孔文仲字经父，临江新喻人。性情洁身自好，很少言笑。年青时刻苦问学，号称广博洽闻。考中进士，南省考官吕夏卿，称赞他的词赋清澹秀丽，策论深博，文章气势类似荀卿、扬雄，建议主管部门，拔为第一。调任余杭县尉。恬静正直自守，不事请托求见。转运使在杭州，召他参与议事，议事完毕后，马上回县，不去州府。有人问他，他说“：我在州府没事。”又转任台州推官。
熙宁初年，翰林学士范镇以制举荐举他，应对策论九千余言，力论王安石所建立的理财、训兵之法为不对，宋敏求列他为特等。王安石发怒，告诉神宗，御批罢归原官。齐恢、孙固封还御批，韩维、陈荐、孙永都极力上言孔文仲不应黜退，五次上奏章，没有得到同意。范镇又说：“孔文仲低贱疏远，不知忌讳。而且以直言求之，却又怪罪他，恐怕为圣明之累。”也不听从。苏颂叹息说“：朝廷正求贤才如饥渴，有这样的人才而不被录用，岂不是议论太高远而难以符合邪佞，言词太偏激而取怨吗？”
吴充为宰相，想要把孔文仲安排在馆阁，又有人嫉妒，仅得国子直讲。求学的人正用王氏经义上进，孔文仲不研习王氏书，换为三班主簿，出任保德军通判。当时征伐西夏，几十万人都到边境上，很久不解散，边地人厌倦困苦，孔文仲陈述三不便说：“大部队没有出动，而丁夫预先集中；河东雇民夫，劳民伤财；各路出兵，首尾不相应。虞、夏、商、周的强盛，未尝没有外侮，但怀柔制御的要旨，不在彼而在此。”
元..初年，哲宗召用孔文仲为秘书省校书郎，升礼部员外郎。有人说：“皇族只有杨、荆二王能称皇叔，其余应各系其祖宗，好像唐代人称诸王孙之比。”孔文仲说“：皇帝刚即位，应广敦厚和睦之义，不应疏远离间骨肉。”议论于是平息。升任起居舍人，提拔为左谏议大夫。七月初一发生日食，孔文仲上疏条陈五事，叫邪说乱正道，小人欺凌君子，外族人欺侮中国，邪论剥夺公论，人臣轻视国命，应觉察这些以消去灾兆。论青苗、免役法，首先困敝天下，保甲、保马、茶盐法，是遗留祸患。改任中书舍人。
元..三年(1088)，孔文仲同知贡院。孔文仲先患寒病，到这时，日夜不废职责。同事以其身体病弱，劝他先出去，或者住在其他寝室。孔文仲感谢说“：居官则任其职责，不敢因病自便！”于是病愈加沉重，回家而去世，终年五十一岁。士大夫都哭之失声。苏轼拍着他的灵柩说“：现在正嘉许懦弱而厌恶深邃，寻求像我孔经父这样刚直的人，现在没有了！”诏令优厚抚恤孔家，任命他的弟弟孔平仲为江东转运判官，办理孔文仲的丧事。
开始，孔文仲与弟弟武仲、平仲都以文章声名起于江南，当时号称“三孔”。后来追贬文仲为梅州别驾。元符末年，恢复他的官位。有文集五十卷。