樊知古，字仲师，其祖先为京兆长安人。他的曾祖樊翶，为濮州司户参军。他的祖父樊知谕，在吴国任金坛县令。他的父亲樊潜，事奉南唐李景，任汉阳、石埭二县令，因而居家池州。樊知古曾参加进士考试落第，就谋划回到北方。于是在采石江上垂钓几个月，乘着小船装载丝绳，把丝绳系在南岸，迅速地划到北岸，用以计算江面的宽窄。开宝三年(970)，他到朝廷上书，说明江南可以攻取的情形，以期求得提拔任用。宋太祖令人把他送到学士院考试，赐予本科及第，授官舒州军事推官。他曾向皇帝陈述，说他老母亲属几十人在江南，担心被李煜所害，希望迎接他们来自己的治所。宋太祖立即诏令李煜送人回来。李煜刚听到宋太祖的诏命，立即厚给财物护送他们到边境上。
开宝七年(974)，召拜樊知古为太子右赞善大夫。恰巧宋军征伐江南，樊知古当向导，攻下池州。开宝八年，任命樊知古领池州事。先前，池州人据险为寇，樊知古攻之，接连攻下三个砦，捉住其首领进献皇帝，其余的人则都一溃而散。朝廷正在商议南征，命令高官石全振去湖南造黄黑龙船，用大船运载大竹纟亘，从荆南顺江而下，派八作使郝守浚等人率领工匠造船。讨论中有人认为长江波浪汹涌，担心难以成功，于是就在石牌口试验造船，移置到采石，三天建成了桥，尺寸分毫不差，这是皇帝听从了樊知古的请求的缘故。
平定金陵后，升樊知古为侍御使，令他乘车巡视江南诸州，询访民情，又命樊知古知江南东路转运事。几天后，又改授他任江南转运使，赏赐钱一百万。先前，江南诸州十分之八的茶被官府收购，还要征收剩余部分的税，此后才给通行证允许卖到他地，商人苦于此事。樊知古请求免除茶税，仍旧按级增加官府收购价，以便于民。江南过去使用铁钱，十个铁钱相当于一个铜钱，物价昂贵，百姓不方便，樊知古也奏请朝廷令停止使用铁钱。以前，南唐李煜用兵，临时征调赋敛，樊知古都上奏为按常额征收。豫章洪氏曾掌管癉州酒的专卖，拖欠铁钱几百万。先前，樊知古无地位时曾被洪氏侮辱，此时便责洪氏偿还铜钱，使自己高兴地出了口气。
宋太祖登皇帝位，授樊知古任库部员外郎，召他回京，更换金紫，赏钱百万，命他任京西北路转运使。太平兴国六年(981)，樊知古又增职任虞部郎中，随即改任知..州，移任凤翔府，入朝为盐铁判官，出京兼荆湖转运使。雍熙(984～987)初年，他升迁比部郎中。逢河朔一带用兵，分各郡为两路，以便水运陆运供给。升樊知古任东路转运使，升驾部郎中，赏钱五十万。樊知古原名樊若水，字叔清，由于皇上召见，皇上问他说“：爱卿你的名字出于什么书？”他回答说“：唐代尚书丞倪若水诚信正直，我私下仰慕他。”皇上笑道“：你可改名为‘知古’。”樊知古叩头奉诏改名。倪若水实名为“若冰”，樊知古学识浅，乱引用以答皇上，他人都笑话樊知古。
端拱(988～989)初年，樊知古升任右谏议大夫，河北东西路都转运使，被赏赐白金千两。两路各设置转运副使，都转运使之名从樊知古开始。端拱二年，皇帝诏令樊知古加任河北西路招置营田使。樊知古上奏要修城树木五百多万，牛皮三百万。皇帝说“：万里长城不也只有此数吗？自古以来匈奴、黄河，互为中原的祸患。我从即皇位以来，间或没有战事，那么才组织修筑黄河大堤的工程。目前边境战事稍有戒备，而黄河安全畅流没有灾害，这大概是天意使二者互相更迭以示警戒，常令我警惕。虽是这样但事先准备好方可不担忧，这是古人的好教导，掘深沟筑高垒，也是王公设险防备的行为。你所奏请过分，不也使我百姓加重困苦吗？”于是皇帝诏令官吏量力以官府物资供给之。
