望我的百姓也勤俭节约。”过了一年，因年老辞官，第二年，以兵部尚书之职退隐，又过了一年卒，谥号昭肃。