侯君集是..州三水县人。以才力雄豪见称。少时侍奉于秦王幕府，随从征讨立有功劳，历任左虞候、车骑将军，封为全椒县子。参与诛除隐太子尤为得力。秦王即位后，迁任左卫将军，进封为潞国公，享受封邑一千户。贞观四年(630)，迁任兵部尚书，不久又任检校吏部尚书，参议朝政。
李靖征讨吐谷浑时，以君集为积石道行军总管。大军行至鄯州，商议出击方向。君集说：“王师已至，而贼寇未走赴险阻，这是上天助我。如率精兵袭其不备，出彼意料之外，必能大获全胜。如让其逃脱，守险于山谷再行讨伐就很难取胜了。”李靖赞同其议，便挑选锐卒，轻装深入，追及吐谷浑之众于库山，大战破敌，进军会师于大非川，平定其国。
其后下诏世封功臣，授职陈州刺史，改封为陈国公；因群臣不愿世封作罢。
后升任吏部尚书。君集起身行伍之中，平素不知学问为何物；及为贵臣之后，方才喜好读书。掌管选举考课时，殿最分明，颇有时誉。
吐蕃围困松州，授任为当弥道行军大总管以出击。高昌王不臣服，拜君集为交河道行军大总管出讨。高昌王麴文泰大笑说：“唐国离我们有七千里远，沙漠盐碱地二千里而无水草，冬风刺骨，夏风似火，行商到此仅百分之一，怎能通行大军呢？如果屯兵于坚城之下，不过一二十天，食尽必溃，我就可以捆缚他们了。”君集率军进至碛口时，文泰死去，其子智盛承袭其位。大军进驻谷，侦骑告知该国正在安葬已故国君，诸将请求出兵袭击。君集说：“不行，天子因高昌国骄慢无礼，派我恭行天罚往讨，如今袭击其人于坟墓之间，就不是问罪之师了。”
于是大振旗鼓而行。贼众据城固守，遣使晓谕而不听从。便斩树填堑，推出撞车毁其城堞，抛掷石块如雨，所向不可抵挡，因而攻拔其城，俘获男女七千人，进而围困都城。起初，文泰与西突厥欲谷设相约，如有急难则将救援。此时，欲谷设却因恐惧而西奔，智盛失去援兵，只好开城出降。高昌平定，君集刻石纪功而还。
起初，君集配没罪人不奏闻朝廷，又私自收取珍宝、妇女，将士因此也盗取宝物，君集不能控制。到返回京师后，有关官员弹劾其罪，下诏君集入狱接受审讯。
中书侍郎岑文本劝谏说：“高昌有罪，朝议认为路途遥远，打算置之度外而不问，惟陛下运用独见之明，授予决胜之略，君集方才如期平定。现在推恩慰劳将帅，从征之人尽受重赏，不过几天，又交付法吏，天下臣民闻知此事，必说陛下只记其过而忘其功，无以勉励后人。况且古时命将出征，胜敌有重赏，不胜受严刑。当其有功之时，即使贪财好色，也蒙爵邑之赏；如其无功，虽勤俭清廉，也不免斩首之刑。所以《尚书》说：‘记人之功，忘人之过，应当成为君主啊。’从前李广利贪婪而不爱士卒，陈汤盗取所收缴的康居之财，两位皇上全都赦免其罪，封侯赐金。大凡将帅之臣，廉洁谨慎者少而贪婪妄为者多。黄石公《军势》上说‘：使用智者，使用勇者，使用贪者，使用愚者。
因为智者乐于立功，勇者喜于行志，贪者趋利敢战，愚者不虑其死。’所以前代圣人任用将才，莫不取其所长而弃其所短。
陛下应当宽宥君集，使他重登朝列，以勉励有功之人。”太宗明白过来，释放君集而不问其过。
君集自恃有功，而以贪冒之罪被逮，心中怏怏不平。恰逢张亮出任洛州都督，君集故意激怒张亮说：“为何事被排挤出京？”张亮说：“是您排挤，还能怪谁呢？”君集说：“我平定一国回来，触惹天子发怒，怎能排挤您呢？”随即挽起衣袖，说“：沉闷受压活得没意思，您能造反吗？
我可与您同反。”张亮暗地奏闻此事。太宗说“：您与君集都是功臣，君集独自与您相语而无验证，怎么办呢？”便不问其事，而对待君集如初。皇太子承乾屡犯过失，担心被废，闻知君集不满，因而通过君集女婿东宫千牛贺兰楚石，私引君集进宫，问以自安之计。君集举起手对他说“：此手当为陛下效劳。”又派楚石对承乾说“：魏王得宠，陛下若有诏书征召，希望不要轻易入宫。”承乾采纳其策。但君集常常害怕阴谋泄漏，惶惶而不自安，有时夜半惊起，其妻觉得奇怪，对他说：“您是国家大臣，为何这样呢？如有犯罪之事，应当自归其罪，性命还可保全。”君集不听其言。
承乾事发后，收捕君集入狱。楚石又告发其事，太宗亲自临问，说“：我不想让刀笔吏折辱您。”君集辞穷而不能回答。太宗对群臣说：“君集于国有功，我不忍心置之于法，想免其死罪，各位能答应我吗？”群臣都说：“君集之罪，大逆不道，请依照法令处决。”太宗便对君集说：“与您永别，从今以后，只能观看您的遗像了！”因而流下眼泪，随即将他斩首，并籍没其家。君集临刑神色不变，对监斩官说“：我哪是谋反之人？竟落到如此地步！但我曾任将领，破灭两国，望能告知陛下，免坐一子以守祭祀。”太宗闻知，宽宥其妻及一子死罪，流放岭南。
起初，太宗命令李靖教给君集兵法，过后君集上奏说：“李靖将会谋反，兵事隐微之处，不肯告诉我。”太宗为此责备李靖。李靖说：“如今中原无事，臣所教之法，足以制服四夷，而君集却想学尽臣之谋略，这是君集想要谋反。”李靖为右仆射，君集为兵部尚书，一同回省，君集乘马过门好几步才发觉，李靖对人说：“君集大概有什么异谋吧？”后来果如其言。