萧吉字文休，是梁武帝的兄长长沙宣武王萧懿的孙子。博学多才，尤其精通阴阳术、算术。江陵覆亡后，归顺魏朝，官仪同。周宣帝时，萧吉因朝政日益混乱，上书力谏，皇帝不接受。隋朝受禅建国后，增职上仪同，因原职为太常，安排考定古今阴阳书籍。
萧吉性格孤傲尖刻，不与公卿大臣随波逐流，又与杨素不和，因此落拓，郁闷不得志。见皇帝喜爱征祥之说，想侥幸取利自求官位，于是改变素志取媚于人。开皇十四年(594)，上书给皇上说：“今年年在甲寅日，十一月朔旦，以辛酉日为冬至。第二年乙卯，正月朔旦，以庚申日为正月初一。冬天那天，便在朔旦。《乐汁图徵》说：‘天元十一月朔旦冬至，圣主得到赐福。’现在圣主在位，处于天元之首，而朔旦是冬至。这是喜庆之一。辛酉那天，就是至尊天子的本命日。辛德在丙，这年十一月建有丙子。酉德在寅，正月建寅，这是本命与月相合德。而处在元朔之首，这是喜庆之二。庚申那天，就是所历年龄。乙德在庚，卯德在甲。第二年乙卯，是年龄与岁月合德，而在元旦的早晨，这是喜庆之三。《阴阳书》上称：‘年命与岁月合德的人，一定会有福庆。’《洪范传》上说：‘年之初，月之初，日之初，是为王的根本。’经书并称为三长，顺应适合于它的人，可以延年益寿福至吉利。况且甲寅为踚首，十一月为阳的开端；朔旦冬至，是圣王上元。正月是正阳月，一年的开始，月份的最初，朔旦是年之初，月之始，日之先，良辰相聚的时候。而本命为九元之初，行年是三长之首，都与岁月合德。所以《灵宝经》说‘：角音乃龙体精气，享国年数位逐日强盛。来年年命，都为角声。与经书相参证，如符契相合。另外甲寅、乙卯是天地相合。甲寅年是以辛酉为冬至，第二年乙卯年，以甲子为夏至。冬至阳刚开始，南郊祭天那日，就是至尊天子的本命，这是喜庆之四。夏至阴始，祭祀地的时辰，就是皇后的本命，这是喜庆之五。天子盛德如天之覆育万物，皇后仁惠如地之载养人民。所以二仪的元气，都相会在这个时候。”皇上看后很高兴，赏赐物品五百段。
房陵王当时是太子，说东宫内有很多鬼魅，几次看到鼠妖。皇上指令萧吉到东宫祈祷消除邪气。在宣慈殿上设神座，有回风从东北鬼门吹来，扫向太子坐处。萧吉用桃汤苇火驱逐邪风，风吹出宫门就停止了。在未地堆土，设坛建有四门，设置五帝的座位。当时天气寒冷，有个蛤蟆从西南来，进入人行走的门，跳上赤帝的座位，回去时还从人行走的门出，跳几步，忽然看不到了。皇上很惊异，赏赐非常丰厚。又上奏道：“太子坐皇位不稳。”当时皇上私下想废掉太子，得到这句话，认为很正确。从此，他经常被顾视问讯。
献皇后死后，皇上让萧吉占卜选择埋葬的地点。萧吉遍筮山区高阜。到一个地方，说：“占卜二千年，占卜二百世。”绘出图形呈奏皇上。皇上说“：吉凶在于人，不在于地。高纬父亲埋葬时，难道没有占卜吗？国家还是很快灭亡了。正如我们家族的墓园，如果说不吉祥，我不应该做天子；如果说不凶邪，我弟弟不会在战斗中死亡。”然而还是听从了萧吉的话。奏章说：“上月十六日，皇后山陵的西北，鸡未打鸣前，有黑云雾方圆五六百步，从地一直连到天上；东南还有旌旗、车马、帐幕，摆满七八里，同时有人来往检阅，部队相当整齐。太阳出来时才消失。同时看到的有十多个人。谨依照《葬书》上所说的‘云气之王与百官相伴出现，吉利。’现在黑气当为冬天之王，与百官相伴出现，是大吉大利。子孙无疆的征兆。”皇上很高兴。之后皇上准备亲临墓地殡葬。萧吉又上奏道“：至尊天子本命为辛酉，今年斗魁与天冈靠近卯酉，依照《阴阳书》所言，不能亲去发丧。”皇上没有听从。从宫中退出而告诉同族人萧平仲说“：皇太子派宇文左率深深地感谢我说‘：您以前称我应成为太子，竟然有了验证，终生不敢忘怀。现在占卜山陵，务必让我早早登上皇位，我登上位后，会以富贵报答。’我记下说：‘四年后，太子统治天下。’现在山陵云气应和，皇上又亲去发丧，征兆越发明显了。况且太子执政，隋朝也要灭亡了吧！必定会有真人出现了。我以前欺骗他说‘：占卜二千年的话是三十二；占卜二百世的话是占有天下二轮。’我的话可信，你要记住。”
炀帝即位后，授官太府少卿，加职开府。曾经路过华阴，见杨素坟冢上有白气连天。秘密地说给皇上。皇帝询问原因，萧吉说：“征兆表明，杨素家会有兵祸，灭门的气象，改葬他处，或许可以免去灾祸！”皇帝后来平静地告诉杨玄感说“：你应早日改葬。”玄感也稍知原因，认为吉祥，假称辽东未除，顾不上私家事务。不久杨玄感因反叛灭族，炀帝更加相信萧吉。
其后一年左右死在任上。著有《金海》三十卷，《相经要录》一卷，《宅经》八卷，《葬经》六卷，《乐谱》二十卷，以及《帝王养生方》二卷，《相手版要诀》一卷，《太一立成》一卷，都流行在世。