冯子琮，字子琮，长乐信都人，北燕主冯弘的后代。祖父冯嗣兴，任相州刺史。父亲冯灵绍，任尚书郎、太中大夫。子琮官职显贵后，朝廷赠封灵绍为开府仪同三司。
子琮聪明敏捷，被外祖父荥阳人郑伯猷所奇异。最初继承爵位为荥阳县子。北齐天保初年，改封为长安县男。皇建初年，任尚书驾部郎中，负责库部。孝昭帝曾检查府库的簿册，让他用嘴陈述，他对答得没有任何错失。这时，南梁的丞相王琳要回国，孝昭帝命子琮同他一起行动，以观察他的动静。王琳即与冯子琮一起到邺城，他很被王琳赞赏。子琮的妻子是胡皇后的妹妹，所以，天子下诏命他与胡长粲辅导太子。后来，他又转任为太子中庶子。
后主天统元年(565)，武成帝禅位给后主，他对子琮说：“少主的左右，应该安置正派的人。你心地坦荡正直，我现在把后事委托给你。”子琮迁升为散骑常侍，奏报门下省的事情。不久，又兼任省祠部尚书。后来，他与胡长粲有矛盾，武成帝告诫他说：“唇亡齿寒，不要再这样。”武成帝在晋阳，居住在原来的宫殿，少帝没有住的地方，便下诏命子琮监造大明宫。宫殿建成后，武成帝嫌不够高大宏丽，子琮说：“陛下您从小就继承管理天下的大业，想养成淳厚节俭的风气，以昭示天下万邦。再加上这座宫殿北面与皇宫相接，不应该过于高大。”武成帝连连称是。朝廷又命他监修五礼，他与赵郡王高睿互争异同，不分上下，很被人们所鄙视。
武成帝驾崩，和士开封锁丧讯三天，子琮问他原因，他援引神武帝高欢、文襄帝高澄最初去世时，都密不发丧的事例，说幼主年幼，恐怕王公大臣会有二心，想把他们集合在一起，然后与他们认真商议。当时，赵郡王高睿早就参与了朝廷大事的谋划，子琮平常知道和士开忌恨高睿和领军娄定远，恐怕他假借武成帝的遗诏把高睿调出京城任外职，夺去娄定远禁卫军的权力，因而对他说：“已故的武成帝是神武帝的儿子，现今的皇上是先皇传位的，群臣的荣华富贵，都是当今皇上他们父子给的。朝廷一旦改易，群臣们一定没有异志。时代不同，事情也不一样，今天不能与过去相比。况且您已有数日不出宫门，先帝辞世升天的事情，走路的人都在传说，长时间不发丧，恐怕会发生别的事变。”
发丧以后，元文遥因为子琮是胡太后的妹夫，担心他会支持太后干预朝政，便劝说赵郡王高睿以及和士开，将他调出朝廷。任他为郑州刺史。这不是后主的本意，所以对他赏赐十分丰厚。他转任为沧州别驾，封为宁都县伯。胡太后替齐安王纳子琮的大女儿为妃，他又转任吏部尚书。他的妻子胡氏放纵自己，公开请谒说情，收受的贿赂堆放得到处都是。地方长官的任命，先讲定送给钱帛的数目，然后再奏闻太后。她请求办的事情，没有不成功的。子琮对她也不加禁止，听之任之。他们向旁邻的房宅开拓，扩修家宅屋宇，夜以继日，不曾停工休息过。斛律光率兵过玉壁，到达龙门。北周送来书信，需要另外商议。朝廷命子琮乘坐四匹马拉的车赶赴斛律光的军队，与周朝将领韦孝宽当面谈判订约。龙门等五座城池因此归附北齐。后主认为这是子琮的功劳，封他为昌黎郡公。迁升为尚书右仆射，仍负责铨选人才，侍中的职务不变。
和士开居于显要的位置已经很久。子琮过去曾经依附过他，中间虽然有过嫌隙，后来逐渐弥合。士开的弟弟士休与卢家的女儿结婚，子琮为他奔走忙碌，与和士开府中的幕僚没有两样。其时，朝廷内外官吏的任免，大多由和士开拟议奏报。子琮既依仗有内戚的关系，加上自己负责铨选人才，专擅权力，又受天子的宠爱，与和士开逐渐产生隔阂。此时，陆苓萱权势震动天下，胡太后与她结为姊妹，而和士开与太后关系暧昧。子琮想暗中杀死陆媪及和士开，废除后主而拥立琅邪王高俨。他把这个打算告诉了高俨，高俨同意，便假借天子的诏命杀死和士开。高俨被捕，供出是子琮教自己这样干的。太后恼怒，派人抓来子琮，派右卫大将军侯吕芬在内省用弓弦将他勒死，派宦官用库车载上他的尸体送回他家。他的儿子正在握槊游戏，听说宫中库车到来，以为又是朝廷赏赐的东西，非常高兴，打开一看是父亲的尸体，便哭了起来。
子琮多少有些鉴别人的能力，颇有公心。声望隆重显赫之后，完全改变了过去的品格，选拔引荐的官吏大多不是正派人物。只要与他关系密切，就是他们的子弟，也不按照品位次序，予以录用。他又专门给自家的女婿谋求官职。女儿订婚之后，他照例给女婿许诺官爵，不到一个月就能实现。顿丘的李克、范阳的卢思道、陇西的李胤伯、李子希、荥阳的郑庭坚都是他的女婿，也都被破格提拔，他的骄纵自为就像这一样。