窦瑗字世珍，辽西阳洛人。自称祖籍扶风平陵，汉时大将军窦武的曾孙窦崇曾做辽西太守，于是就在辽西安家。曾祖父窦堪，是慕容氏渔阳太守。祖父窦表，冯弘城周太守，后入魏。父亲窦同，选为秀才，早年下世。普泰初年，窦瑗上书以自身地位为父亲请求追封爵位，皇帝下诏追封窦同为平州刺史。
窦瑗十七岁时，就挟带书卷外出投师，求学十年，才做御史。后来兼职太常博士，拜访太原王..朱荣求职。..朱荣留他做了北道大行台左丞。因为任..朱荣的官职，赏爵新昌男。后来跟随..朱荣东行平定葛荣叛军，封为容城县伯。窦瑗请求将容城县伯之位让给兄长窦叔珍，皇上诏书同意将新昌男转授给叔珍。叔珍因此而官至太山太守。..朱世隆等人拥立长广王元晔为主，南下洛阳。行至东郊外，世隆等人派窦瑗奏请废去元晔，窦瑗持鞭驾车独自进入宫内，奏请元晔沿袭尧、舜禅位制，元晔于是禅位给广陵王元恭。因此窦瑗授职给事黄门侍郎。
魏孝武帝时，窦瑗是廷尉卿。在祭师讲习时，窦瑗与温子癉、魏季景、李业兴一同选文。天平年间，任广宗太守，为政有清正廉洁的赞誉。广宗一带人情凶恶暴戾，以前官府都受理不少诉讼案件。只有窦瑗一任，始终清静。调任中山太守后，声名很好。常被吏卒想念。齐神武颁诏州郡，称赞窦瑗政绩，以示劝告勉励。后授任平州刺史，在州府为政一如在郡县。后来又做了神武丞相府右长史。窦瑗缺乏军府裁断的才能，不太称职。于是又兼任晋州政务。
回到邺城，上表说：“臣读《麟趾新制》到三公曹第六十六条：‘母亲杀死父亲，儿女不得控告，控告者处死。’多次考虑，不能理解。为什么呢？依照法律：‘子孙有控告父母、祖父母的，处死。’又汉宣说‘：儿女包庇父亲，孙子包庇祖父母者，都不追究。’这是指父母、祖父母小到偷羊，大到杀人害命之类，从恩情上讲必须隐瞒，从法律上也不追究，道理如此，可见其正确。并不是说母亲杀害父亲，只让孩子不告发。如果母亲杀死父亲而孩子不告发，便是知有母而不知有父，识见如同野人，义理近于禽兽。况且母亲对于父亲来说，如同嫁天，既杀害自己的天，又杀害儿女的天，二天毁伤，怎样容忍沉默？这种母亲的罪过，义理上不应赦免，下手的时候，母亲的恩义便已结束，仍要以母子之义而不告发，鄙臣因此迷惑。如果出现这种情况，可以临时商议治罪，为什么要事先制定这条法律，用作训诫呢？恐怕千年之后，论者纷纷，认为昭明圣朝，竟然有尊母贱父之说。依我粗浅之见，实在不应采用。”皇上下诏交给尚书。三公郎封君义随即裁决说“：母亲杀死父亲，孩子告发母亲。母亲因为孩子告发而处死，便是孩子所杀。天下没有无母之国，不知道这种孩子，将到什么地方？既对法无碍，又对事无害，就通告官府，说不应更改。”窦瑗又驳难说“：官署裁断说‘：母亲因孩子的告发而处死，便是孩子所杀。天下没有无母之国，不知道这种孩子，将到什么地方？’瑗参照法典律文，没有听说母亲杀死父亲，孩子要隐瞒母罪的道理。既不告发母亲，便是和杀父相同。天下难道有无父之国，这种孩子却能有所去处的吗？”事情就此了结。
窦瑗任职大宗正卿，宗室贵族因他出身寒微，都轻视他。窦瑗执法公正，招致很多仇怨。官位虽然通达显赫，但贫穷依旧，清廉高尚的节操，为时人推重。任本州大中正，兼廷尉卿，死于官任。追赠太仆卿，济州刺史，谥号为明。