侯深,神武尖山人。为人机警,颇有胆略。孝明帝末年,六镇因饥饿发生变乱,他跟随杜洛周向南进犯。后来与妻兄念贤一起背叛杜洛周,归顺..朱荣。他们在途中遇到强盗抢劫,只披了块褐色的布遮挡身子。..朱荣送给他衣服帽子,很优厚地对待他,任命他为中军副都督。孝庄帝即位,封他为厌次县子。他跟随..朱荣讨伐葛荣,在滏口大战,立功最多,被朝廷命为燕州刺史。

  这时,葛荣的别帅韩楼、郝长等人率兵屯据在蓟城,..朱荣命他进攻韩楼,给他的人马却很少。有人替他说话,嫌人马太少,..朱荣却说:“随机应变,是侯深的特长。如果让他带很多人去,未必能用得上。”所以,只给他七百兵马。侯深故意虚张声势,率领数百骑兵深入韩楼占领的区域,离蓟城百多里,遇上贼帅陈周率马步两军一万多人,侯深把敌人打得大败,俘虏敌兵五千多人。然后将缴获的马匹武器又归还给他们,放他们回蓟城,左右的人都劝阻他,他说“:我们的人数少,不可以以力相拼,事情需要设法离间敌人。”他估计放回的敌兵已回到蓟城,便率领骑兵连夜进发,早晨叩打城门。韩楼果然怀疑降卒要作内应,便弃城逃走,侯深纵兵追赶,将他擒拿。因立功被赐爵为侯,不久被任命为平州刺史,镇守范阳。

  ..朱荣被杀,太守卢文伟引诱侯深出外打猎,然后关闭城门,不让他进城。他率领部曲家丁驻扎在南郊,为..朱荣举丧致哀,然后率兵向南进发。孝庄帝派东莱王元贵平为大使,慰劳燕、蓟一带的军队。侯深诈降,元贵平相信了他。他便将贵平抓获。军队进至中山,行台仆射魏兰根向他进攻,被他打败。东海王元晔即位,授予侯深仪同三司、定州刺史、左军大都督、渔阳郡公。节闵帝即位,又加封他为开府。后来,他随..朱兆在广阿与高欢对垒,..朱兆败走。侯深投降高欢,后来与高欢一起在韩陵打败..朱氏。

  永熙初年,他被任命为齐州刺史。孝武帝末年,他与兖州刺史樊子鹄、青州刺史、东莱王元贵平之间,书信和使者不断往来,互相联络。他又派人向高欢表示忠诚。孝武帝西入长安,他对魏室仍存希望。汝阳王元暹任齐州刺史,侯深不按时迎纳他进城内,城里的人刘桃符等偷偷将元暹领进城,占据了城的西部。侯深争夺,不能获胜,率领骑兵出逃。他的妻子儿女和家丁都被元暹俘获。

  行至广里,适逢接到皇帝的圣旨,命侯深管理青州政务。高欢也给他送来书信,说:“你不要认为自己军队的数量少,难于向东前进。齐人人情淡薄,齐州人还能迎接汝阳王元暹,青州人难道不能打开城门等待你吗?”侯深又回来,元暹才归还他的家丁。而元贵平认为自己是斛斯椿一党,也不让他代替。侯深袭击高阳郡,克复了城池,把家属和家丁都安置在城中,亲自率领精锐骑兵,夜晚驰向青州,城内的人抓住元贵平开城投降。侯深思虑自己多次反复,怕不能得到平安,便杀了元贵平,将他的头颅传示邺地,标明自己不是斛斯椿一党。

  樊子鹄被平定后,朝廷下诏命封延之为青州刺史。侯深没有得到州牧的任职,心里恐慌害怕,行至广川,便抢劫光州的仓库造反。他派骑兵到平原,抓住前胶州刺史贾璐,夜晚袭击青州南面的外部,劫去前任廷尉卿崔光韶以迷惑人心,又攻掠其他州县。他的部将纷纷背叛了他,他便投奔南梁。行至南青州境内,被卖饭的人杀死,首级传示邺城,家里的其他人都被流放。