马周别名宾王，清河茌平县人。他幼年失去父母，家境贫寒而爱学习，尤其精通《诗经》、《左传》，因放荡不羁而不被乡亲尊重。高祖武德年间，任博州助教，天天喝酒，不把教学当回事。博州刺史达奚恕多次批评他，马周便扬长而去，到曹州、汴州寻觅工作，又被浚仪县令崔贤首侮辱，于是激愤地投奔长安。他暂住新丰客店，店主只是热情接待那些商贩而不理睬马周，马周就叫拿来一斗八升酒，一个人悠然自得地喝起来，店主深感惊异。到了长安，住在中郎将常何家里。贞观三年(629)，太宗要全体朝臣呈递奏章评论朝政得失，常何因是武官没有研究儒家经典，马周就替他撰写奏章陈述有利于国家的二十多条建议，叫他禀奏太宗，条条都合太宗心意。太宗对常何的才能感到惊异，询问他，常何回答说：“我没有这个能力，是我家客人马周写的。他每当跟我交谈，总是希望尽忠尽孝。”太宗当天召见马周，还没有到时，派人催了三四次。马周来后，跟他谈得很愉快，安排在门下省供职。贞观六年(632)，任命为监察御史，奉命出使都符合太宗旨意。由于常何推荐了马周，太宗赐他三百匹绢。
这年，马周呈递奏疏说：
“小臣我每次阅读儒家经典，都从前代圣贤的忠孝事迹中得到启发，我虽然是个平庸的人，但私下仰慕他们的高风亮节，总是合起书本深思，希望达到他们的境界。我因不幸，年幼失去父母，奉养父母的孝心已无法实现，日后可以做的事，只有尽忠而已。因此徒步行程两千里来归附陛下，陛下不因为我愚昧无知，破格优待录用我。我私下前思后想，无法报答陛下的恩情，只有献上微贱的身躯赤诚的心，供陛下参考。
“我看到大安宫在宫城的西边，住宅宫殿的规模，同皇宫比，还要矮小。我认为东宫太子的住宅在宫城里头，大安宫是太上皇的住宅，却在宫城外边。虽然太上皇有意倡导朴素，存心清静节约，陛下难违太上皇的心愿，珍惜百姓的人力物力；但外国外族使者晋京朝见以及天下百姓看到听到这事，总算美中不足，我希望为大安宫建筑城墙，兴修门楼，务必做到宏伟壮观，从而满足全国臣民的心愿，那么您精诚的孝心就显示于天下了。
“我又看到陛下的诏令，于唐历二月二日游幸九成宫。我私下考虑太上皇年事已高，陛下应当朝夕侍奉，早晚问安。现在要去的九成宫离京城三百多里，您一动身就是十天的路程，是不可能一个早晚到达的。太上皇一旦思念激动，想立刻见到陛下，那时怎么赶得到呢？再说现在到九成宫去，本来是为了避暑。然而太上皇尚且留在炎热的住房里，但陛下自己跑到凉爽的地方去，想到古人冬天让父母温暖、夏天让父母凉爽的做法，我私下感到不安。不过诏令已经发出，事情已成定局，希望公布速去速回的日程，以便消除人们的疑惑。
“我还见到诏书，委任皇族功臣到各地掌握军政大权，子孙后代，继承官职权力，不出大的乱子，就不罢免。我私下揣摩陛下这么做的本意，实在是爱护尊重他们，希望他们子孙后代永保功业，同国家一道福寿绵长。我认为要真正达到您的本意，陛下就得考虑一种让他们安全富贵的措施，而不用世袭官职的办法。为什么呢？因为像尧、舜这样英明的父亲，还出了朱、均这样不肖的儿子。如果幼小的孩子继承官职，万一骄横或者愚笨，百姓就会遭殃，国家就会受害。中断他的官职吧，他前辈的功业还在；保留他的官职吧，他的罪恶昭彰。与其给活着的黎民百姓留下祸害，宁愿对死去的一位功臣割舍恩情，这个道理太明白了。那么本来是爱护他们的措施，却恰恰成了伤害他们的根源。我认为授予封地，赐给俸禄，一定要有才干品德，按照他能力大小衡量封赐高低，那么即使没有着力庇护，也能避免遭受祸患。从前东汉光武皇帝不让功臣当官，作为保护他们世代安全的措施，是很得法的。请陛下仔细考虑一下这件事，使得皇族功臣承蒙您的大恩，子孙后代永享福禄。
