于志宁别名仲谧，京兆高陵县人。
曾祖父名谨，为北周立有功劳，授太师官衔，封燕国公爵号。父亲名宣道，在隋朝官至内史舍人。炀帝大业末年，于志宁被委任为冠氏县长，山东发生暴乱，他撇下官职回家了。
高祖李渊进了关中，于志宁带领随从的人们到长春宫迎接拜见，诏令授予渭北道行军元帅府记室，和殷开山参与谋议。薛仁杲被消灭后，他在囚禁的俘虏里认出了褚亮，升任天策府中郎、文学馆学士，推荐褚亮当了自己的同事。太宗贞观三年(629)，任中书侍郎。太宗李世民有一次设宴款待亲近的朝臣，问：“于志宁在哪儿？”主管官吏禀奏：“敕令召见三品以上官员，于志宁是第四品。”
太宗明白过来了，特地诏令他参加宴会，当即授予他散骑常侍、太子左庶子、黎阳县公官职爵号。这时研究建立供奉皇家七代祖先的七庙，朝臣们都请求把凉武昭王李詗作为始祖，于志宁认为凉武昭王不是开创大唐帝业的根基，只他一个人的意见跟大家不同。太宗诏令功臣们世代继承刺史官爵，于志宁禀奏：“如今和古代时势不一样，分封制使人们爱慕虚浮的名位，给后代造成实在的祸患，这不是使江山社稷永久安定的办法。”太宗都采纳了。太宗曾对于志宁说“：在古代太子一出生，还需要人背的时候，就安排大臣辅佐。西周成王姬诵以周公姬旦、召公姬..为老师，每天耳濡目染的是精当的道理、准则，反复熟悉就成了他的本性。现在太子年纪小，您应当用精当的道理、准则辅导他，不让邪门歪道诱惑他的心灵。努力办好这事，官职赏赐是可以破格获得的。”太子承乾屡犯罪过，于志宁想阻止他，呈递《谏苑》婉言劝说。
太宗看到这事非常高兴，赏赐给他黄金十斤、绢帛三百匹。很快兼任太子詹事，因为要替母亲服丧才免去了职务，太宗诏令提前复职，于志宁坚持请求服丧满期，太宗派遣中书侍郎岑文本敦促开导说“：为国尽忠和为母尽孝无法同时做到，现在太子等待人去教导约束，您勉强复职吧，替我完成辅导他的任务。”于志宁这才复职。
太子在农忙季节建造深邃的密室，一连几个月不停工，还过度地爱好歌舞。
于志宁劝谏，认为：“现在的东宫是隋朝建造的，那时人们就说它奢侈豪华，哪能容许在这些东西上再进行雕凿装饰？服役的工匠和没收进官府的奴隶都是违犯法律禁令逃亡在外的人，他们带着钳子凿子锤子木棒，来往进出，监门、宿卫、直长、千牛等警卫人员不能盘问。武士在宫外，奴隶在宫内，怎不令人担心呢？另外，东宫里头多次响起鼓声，乐官乐工动不动就留在宫里不让出去，前几年皇上的口谕告诫，殿下能不想想吗？”太子不听。他身边的侍从多数由宦官充任，于志宁又劝谏说“：宦官，身心都不健全，善于使用温顺阿谀逢迎，靠着受宠作威作福，凭借上传下达制造祸患。所以春秋时宋国的太子痤被伊戾陷害致死，齐桓公的宠臣易牙等人立无亏为太子，使齐国大乱，赵高杀死了秦始皇的长子扶苏，秦二世胡亥使秦朝灭亡，灵帝时的宦官张让使东汉分崩离析。近代的北齐任命邓长..为侍中，陈德信为开府仪同三司，在内参与皇家家宴，在外干预朝廷政务，北齐终究被颠覆。现在殿下周围任用的全是宦官，轻慢高级官员，欺压显贵朝臣，任官品级混乱，法度秩序废弛，连毫不相干的人都觉得奇怪。”太子更加不高兴。东宫的车夫侍从依照惯例应该轮流休假，但太子不遵照执行，还私下引进突厥人，和他们互相亲近纠缠。于志宁控制不住自己的情绪，呈递谏疏极力陈词说“：我见仆从车夫，直到兽医，从春季到夏季，不能轮流休息。有的人父母健在，没人伺候，有的人儿女幼小，没人抚养，大概不是宽厚仁爱的心肠。另外，突厥的达哥支等人，人面兽心，不能对礼仪教化做指望，不能用仁爱真诚来对待。亲近他们，对美名没有益处，对大德会有损害。何况把他们引进妇女居住的内室，让他们经常亲密接近，别人都震惊害怕，而殿下对这些都心安理得吗？”太子大为恼怒，派张师政、纥干承基去刺杀他。这两个人潜进他的住宅，看到于志宁疲倦地枕着土块睡在草垫上，不忍心刺杀，就离开了。李承乾的太子身份被废除，太宗了解实际情况，说道：“听说您多次劝谏，承乾不听您的，所以到了这个地步。”
