裴蕴,河东闻喜人。祖父裴之平,父裴忌,《南史》都有传。裴忌在陈朝,与吴明彻一同被周朝俘虏,周朝赐爵江夏公,入隋十多年而死。

  裴蕴聪明善辩,有官吏之才,出仕陈朝,历任直阁将军、兴宁令。因为父亲在北朝,裴蕴私下上表给隋文帝,请求作为内应。等到陈朝被消灭,文帝接见江南投降的官员,依次到了裴蕴,因为裴蕴早就有归顺隋朝之心,越级授为仪同。仆射高赹不明白文帝的旨意,谏阻道:“裴蕴对国家没有功劳,宠幸超过同类人,臣认为不可。”又加授上仪同,高赹又谏阻。文帝说“:可以加授开府。”高赹才不敢再说。即日升任开府仪同三司,礼仪赏赐优厚。历任洋州、直州、棣州三州刺史,都有好名声。

  大业初年,考绩连年最佳。隋炀帝听说裴蕴政绩甚佳,征召裴蕴入京任太常少卿。当初,隋文帝不喜爱音乐技艺,派遣牛弘审定音乐,不是正声清商乐和九部四舞之类的,都剔除出来,回归民间。到了现在这种情况,裴蕴揣测炀帝的意思,奏请收罗天下周、齐、梁、陈四朝的声乐之家的子弟,都作为乐户。六品以下以至于平民百姓,有擅长音乐和倡优百戏的人,都隶属太常。自此之后,奇异的技艺,淫荡的音乐都汇集在乐府官署,皆设置博士,递相教习传授,乐人增加到三万多人。隋炀帝十分高兴,升任裴蕴为户部侍郎。

  当时尚承接文帝时的和顺升平,禁忌罗网宽疏,户籍人口多有疏漏。有的年已成丁,还诈称为小儿,有的未到老年,已免除租税。裴蕴历任刺史,原就知道这种情况,因此逐条奏闻,皆令查验相貌。如果有一人不属实,就将负责的官吏免职,乡正、里长都发配到远方。又准许百姓互相告发,如果查出有一丁隐瞒,就让被揪出的人家代为输奉赋税和劳役。这一年是大业五年。名个州郡合计增加人丁二十四万三千,新增加户口六十四万一千五百。隋炀帝临朝观览奏状,对百官说:“前代没有好人,致使出现这种欺瞒冒昧之事。如今增加百姓人口都能够属实,全都由于裴蕴一人花费心思。古人说‘得到贤才而治理’,检验于事实确实如此。”因此,裴蕴逐渐受到宠信和重用,任京兆赞务,纤毫之事都得到揭发检举,官员百姓都惊恐忌惮。

  不久,裴蕴被擢升为御史大夫,和裴矩、虞世基一起参与掌管机密。裴蕴善于体察皇帝的细微之意,如果想归罪某人,就枉法徇情,铸成其罪名;如果想宽恕某人,就依从轻的法典,因而就把他释放。自此之后,大大小小的案件都交付裴蕴审理,刑部、大理寺都不敢与他争夺,举动必定秉承他的意思,然后才作出决断。裴蕴亦是机敏善辨,论述法典刑理,口若悬河,不论刑罚轻重,都是由裴蕴一口决定,解剖析理,明辩敏锐,当时的人不能有什么疑问。

  杨玄感造反,炀帝派遣裴蕴推问杨玄感的党羽,对裴蕴说:“杨玄感一声呼喊,跟从的人有十万。越发知道天下的人不要求多,多了就相聚为强盗。不全部加以诛杀,就无法惩戒后人。”裴蕴因此就用严刑峻法加以审理,杀戮数万人,其家产皆籍没入官。炀帝大加赞赏,赐给裴蕴十五个奴婢。

  司隶大夫薛道衡因为违忤炀帝的旨意而遭贬斥,裴蕴知道炀帝讨厌薛道衡,就上奏道:“薛道衡自负有才,倚仗着是旧臣,心里没有君主。每次见到诏书下,就在腹内指责非议,把自己的恶意推及国家,妄自制造祸端。论其罪名,似乎隐晦暗昧,探究其情意之源,大为悖乱叛逆。”炀帝说“:是这样的。我小的时候和这个人相随在行旅中,他轻视我年幼,和高赹、贺若弼等人专擅权威。他自知有欺瞒之罪,到我即位时,心中不能自安,仰赖天下平安无事,才没能造反。你说他叛逆,巧妙地体味到了他的本心。”于是就诛杀薛道衡。

  炀帝又向苏威询问征讨辽地的策略,苏威不希望炀帝再去征讨,而且想让炀帝知道天下盗贼很多,就诡诈地回答说“:如今这次征讨,希望不要出动军队,只是颁诏大赦群盗,自然可以得到数十万人。派遣关中的奴贼和山东的历山飞、张金称等盗贼头领另为一支军马,出兵辽西道;河南诸贼王薄、孟让等十几位头领,给他们舟船,渡沧海道。众贼必因免除罪名而欢喜,争着要求立功,一年之内,高丽国就可以消灭了。”炀帝不高兴地说“:我去尚且不能取胜,鼠窃狗盗之辈怎能成功!”苏威出去后,裴蕴奏道:“这人太不恭敬,天下哪里有这么多贼?”炀帝省悟道:“苏威老贼多有奸诈,用盗贼来威胁我。想利用他的口,故而只是容忍。这人实在是让人难以忍耐。”裴蕴知道炀帝的意思,就派张行本上奏苏威的罪恶,炀帝就把苏威交给裴蕴审讯,于是就把苏威杀了。炀帝说“:不能忍受就杀。”于是就将苏威父子和孙辈三代都除去名籍。

  裴蕴又想加重自己的权势。令虞世基奏请罢除司隶刺史以下的官员属吏,增设御史一百多人。于是裴蕴引荐罗织奸邪狡黠之人,一起结成党羽,郡县官吏有不依附他们的,就暗地中伤他们。这个时候国家多事,凡是兴师动众、京都留守和各藩镇互相交易,都命令御史监督。宾客和各类依附之人,遍及郡国,侵害骚扰百姓,炀帝不知道这些事情。渡海击辽的战役中,晋职位银青光禄大夫。

  司马德勘将要作乱的时候,江阳长张惠绍连夜驰报裴蕴。裴蕴和张惠绍秘密谋划,想假传诏令,调动城里的军队和百姓,集中在一起听从荣公来护儿的调度指挥,收伏京城之外的乱党宇文化及等人,接着调动羽林军和为隋炀帝拉龙舟的人,派遣范富娄等人到西苑,取梁公萧钜和燕王来处理此事,然后上门救援炀帝。谋划计议已定,派人报告虞世基。虞世基怀疑造反的事情不实,就把裴蕴的计谋压下了。很快,灾难就发生了。裴蕴感叹道:“和虞世基谋划,竟然误了大事!”于是被杀害。其子裴忄音,任尚辇直长,也在同一天被杀害。