崔宁本是贝州安平县人，后来迁居卫州。他家世代都学儒学，但他单单喜欢纵横家的学说，因为不受重用，就跑到剑南，给鲜于仲通当步兵。后又跟随李宀必征伐云南，不胜，回到了成都。行军司马崔论喜欢他，推荐他当了牙将。先后侍奉崔圆、裴冕。裴冕遭诬蔑，皇帝怀疑他，派使者来了解情况，崔宁部下士兵割下耳朵来申诉他的冤枉，使者将这情况汇报了。崔宁也一起到了京城，被留下担任折冲郎将。
宝应初年，蜀中动乱，山中盗贼占据险要，道路不通。严武推荐崔宁任利州刺史，他去后，盗贼就逃跑了，他因此出了名。到严武任剑南节度使，经过利州，想要他一起到西边去，但利州不归他管，就要崔宁自己想办法。崔宁说“：我所属的节度使张献诚忌妒我，所以不能马上跟您去。但张献诚贪财，如能送重礼给他，我就能跟您走了。”严武认为他说得对，就送锦缎珍宝给张献诚，并要崔宁，张献诚果然高兴了，命崔宁自己称病离职。严武就上奏任命他为汉州刺史。
吐蕃率领一些羌族部落入侵西山，攻占了柘、静等州，皇帝下诏要夺回。因此严武派崔宁率兵西征，抵达敌人据守的城下，城墙都是石头筑成的，无法攻打，只有东南角一丈多长是土筑的，崔宁探明了这情况，就挖地道，第二天夜里攻占了此城，扩大疆域几百里。敌军害怕地相互说：“崔宁军是神兵！”得胜归来时，严武大喜，用七宝车把崔宁迎进成都，向全军夸耀。
永泰元年(765)，严武去世了。行军司马杜济、偏将郭英..、郭嘉琳都请求任命郭英..的哥哥郭英耣为节度使，崔宁和部下请求任命大将王崇俊。两份奏章送到朝廷时，皇帝已任命了郭英耣。郭英耣记恨这事，才上任就找罪名杀死了王崇俊，又派使者去召回崔宁。崔宁害怕了，借口抵御吐蕃，不敢回去。郭英耣发怒了，因而派出军队，声称援助崔宁，实际想袭击他。又把崔宁家迁到成都，和崔宁的妾私通。崔宁更害怕了，据险抵抗。郭英耣就亲自带兵去讨伐他，遇到天降大雪，马匹多数冻死，军心离散，于是战败逃回。崔宁又听说郭英耣削减兵将的军饷，部下都恨他，又毁掉了唐玄宗的铸造像，就对军队宣告说：“郭英耣反叛了，擅自占据前代皇帝的宫殿。”于是率军逼近成都。郭英耣在城西列阵，派柏茂琳任前军，郭英..任左军，郭嘉琳任后军，与崔宁交战，柏茂琳等战败，军队多投降了崔宁。崔宁就给投降的将领封官，派他们带兵回头进攻郭英耣，郭英耣战败，逃到灵池，被韩澄杀死了。
这时剑南大乱，杨子琳从泸州起兵，和邛州柏贞节联合讨伐崔宁。第二年，唐代宗下诏命宰相杜鸿渐任山南西、剑南、邓南等道副元帅、剑南西川节度使，去平息动乱。杜鸿渐从骆谷进发，有人献计说“：您不如驻扎在阆中，多次行文列举郭英耣的罪状，嘉奖崔宁的措施，将崔宁署奏的代理刺史任命为刺史，让他们不疑心。然后和东川张献诚和各路将领的联军骚扰崔宁，不到一年，崔宁的军队就削弱了，定会投降服罪。”杜鸿渐犹豫不决。遇到崔宁派使者来了，献上几万匹锦缎，言语非常谦卑，杜鸿渐贪图他的财物，就到了成都，把政事都交给崔宁，每天和部下杜亚、杨炎喝酒宴会。于是上表任命柏贞节为邓州刺史，杨子琳为泸州刺史，来使他们和解。又多次向朝廷推荐崔宁。此前，崔宁和张献诚交战，夺取了张献诚的旌节，不肯给他，因此朝廷任命崔宁为成都尹、西山防御使、西川节度行军司马。杜鸿渐回朝廷后，崔宁就担任了节度使。
大历三年(768)，崔宁到京城来朝拜。崔宁本来名叫崔旰，到这时赐名崔宁。杨子琳袭占了成都，皇帝就让崔宁回到蜀中，不久，杨子琳战败。崔宁见蜀中地形险要，物产丰富，朝廷不大约束，就大肆收刮民财；派他弟弟崔宽住在京城，用厚礼结交权贵，极力巴结元载父子，因此崔宽很快升任御史中丞，崔宽的哥哥崔审也任给事中。崔宁在蜀地掌权时间长了，军队逐渐强大，穷奢极欲，部将官吏的妻妾多被他奸污，朝廷克制忍耐，不敢责问。崔宁累官至尚书左仆射。
大历十四年(779)，崔宁进京朝拜，升任检校司空、同中书门下平章事，兼任皇陵使。不久又在同中书门下平章事职上加任御史大夫，他就提议应由御史大夫任命御史，不用和宰相商议。并上奏任命李衡、于结等为御史，宰相杨炎发怒了，因此没能批准。杨炎当时正在诋毁刘晏，崔宁在皇帝面前帮刘晏说话，因为他一贯巴结元载，杨炎也是元载提拔的，因此杨炎虽然恨他，但不忍心发作。