恰逢度支使李惟清上书说河北的军储没有准备，请求发河南十七军州转运粟粮前往。宋太宗说：“农事正忙，怎能再兴此役？”李惟清坚持请求朝廷发粟，皇帝派左正言冯拯乘车与樊知古计议这事。樊知古即说“：河北的军储可以用均匀接济暂时满足，等到农闲令百姓转运军饷。”冯拯回京复命，太宗说：“不仔细筹谋，则百姓果然要受害了。”没多久，樊知古入朝陈奏政事合皇帝心意，拜官给事中，不久任户部使。
樊知古有才干和魄力，他累任转运使，很得时人的称赞。等到他在户部任职时，接连因职务内的事得不到治理，皇帝下诏书严加责问，他的名声越来越减小。他平素与陈恕亲近友好，陈恕当时任参知政事，宋太宗说及计司事有违反命令的人，陈恕都把这些告诉了樊知古。后来樊知古趁着上奏政事，就自我辩解。皇帝问：“你从哪里知道这些？”他回答说“：陈恕告诉我的。”皇帝不高兴陈恕泄露宫廷中的话，而且憎恨樊知古轻率，故罢去两人官职。降樊知古知梓州，他还未到任，改任西川转运使。
樊知古自己认为曾任三司使，一天之间降职而在剑外掌管漕运，郁郁不得志，常常自称脚有病，未曾巡视诸郡县。蜀中富饶，罗纨锦绮等丝织品天下第一，议事人员竞相从商专营功利。而且蜀地田地少百姓多，耕种田地不足供给生活，由此被兼并土地的人渐渐地贱买贵卖以谋求利润。
淳化年间(990～994)，青城县百姓王小波聚众反对宋廷，王小波对众人说：“现在的弊端正是贫富不均，如今我替你们这些人均之。”归附王小波的人渐渐多起来，于是他攻陷青城县，攻彭山，杀彭山县令齐元振。宋军巡检使张王巳与王小波战于江源县，用箭射王小波，射中王小波的头额，王不久因箭伤发病死去，张王巳也被杀死。于是众人就推选王小波妻子之弟李顺为头领。起初，王小波的部下才百人，州县没怎么防备，所以王一呼而众人蜂拥而起，达到一万多人。李顺领导王小波部下攻蜀州，杀死监军王亮及官吏十几人；攻陷邛州，处死知州桑保绅、通判王从式和其他官吏，赶走都巡检使郭允能。郭允能率部下与李顺战于新津江口，被李顺杀死，同巡检、殿直毛俨步行免于丢命。李顺军势日益扩张，部众达几万人，攻陷永唐军、双流、新津、温江、郫县，取官府财物后放火烧之，留部下留守攻下的县城。李顺前往攻成都，烧成都西郭门，战事不利，李顺退去。李顺率众攻陷汉州、彭州，不久，攻下成都。
当时皇帝已诏令知梓州、右谏议大夫张雍替代樊知古为转运使。张雍没到任，樊知古与知府郭载及属下官吏逃到东川。皇帝下诏又令樊知古掌管两川漕运。樊知古全部接受擅离职守、治理无方的罪过，皇帝特别宽恕他，让他以原官职出任知均州，樊知古视事十天，在万分忧虑恐惧中死去，终年五十二岁。皇帝仍嗟叹怜悯他，赐给他的儿子樊汉公同学究出身。
樊知古精明能干有当官的才干，言词答辩敏捷，他到西川任职，不能平息百姓反抗而逃，虽然得到皇帝的宽恕，终究因惭愧而死去。