秦起宗字元卿,祖籍上党,后迁居广平之氵名水县。起宗生长在战争年代,练字无纸,其父削柳木为片,写好后教他,等到能背诵后,削去再写新的内容。十七岁时,适逢设立蒙古学,他一学就成,征召为武卫译史,御史中丞塔察儿爱其才,升任中书省译史。

仁宗即位,取消尚书省,他又转迁任中书省译史,屡次升迁太子家令司典簿官,又升南台御史。建业是多水的地方,有时确实遭灾,而官府压制不报,有时无灾却说有灾,起宗改装去了解实情,人们都认为他有高超的才能。

文宗就位,命威顺王征八番,这时蜀省襄加台拒命不服,起宗极力劝阻,认为武昌是重镇,应防备上游的军队及亲王,不能离开湖广远去。此后帝对威顺王说“:八番行军,要不是秦元卿,几乎铸成大错。”朝廷议论要起宗治理蜀地,幕府忘了他的名字,说秦元卿,帝提笔改起宗,帝对他的关怀达到如此程度。授中台御史,中丞和尚接纳妇女、贱买县官屋,起宗多次弹劾,甚至在皇帝面前跪着陈述己见,不肯立起,表示“:不办和尚的罪,不能正国法。”终于使和尚服罪。帝说“:做御史的应该像这样。”又弹劾福建地方长官卜咱耳,曾与父妾私奔,其父气死。起宗将他流放至岭南,自此时,有事直言,无一点忌讳,有《御史奏议》一卷。

升迁都漕运使,帝对他说:“漕输之事,多遭损坏,依靠你去治理。”出任抚州路总管。到任之日,官府供设帷帐,隆重欢迎,起宗问费用由谁出,小吏说“:由百姓出。”叫迎接的人快回去,从此,官府如果有集会,行礼完毕即止。他对大家说:“我出身于农家,安于节俭,喜欢安静,希望我的百姓也勤俭节约。”过了一年,因年老辞官,第二年,以兵部尚书之职退隐,又过了一年卒,谥号昭肃。