祝钦明别名文思，京兆始平人。父亲名纟林，别名叔良，年轻时通晓先秦史籍，写了不少文章对诸子百家提出疑问和不同观点；他的学生张后胤做了高官后，向朝廷举荐了他，诏令论述政治、经义方面的问题，以优秀成绩被录用，在无极县尉的任上去世。
祝钦明参加明经科考试中选，任东台典仪。高宗永淳至武则天天授年间，又先后参加英才杰出、业奥“六经”等科考试中选，授予著作郎，任太子率更令。
中宗李显退位当皇太子时，祝钦明兼任侍读，给太子讲授儒家经典，兼任弘文馆学士。中宗复位后，提拔为国子祭酒、同中书门下三品。后来升任礼部尚书，封为鲁国公，得到收纳三百户租税的实封。
桓彦范、崔玄日韦、袁恕己、敬晖等人都跟着他学习《周礼》的主要内容，朝廷敬重他。因为隐瞒父母去世的日期，被御史中丞萧至忠弹劾，贬为申州刺史。后来调回朝廷任国子祭酒。
景龙三年(709)，中宗准备到京城南郊祭祀天地，祝钦明和国子司业郭山恽暗中迎合韦皇后的心意，错误地建议说：“《周礼》把敬天神叫作祀，敬地神叫作祭，敬祖先叫作享。《大宗伯》篇说：祀天神，祭地..，享祖先，君主有缘故不亲自参加，就派人代理祭献。追师掌管王后的礼帽，准备参加祭祀。内司服掌管王后的..衣、衤俞狄、阙狄、鞠衣、展衣、缘衣这六种礼服，祭祀时就供她穿戴。还有宫中女官，凡有大祭祀活动，王后用酒祭奠祖先时她们就帮忙递送酒杯。这样看来，王后就应当协助君主祀天神、祭地..。郑玄声称：阙狄，这是王后协助君主举行小祭祀的礼服。小祭祀尚且需要王后助祭，何况是祭祀天地呢？阙狄以上，..衣、衤俞狄，这三种礼服都是用来协助祭祀的，可见..衣是用来协助大祭祀的。
君主的祭服有两种：叫作先王衮冕，先公..冕。所以王后协助祭祀，也穿..衣祭先王，穿衤俞狄祭先公。这里没谈协助祭祀天地，是举个例子来说明全部规章制度，叫作举一反三。《春秋外传》说：‘郊外祭祀，天子亲自射所用的牛，王后亲自舂所用的稷。’女官王后参与祭礼，不只是主持祭祀祖先。《祭统》说：‘祭祀，必须夫妻亲自参加，以便警戒宫廷内外的官员。’鲁哀公询问孔子说‘：君主亲自迎亲，不是太隆重了吗？’孔子回答说：‘男女结婚，为先王传宗接代，永远当国家朝廷的主宰，您怎么说这样太隆重了呢？’由此可知皇后应当协助祭祀。我们请求按照经书的义理，制定礼仪规章。”
中宗虽然并不精明，还是疑惑不定，招见礼部官员咨询。这时太常博士唐绍、蒋钦绪回答说：“祝钦明引证的，都是祭祀祖先的礼仪，不是祭祀天地的规章。
北周、隋朝以前，没有皇后协助祭祀天地的先例。”中宗叫宰相们评议论证，唐绍、蒋钦绪又引荐博士彭景直一起评议说：“《周礼》所讲的祀、祭、享，都是同义词。《典瑞》说‘：两次献酒来“祀”地神。’《司几筵》说：‘摆设“祀”先王的席位。’《内宗》说‘：掌管宗庙的祭“祀”。’书传里说‘：圣人才能“享”天神。’‘春季、秋季祭祀天地，按时思念神灵。’这里就是把祀天称为‘享’天，享庙称为‘祭’庙的例证。
礼仪家凡是称作大祭祀的，不仅仅是祭祀天神。《郁人》说：‘大祭祀，主管祭器的官员郁人和掌管行政区划的官员量人担任祭祀副职。’祭天是不用献酒的，那么宫中女官帮忙递送酒器，祭祀祖先也叫大祭祀。祝钦明根据《大宗伯》的职责，来断定皇后应当参加祭天地的礼仪。
据经典记载‘：凡是祀天神、祭地..、享祖先，带领办事人员占卜斋戒住所，检查洗涤祭品，督促洗涤祭器，察看烹煮牲畜的鼎锅，清点盛黍稷的玉器，拟订堂皇的名号。如果君主不参加祭祀活动，就派人代理他的职责。’从以上所举例证类推，是统称君主祭祀天地祖先。下边还讲：‘凡是大祭祀活动，王后不参加，就派人代理献酒。’只是王后祭祀祖先的一个例证而已。如果应当协助祭祀天地，就不会分述大祭、中祭、小祭。并且王族女儿、君主的外甥女儿主管的，都是帮忙王后祭祀祖先，没有帮助祭祀天地的说法。
如果王后协助祭祀天地，谁当她的助手呢？那么这里说的代理献酒是指祭祀祖先就明确得很。内司服管理的王后祭服，并无祭天的礼服。礼仪家说明道：‘王后不参与祭祀天地五岳，所以没有祭祀天地五岳的礼服。’又说‘：王后有五种大车，坐重翟陪同祭祀先王先公，坐厌翟陪同款待诸侯，坐安车早晚拜见君主，坐翟车采摘桑叶，坐辇车游乐饮宴。’根据这段记载，王后没有祭天的大车明确得很。这样看来，皇后协助君主祭祀天地，自古以来都没有这种事。”
当时左仆射韦巨源帮助韦皇后挟制中宗，夺取政权，就帮忙祝钦明讲话，中宗终于采纳了他们的建议，命令韦皇后主持第二轮进献仪式。叫来大臣李峤等人的女儿担任为韦皇后办祭祀事务的斋娘，帮助祭祀。郊祭结束后，诏令已婚斋娘的丈夫都提升官职。
当初，韦皇后嫁给中宗当女官，到宫廷进献食物，中宗和朝臣们饮宴，祝钦明自己说会跳八风舞，中宗同意他跳。祝钦明身体肥胖丑陋，蹲在地上摇着脑袋，鼓大眼睛，左顾右盼，中宗大声欢笑。吏部侍郎卢藏用叹惜说：“这种行为将《五经》的声誉败坏无余了！”睿宗景云初年，侍御史倪若冰弹劾说：“祝钦明、郭山恽等人是迂腐无用的儒生，行为恶劣，凭着谄媚奸巧扰乱法制改变规章，历代君主的传统，一下子就破坏丢弃了。如今我朝再次振兴，不应让小人留在朝廷，请把他们赶得远远的，来警戒不称职的朝臣。”于是把祝钦明贬为饶州刺史，郭山恽贬为括州刺史。祝钦明对于《五经》精通渊博，自己却因不孝获罪而被罢官，无法洗清名声，就奉承巴结韦皇后，希望重新任用，又因而获罪被赶出朝廷，各儒生都为此感到羞愧。后来改任洪州都督，调回朝廷任崇文馆学士，才死去。