这时东宫属吏都获罪免官，惟独于志宁因辛苦努力而得到宽待。
晋王李治立为皇太子，又任命于志宁为太子左庶子，升任侍中，授予光禄大夫，提高封号为燕国公，主持编撰本朝历史。高宗永徽二年(651)，洛阳人李弘泰诬告太尉长孙无忌谋反，诏令可以即时斩首。于志宁认为“：正值春天是少阳象数当令，不适宜执行死刑，再说诽谤言论不是十恶不赦的大罪，请按法律等到秋分以后再判决。”高宗同意。衡山公主在因公除去为太宗皇帝服丧的丧服后，准备嫁给长孙家。于志宁认为“：《周礼》规定，女子十五岁举行成年簪礼，二十岁出嫁，发生变故，二十三岁出嫁，这就可知遇上服丧必须服满三年时间。《春秋》记载，鲁庄公派人到齐国送聘礼，为母亲服丧不满两年就要求结婚，鲁、齐两国不谴责，是因为不合礼仪太明显了。眼下舆论说是‘因公除去丧服就可穿上吉服’，这是西汉文帝创立的规矩，只是替天下百姓着想而已。衡山公主是服重丧，丧服可以按照先例去掉，孝心不能按照先例改变。心中悼念太宗时结婚，不是人们的情感能容忍的。”高宗于是诏令衡山公主等服丧期满以后再结婚。授予于志宁尚书左仆射官职、同中书门下三品头衔。不久，兼任太子少师。永徽四年(653)，有十八颗陨石坠落到同州，高宗询问说“：这是什么征兆？我要以悔改以前的过失、修养以后的德行来警戒自己，怎么样？”于志宁回答“：《春秋》记载‘：有五颗陨石坠落在宋国。’姓过的内史说：‘这是自然现象，不是产生吉凶的根源。’事物本来有自身的规律，和人事没有一点关系。虽是这样，陛下在没有灾害的情况下也警戒自己，对造福是没有妨害的。”很快升任太傅。曾和右仆射张行成、中书令高季辅一起得到高宗赏赐的土地，于志宁禀奏：“我家从北周、北魏以来世代居住在关中，家产没有失去。张行成、高季辅如今才开始经营田产，希望把赐给我的土地赐给不足的人。”高宗赞赏他的美德，把赐给他的土地分赐给了张行成、高季辅。
显庆四年(659)，因为年老请求退休，诏令免去尚书左仆射职务，改授太子太师官职，保留同中书门下三品头衔。
高宗废除王皇后时，长孙无忌、褚遂良坚决劝阻不被采纳，于志宁不敢说话。武则天皇后认为他不替自己帮忙，心怀不满，后来因此杀掉长孙无忌时，于志宁获罪撤职，离京任荣州刺史，改任华州刺史，批准他退休。去世时，七十八岁，追认为幽州都督，谥号为“定”。后来补救恢复左光禄大夫头衔、太子太师官职。
于志宁对宾客接待热情，对后辈乐于推荐，但是猜疑戒心太多，没有因他推荐而显贵的人，受到官场舆论的轻视。
凡是法规、法令、礼仪制度，他都参与研究起草，得到的赏赐数额巨大。
当初，于志宁和司空李责力修改订正《神农本草经》，并绘制标本图画，合并为五十四篇。皇上问“：《神农本草经》流传很久远了，现在重新修订，有哪些不同呢？”于志宁回答说：“南梁陶弘景把《神农本草经》和杂家的《别录》合在一起，进行注解题名，江南的民间药方，对药物学并不完全通晓，往往出现错误，四百多种药物，现在进行了考核修正，还增加了后代使用的药物一百多种，这些就是不同于《神农本草经》的内容。”皇上说：“《本草》、《别录》为什么是两部药书？”于志宁回答说“：东汉班固的《汉书·艺文志》只收录了《黄帝内、外经》，没有收录《神农本草经》，到了南齐阮孝绪的《七录》才收录了它。人们认为神农尝药来拯救生命，而黄帝以前的没有记载，把认识的传给后代，到黄帝的医药官桐君、雷公才记录在书中，但是写的郡县，多半是汉代的名称，怀疑是张仲景、华佗改写了它的原文。《别录》，是曹魏、晋朝以来，吴普、李当的药物笔记，它叙述的花叶形状颜色，主药从药互相配合，以《神农本草经》为纲进行叙述，所以陶弘景把它们编写在一起。”皇上说“：好。”这本书于是广为流传。
于志宁有个曾孙名休烈。