王轨，太原祁地人。小名沙门。汉代司徒王允的后代，世代都是州郡的大族。几代在魏做官，被朝廷赐姓乌丸氏。他的父亲王光，少小就英雄威武，有将帅才能。多次立有战功。宇文泰对他十分信任，官位至骠骑大将军、开府仪同三司、平原县公。
王轨性情朴实正直，起家入仕，就跟着辅城公。武帝即位，他迁任内史下大夫，常被武帝委以心腹的重任。武帝准备诛杀晋公宇文护，他赞成这个决策。建德初年，他转任内史中大夫，加封为开府仪同三司，又被封为上开府仪同大将军，封爵为上黄县公。军国大政，都可参与。
南陈将领吴明彻入侵吕梁，徐州总管梁士彦多次与陈军作战，连连失利，便退守州城。吴明彻便堵截清水河的水以淹灌徐州城，将战船开到城下，准备发起进攻。朝廷命王轨任行军总管，率领军队救援徐州。王轨暗中派人在清水河的入淮口竖立许多大木桩，用铁链连结车轮，横截河流，断绝陈军船只的退路，正想偷偷掘开堤堰放水，使敌船无法开动而将他们困毙。吴明彻知道了，便打破土堰迅速撤退，希望乘着退回的河水将船驶入淮河。来到清口，河流已经很宽阔，水势大为衰减，船又被车轮阻挡，无法通过。王轨乘机率兵将敌人包围，只有骑兵将领萧摩诃率二十名骑兵提前撤走，才免于一死。吴明彻和三万多将士，连同器械辎重全部被俘获。陈朝的精锐部队，这次被歼灭殆尽。王轨被晋封为柱国，拜授徐州总管。他性情严肃庄重，善于计谋，加上吕梁大捷，他的威望震动敌境，陈朝人都很害怕他。
宣帝征讨吐谷浑，武帝命他与宇文孝伯一起跟从宣帝出发，军中的进止攻取，宣帝都委托给他，宣帝只是获取成果而已。这时，宫尹郑译、王端都受宣帝宠幸。宣帝在军中颇有些失德的事情，郑译等人都参与了。军队回来后，王轨等人向武帝奏报了宣帝在军中的情况，武帝大为恼怒，便鞭打宣帝，免去郑译等人的官职，并加以痛打。宣帝因此对王轨等怀恨在心。王轨又曾与小内史贺若弼说到这件事，并且说皇太子一定不能承担管理朝政的重责。贺若弼也认为很对，劝他陈奏给武帝。他利用侍坐的机会，便对武帝说：“皇太子多有薄德，恐怕不能担负陛下您的家事。我昏聩短浅，不足以评论是非。您常认为贺若弼有文臣武将的奇异才能，胸怀恢宏宽阔，而贺若弼一再对我说，他深为此事忧虑。”武帝召见贺若弼并询问他。贺若弼答道：“皇太子在东宫蓄养道德，没听说有什么过错。不知道陛下您从哪里听到这些话？”贺若弼退出宫殿后，王轨责备他说：“你平常说话，没有不守信的，今天为什么反复无常？”贺若弼说“：这是你的过错啊。皇太子是国家的储君，怎么能轻易去说他？事情稍有不慎，便有杀身灭门之祸。本来让你秘密陈奏，你怎么能这样公开去讲？”王轨默然许久才说“：我一心为了国家，便没有私心。上次当众陈奏，实在不恰当。”以后他因内宫设宴为武帝祝寿，又捋武帝的胡须，说“：多可爱的老头啊，可惜您的儿子太不行了。”武帝认为他说的很对，但二儿子汉王没有才能，其他儿子都年纪幼小，所以无法采用他的建议。
宣帝继位，重新恢复郑译等人的职务，作为自己的近侍。王轨知道自己必有灾祸，对亲近的人说：“我过去在先帝在世时，实在是为了国家而提出更换太子的建议。今天事情的后果，很容易判断。我所管辖的徐州紧靠淮南，与敌国相邻。要想为自己打算，易如反掌。但忠臣的节义，不可损辱。更何况蒙受先帝的厚恩，常想着以死报效，怎么能因为获罪于宣帝，便去背叛先帝呢？我只能够在这里等死，决不作其他打算，希望千载之后人们能了解我的忠心。”
大象元年(579)，宣帝派内史杜虔信到徐州将王轨杀害。御正大夫颜之仪恳切进谏劝阻，宣帝不采纳，仍然将他诛杀。他对朝廷忠贞，又立有大功，忽然无罪被杀戮，天下人不管认识或不认识他的人都很悲伤惋惜。