孙惠蔚,武邑武遂人。十五岁时,就粗略地通晓《诗》、《书》和《孝经》、《论语》。十岁那年,跟着董道季学习《易》。十九岁时,又向程玄学习《礼经》和《春秋三传》。周游于儒生聚会之所,声名传遍冀州。

  北魏孝文帝太和初年,郡人举荐孙惠蔚为孝廉,在中书省应诏陈述政事。当时,中书监高闾因应对与孙惠蔚谈论而荐举他,孙惠蔚很快任中书博士,转任皇宗博士。高闾受命整理编定雅乐,孙惠蔚参加了这件事情。音乐编定之后,高闾上疏请求将朝中官员聚集在太乐,共同研讨是非。秘书令李彪自以为有辩才,一开始就设置难题。高闾命令孙惠蔚与李彪争论,李彪不能让孙惠蔚服输。黄门侍郎张彝经常和孙惠蔚交往,每次上表奏疏议论政事,大都向孙惠蔚征询意见。太和十七年(493),孝文帝征伐南方,上书议论类祭的礼仪。太师冯熙死后,孙惠蔚监督其丧事礼仪,上书请求让冯熙未成年的儿子,都穿成年人的衣服。孙惠蔚和李彪因儒家学问而相互理解,李彪官至尚书之后,孙惠蔚依旧任太庙令。孝文帝曾经从容地对人说:“道固(李彪字)既已升至高位,而孙蔚还沉居卑微的地位,朕常常认为有负孙惠蔚。”孙惠蔚虽然长久滞居小官,而能深刻体味通达塞滞的道理,没有一点怨恨,儒生因此而称赞他。太和二十二年,孙惠蔚任东宫侍读。

  当初,魏朝七庙以平文为太祖。孝文帝议祖宗神位,把道武帝作为太祖。祖宗虽然确定了下来,但太祖左右的神位却没有改变。孝文帝驾崩,准备奉孝文神位祭于祖庙,侍中崔光兼领太常卿,认为太祖既已改定为道武帝,左右的神位应按照次序而改变。兼领御史中尉、黄门侍郎邢峦认为太祖虽然改变,左右的神位依然不应改变,就立即草撰弹劾奏章,想弹劾崔光。崔光对孙惠蔚说:“这样做的礼法,而御史却要弹劾,我想从你这位大学问家这里获得帮助。”孙惠蔚说“:这样做十分合乎礼法的变化。”很快就写信给崔光,帮助说明这件事情。崔光把孙惠蔚的信呈递给宰相,就召见孙惠蔚和邢峦当堂议论得失。尚书令王肃又帮助邢峦,而邢峦最终理屈词穷,弹劾的事情就压下了。

  宣武帝即位之后,孙惠蔚仍旧在其身边,辅导宣武帝学习经籍典章。自冗从仆射升任秘书丞、武邑郡中正。孙惠蔚进入东观以后,看到典籍不全备,阅读旧的典籍,原先没有确定目录,新的旧的杂揉在一起,首尾不全,有的典籍埋积几十帙,没有的成年不加撰刻。有的篇目脱落,首尾残破,有的文被损坏,字迹脱误,错讹毁坏的很多。卷目虽然很多,全部刻定的却很少。孙惠蔚请求按照前任秘书丞卢昶撰著的甲乙两部新目录,想添补残缺,削减合并,校订文理,加以句读,作为定本,按照顺序加以撰刻,作为永久的格式和制度。秘书省原先没有的版本,广泛探究寻找。搜求版本加以补足。然而,经籍浩繁广博,诸子之书纷繁,书籍卷数既已众多,文章次序又多谬讹,不是一两个校书短时候能够完成的。请求命令四门博士和在京城的儒生四十人,在秘书省专门精心地校订考正,参酌审定字义。诏令批准孙惠蔚的请求。

  孙惠蔚后来任黄门侍郎,代替崔光任著作郎。才能在文学历史方面,没有什么著作。改任国子祭酒、秘书监,仍兼任著作郎。延昌三年(514),追赏讲论考定典籍的功劳,封爵枣强县男。明帝初年,出京任济州刺史。回京之后,授光禄大夫之职。

  自北魏初年以来,儒生都是做地位卑下的官,孙惠蔚的官职最为显赫。原先单名一个蔚字,宣武帝正始年间,在宫中给皇帝讲学,夜中谈论佛经,很称皇帝的心意,诏令在其名中加一个“惠”字,法号惠蔚法师。死于官任,追赠瀛州刺史,谥号戴。子孙伯礼袭封爵位。