樊子鹄，代郡平城人。他的祖先是荆州蛮族的首领，迁徙到代地。父亲樊兴，任平城镇长史、归义侯。普泰年间，子鹄获得很高的官位，樊兴被赠封为荆州刺史。
子鹄遭遇北镇的动乱，向南避至并州，..朱荣任他为都督府仓曹参军。..朱荣派他到京城，灵太后询问..朱荣军队的情形，他的回答很让灵太后满意。太后奖励他，命他为直斋，封为南和县子，让他回到..朱荣那里。建义初年，朝廷命他为晋州刺史。封爵为永安县伯。永安二年(529)，因招降叛乱的蜀人有功，被晋封为中都县公。又兼任尚书行台，为政颇有威信。不久，朝廷又授予他督官尚书、西荆州大中正。后来，兼任右仆射，任行台。当时，..朱荣在晋阳，京城的事都委托子鹄办理。所以他在台阁，连续升迁并受到重用。后来，出任为殷州刺史。这年荒旱歉收，子鹄怕人流亡到别处，便命殷实之家将贮藏的粮食分别接济贫穷之家。并派耕牛代替人力，多种植大麦和小麦，州内因此十分安定。
..朱荣被朝廷处死，..朱世隆写信召请子鹄，他没有服从。因母亲住在晋阳，他请求朝廷让他移镇黄河以北，孝庄帝很赞赏他，任他为都督、豫州刺史。他行至汲郡，听说..朱兆领兵进入洛阳，便渡过黄河拜见..朱仲远，仲远派他镇守汲郡。..朱兆命他到洛阳，责备他对..朱氏存有二心，夺去他率领的军队，让他回晋阳。东海王元晔命他为侍中、御史中尉、中军大都督。
太昌初年，他兼任尚书左仆射、东南道大行台。总大都督杜德等追讨..朱仲远，仲远逃向梁，杜德收编了仲远的兵马。这时，南梁派元树入犯北魏，占据谯城，朝廷命子鹄与杜德一起讨伐梁军。元树大败，逃进城去，魏军包围了谯城。元树请求撤兵南归，把占领的土地归还给北魏，子鹄允许了。等到元树的军队有一半出城，他又领兵进击，把南梁军队打败，抓获元树和梁委任的谯州刺史朱文开。班师回来，他升任为吏部尚书，转任尚书右仆射。不久，加封为骠骑大将军、开府，负责选拔官吏。
后来，任兖州刺史。他先派心腹到百姓中查访，询问那里为政的得失。刚上任到达兖州境内，太山太守彭穆参拜长官失去礼仪，子鹄责备彭穆，并历数他过去的罪状，彭穆都一一承认，于是州内官员大为震骇。
孝武帝西奔长安，子鹄据守城池作为接应，南青州刺史大野拔率部属前来投奔子鹄。天平初年，高欢派仪同三司娄昭等率兵进攻子鹄驻守的城池，很久不能攻下，娄昭用水灌城。大野拔借故求见子鹄，命左右随从将子鹄杀死，向敌兵投降。