这年十月，南诏和吐蕃联军进犯文川、方维、邛崃，攻占了一些州、县城，人民都逃跑躲到山谷之中。崔宁正在朝廷，军队没有主帅，唐德宗催崔宁回驻地。杨炎因已和他有矛盾，怕他到蜀地无法制服，就劝皇帝说：“蜀地是国内地形封闭的地方，自从崔宁擅自统管，国家失去这一地区已经十四年了。现崔宁虽入京，但他的全部军队控制着蜀地，赋税交给皇上的和没有差不多。崔宁本来和诸将平级，单靠作乱得高官，不敢专权，靠恩惠怀柔，因此没有威信。现要他回去，必定不能建功，这是白派他回去了；如果他立了功，按道理不能夺他的权，那么因为蜀地闭塞，战败了当然就丢了，战胜了也不归朝廷拥有。请皇上深思。”皇帝说“：你有什么办法呢？”杨炎说“：请不要让崔宁回去。现朱氵此率领的范阳精兵在近郊防守，让他们和禁军一起去，战无不胜。利用这次作战把禁军派到了蜀地中心，那么蜀中将领就害怕不敢乱动，以后再换派别的人统率，来收回他们的权力，就得到了千里肥沃的土地，这叫作利用小灾得到大利。”皇帝说“：好。”于是罢免了崔宁的西川节度使，改为兼任京畿观察使，灵州大都督，单于、镇北大都护，朔方节度，..、坊、丹、延州都团练观察等使。假托用重臣镇抚北部边境，但每道都派留后官，让他们能自己报告情况，杜希全在灵州，王罖在振武，李建徽在..州，以及戴休颜、杜从政、吕希倩都是杨炎任命的，要他们窥探崔宁的过错。
崔宁巡边到了夏州，和吕希倩一起招抚党项，很多人投降了。杨炎讨厌这事，就上奏说吕希倩没有安抚边境的才能，派神武将军时常春代替他。改封崔宁为尚书右仆射、知省事，仍任司空官。
朱氵此反叛，皇帝逃到奉天，崔宁过几天来了，皇帝很高兴。崔宁对亲近的人说“：皇上聪明，从善如流，只是被卢杞等迷惑才到了这地步。”还因此流下了眼泪。卢杞听说了这事，想找机会在皇帝面前诬陷崔宁。王罖说逃出长安时，和崔宁一起出延平门西行，崔宁多次下马上厕所，时间都很长。王怕叛军追赶，就喊道：“已到这里来了，还想观望吗？”卢杞听说了，就示意王罖告诉皇帝。遇到朱氵此用反间计，任命柳浑为宰相，崔宁为中书令。当时崔宁的朔方掌书记官康湛任銩稨县县尉，王逼他伪造崔宁给朱氵此的信献上。卢杞于是上奏说：“崔宁起初就没有效忠皇帝的心，先前听说他已就任叛贼中书令，现果然后到，又查获了他给叛贼的信，反叛行为很清楚了。
如叛贼从外进逼，奸臣在内响应，那么国家就完了。”他接着跪伏哭着说“：我承乏当宰相，在危急时不能扶助皇上，罪该处死。”皇上令侍从把他扶起来，就召唤崔宁到大堂上，说是要派他到江淮去任宣慰使。一会儿宦官把崔宁领到帷幕后边，命两位力士勒死了他，终年六十一岁。
开始，命陆贽起草宣布崔宁罪状的诏令，陆贽要崔宁给朱氵此的信，想证实这事。卢杞又说“：信已丢失了。”崔宁死后，抄没了他的家产，朝廷内外都认为他冤枉。皇帝就赦免了崔宁的亲属，归还了他的家产。贞元十二年(796)，崔宁的旧将夏、绥、银节度使韩潭请求用加封的礼部尚书官来昭雪崔宁的罪名，皇帝就下诏让崔宁家收尸改葬。
先前，崔宁进京朝拜，留他弟弟崔宽守卫成都，杨子琳乘机从泸州起兵，率精锐骑兵几千人袭占了成都。崔宽抵敌战败，崔宁的妾任氏一贯勇敢果断，当即拿出十万家财招募勇士，招得了一千人，编成军队，自任将军进军。杨子琳很害怕，遇上粮食吃完了，而且又下大雨，就把船划到庭院里，乘船逃走了。杨子琳是泸南的盗贼首领，投降后，有诏命隶属剑南节度，驻扎在泸州。杜鸿渐上奏任命他为刺史。战败后，他率残兵沿江东下，各州刺史害怕他，准备饭菜给他们吃。经过黄草峡时，守捉使王守仙埋伏了五百名士兵，杨子琳前军到了，把他们都抓获，于是攻进夔州，杀死别驾张忠，据守城池请求治罪。朝廷因为他的用意基本是忠心的，就任命他为峡州刺史，又调任澧州镇遏使。后来回到朝廷，赐名叫杨猷。
崔宁的小弟弟崔密、崔密的儿子崔绘，都以文章写得好出名。