“我还听说圣人教化百姓，没有谁不把孝作为根本。所以说‘：讲孝没有什么比尊敬父母更重要，尊敬父母没有什么比祭天时请祖先分享更重要。’又说‘：国家大事，是祭祀和战争。’孔子也说：‘我不同意祭祀如同不祭祀的说法。’这些说明圣人对祭祀何等重视。我回忆陛下登位以来，宗庙的祭祀活动，还不曾亲自举行过。私下推测您的想法，大概是御驾外出，人力经费需要太多，所以克制孝心，以减轻百姓负担。这就造成一代史籍，没有皇帝到宗庙祭祀的记载，准备怎么为子孙着想，给后世垂范？我明白大孝不在祭祀本身，但圣贤的师长，本来就要违心顺应时尚，请圣上的慈心体察我的诚意。
“我还听说造成美好风尚的办法，在于寻求德能兼备的人才，审慎地任用官吏；治理朝政的根本，在于表彰清正廉洁，惩治贪污腐化。孔子说：‘只有声望和地位，不能借用。’这是说谨慎用人至关重要。我看王长通、白明达出身乐师，是地位低微的杂职官吏，韦般木提、斛斯正就更没有别的本领，只懂养马驯马。即使技艺出类拔萃，可以选用，宁可多多赏赐财物，让他发财；怎能排进文士行列，越级授予高等爵位。这就使得文武百官朝拜、外国使者晋见时，马倌艺人腰间系着玉佩，脚下拖着鞋子，跟德高望重的朝廷大臣并肩站立，同席吃饭，我心里觉得受了侮辱。不过早已做了任命，即使不便补救，我认为应当不把他们放在朝臣里头，而安排到士兵里去。”
太宗全部采纳了这些意见。不久授予他侍御史头衔，担任朝散大夫职务。贞观十一年(637)，马周又呈奏疏说：
“我一一思考了以往各个朝代，从夏朝、商朝到汉朝占有天下，传承王位，长的八百多年，短的也有四五百年，都是因为多积功德，广施恩惠，大得人心。难道没有昏君，靠着先哲辅佐才幸免亡国。从曹魏、晋朝以来，直到北周、隋朝，长的不过五六十年，短的只有二三十年就灭亡了。实在是由于创业的君主，没有致力于广施恩惠教化，当时只能保住自己的帝位，没有多的恩德使后辈怀念，因此继位的国君法纪教化就逐渐衰微，一个老百姓大喊一声，国家就土崩瓦解了。如今陛下虽然凭着武功平定了天下，但是积累恩德的时间太短，本应设法尊崇夏禹、商汤、周文王、周武王的治国方略，广施恩德教化，使得恩惠多余出来，作为子孙万代立国的根基，怎能只想刑赏教化不出差错，以便保住当今的政权就行了呢？自古以来的圣明君主，虽然按照民情实施教化，根据时势有宽有严，但是最为重要的只有对自己节约朴素、对百姓施恩布德这两条是当务之急。那么他的万民百姓就会像喜爱日月一样爱戴他，像敬畏雷霆一样敬重他，这就是国运久长不出祸患的保障。
“如今百姓刚刚经过死丧祸乱，劳力只有隋朝的十分之一。但是无偿供官府差使的劳役，道路上一个接着一个，哥哥才走弟弟又来，头尾不断，路远的来去五六千里，一年四季，没有一点休息时间。陛下虽然不时下诏命令削减，但有关方面的工程不愿停止，自然需要人力，白白地发了诏令，征用劳役依然如故。我多次调查，近四五年来，百姓很有意见，认为陛下不保全抚养他们。古代唐尧茅草屋顶，泥土阶台，夏禹穿粗布衣裳，吃粗劣饭菜，我知道如今不能照搬。西汉文帝舍不得耗费一百金，停止了露台工程，把装书的布缝在一起当宫殿的帷幔，他宠爱的慎夫人不穿过长的裙子。后来景帝认为织绣花纹的红色绶带太费女工的时间，特发诏令取消，因此百姓安居乐业。后来武帝虽然极端奢侈，但是靠着文帝、景帝留下的恩德，因此民心没有动荡。假如高祖刚刚开创西汉基业，紧接着就是武帝大加挥霍，国家一定不能保全。这些距离今天比较近，事情的始末很清楚。现在京城和益州等地，制造进贡的器物和各王侯、妃嫔、公主的衣裳装饰，舆论都不认为俭朴。我听说前辈天未亮时就起床工作，后辈还会懒惰懈怠；按照人情事理制定法律，它的不足还会酿成祸患。陛下年轻时生活在民间，了解百姓的疾苦，隋朝的成功与失败，都亲眼看到，尚且这样不知体恤民情。皇太子在深宫出生长大，没有经历民间生活，到您万岁之后怎么办？本来是您应当担心的。
“我探讨古往今来的史实发现，只要百姓怨恨背叛，聚集起来闹事，国家没有不很快灭亡的，国君即使想改过悔罪，还没有能够重新安定保全的。凡是想抓好刑赏教化，应该在可以抓好的时候抓好，如果等到事变发生再后悔，就无益了。所以国君往往看到前一个朝代的灭亡，就知道灭亡的原由是刑赏教化没有抓好，却都不明白自己在这个方面的失误。因此商纣王耻笑夏桀的灭亡，而周幽王、周厉王也耻笑商纣王的灭亡；隋炀帝大业初年又耻笑北齐、西魏的亡国。我们今天看待隋炀帝，也像隋炀帝看待北齐、西魏。所以京房对汉元帝说‘，我担心后人看待我们，也像我们看待古人。’这话不能不引以为诫。
“上十年前的贞观初年，全国上下厉行节俭，一匹绢才换一斗米，但天下平安。百姓知道陛下很爱惜他们，所以人人安心，都无怨言。从贞观五六年以后，连年丰收，一匹绢能换十多石粟，但百姓都认为陛下不关心他们，全有怨言。还由于眼下经营兴办的工程，很多是不必急于去办的事。自古以来，国家的兴亡，不在财物积蓄的多少，只在百姓的欢乐与痛苦。暂且用近年的事实来验证这个道理，隋朝洛口仓积贮的粮食，被李密使用；洛阳积贮的布帛，被王世充占有；长安仓库积贮的财物武器，也成了我朝的财产，至今还没用完。假使洛口、洛阳没有积贮粮食衣料，那么王世充、李密未必能聚集那么多兵众。不过积贮财物本来是治理国家的正常事情，要紧的是应该在百姓有了余钱剩米之后才收纳，怎能在百姓困乏忧愁的时候强行收敛，反而资助了敌人，积贮了也无益处。然而节俭以便百姓休养生息的政策，贞观初年，陛下曾经亲自实行过，所以现在实行是不难的。一旦实行这个政策，那么全国百姓都知道后，就会载歌载舞欢庆了。如果百姓已很困乏后还不停地征用，一旦国内遭受水旱灾害，边境发生外敌入侵，狂妄狡诈之徒乘机暗中发难，就会出现不可预测的祸患，不只是您自己勤理朝政就能完事的。古话说‘：打动人心要用行动不用宣言，顺应天意要用真诚不用形式。’凭着陛下的圣明，实在是想振奋精神理好朝政，不必麻烦采用远古的方略，只是恢复到贞观初年的样子，国家人民就幸运得很。
“当年贾谊告诉汉文帝应该放声痛哭深长叹息的话，说的是当韩信在楚称王、彭越在梁称王、英布在淮南称王时，假使文帝登了皇位，一定不会天下太平。还说的是文帝当时靠着儿子们年纪还小，又有辅导老师约束才暂时无事，一旦他们长大，必然会出乱子。以后各代，人们都认为贾谊的说法是对的。我私下观察曾经帮助陛下平定天下的各位武将功臣，他们都按既定规章依靠薪俸生活，为朝廷效命，没有像韩信、彭越那样难以驾驭有权势谋略的野心家。各位皇子年龄都小，长大之后，只要陛下在位，不会产生非份企图。但是对于您万岁之后的事情，不能不担心。打从汉朝、晋朝以来，搞乱天下的，哪次不是王侯？都是由于安排失当，又不预先制约，因此走向灭亡。国君明明知道这种情况，但是沉迷于一己私情，所以不能吸取历史教训。如今国内百姓很少，王侯很多，给予的恩惠待遇，有的过于丰厚，我的忧虑，不只是担心他们依仗皇上宠爱而骄傲自负。从前魏武帝宠爱陈思王，后来魏文帝登位，就把陈思王软禁起来派人防守，如同对待囚犯。因为武帝对他的恩惠太多，所以文帝怀疑，担心他篡位。这就是武帝宠爱陈思王，恰恰是害了陈思王。再说帝王的子弟何愁不能富贵，他靠着朝廷给养，封给他收纳租税的户数又不少，穿好吃好之外，还有什么必不可少的呢？却每年额外赏赐丰厚的财物，完全没个限度。俗话说：‘贫穷不必仿效节俭，富裕不应学习奢华。’是说要顺其自然。如今皇上开创基业，怎能只顾安顿现在的子弟，应该制定长治久安的法规，让千秋万代遵奉执行。”
又写道：
“一国之君，应把百姓作为根本。要使百姓安居乐业，就靠刺史、县令这些地方官吏。县令很多，不可能全都有德有才，如果每个州有一位好刺史，全州百姓就能休养生息，各州刺史全都符合皇上心意，那么陛下在朝廷无为而治，百姓不愁不安宁。自古以来郡守、县令都要选拔有德有才的人担任，打算提为宰相的人，必须先派往州郡任职考核，或者从郡守、知府中调进。如今朝廷只是注重任免朝臣，对选拔县令、刺史很不重视。州郡刺史多半是武将功臣充任，有的是当京官不称职，才派往地方。那些折冲、果毅一类的将官当中，体质好的先调进朝廷任中郎将，差些的才委任为州官。边远地区，在用人方面更加随意，其中才能胜任职务，凭道德品行被举荐提拔的，不到十分之一。百姓还不安宁的原因，大概就在这里。”
上疏禀奏之后，太宗称赞了很长时间。
在这之前，京城各条街道，每到清晨初夜，都派人喊话提醒居民防火防盗。马周奏请太宗在各条街道安上大鼓，到时敲鼓提醒居民，不用喊话的办法，人们感到简便，太宗给予他加倍的奖赏。不久任命他为给事中，贞观十二年(638)，改任中书舍人。马周机警能辩，善于陈事进言，很会发现问题，一说就准。太宗曾说：“我对马周，一会儿不见就想念他。”中书侍郎岑文本对他亲近的人说：“我多次亲见马君论事辩理，他引经据典，以古证今，抓住要领，避开枝蔓，字句精练，道理确切，一个字不能加，一个字不能减，听来文理并茂，令人忘掉疲倦。战国的苏秦、张仪，西汉的终军、贾谊，应该正是这个样子。不过他像鸢鸟两肩高耸，像火焰满面通红，飞升一定很快，恐怕不会长寿。”贞观十五年(641)，调任治书侍御史，兼任谏议大夫，又兼检校晋王府长史。晋王立为皇太子时，他被任命为中书侍郎，兼任太子右庶子。贞观十八年(644)，提升为中书令，仍旧兼任太子右庶子。马周身兼皇宫、东宫两处职务后，处理政务精细周密，获得了人们的赞扬。
太宗亲征高丽，皇太子在定州担任监军，命令马周和高士廉、刘洎留下辅佐皇太子。太宗回京后，马周以中书令的身份代理吏部尚书。贞观二十一年(647)，任银青光禄大夫。太宗曾御笔亲制飞白体书法赠给马周说：“鸾凤凌云，必资羽翼，股肱之寄，诚在忠良。”(鸾凤翱翔云天，借助两条翅膀，能托辅佐重任，实是忠臣良相)马周患糖尿病，整整一年不见好转。当时太宗游幸翠微宫，命令寻找风景秀丽的地方，为马周修建宅第。前去诊病探望的名医中使，络绎不绝，太宗常常命令送御膳给他，亲自为他调药，皇太子亲自前去探望。马周临去世前，要回他的一大帙书函陈事表章，亲手烧掉，感慨地说：“管仲、晏婴披露国君的过失，追求死后留名后世，我不愿这样做。”贞观二十二年(648)去世，终年四十八岁。太宗为他举行悼念，追认为幽州都督，安葬在太宗为自己预先修建的昭陵墓地。高宗李治登位后，追认他为尚书右仆射、高唐县公。武则天垂拱年间，在高宗庙里供上马周的灵位配享祭祀。
儿子马载，高宗咸亨年间提升到吏部侍郎，他善于选用人才，受到人们称赞。死在雍州长史任上。