崔仲方字不齐。从小喜爱读书,有文才武略。十五岁时,周文帝见到他以后很惊讶,就让他和皇家子弟一起读书,隋文帝也在其中。仲方因此和隋文帝从小就交情深厚。后来,仲方以明经当了晋公宇文护的参军,转为记室,升司玉大夫,和斛斯征、柳敏等一起撰修有关礼仪和音律的书籍。后来又以军功被任为平东将军、银青光禄大夫,封爵为石城县男。当时周武帝已暗暗准备灭齐,崔仲方向他进献了二十条计策,武帝大为惊奇。他又和少内史赵芬确定标准。不久又跟从武帝攻下了晋州,武帝又让仲方说降了翼城等四座城池,被任命为仪同,晋爵范阳县侯。后又任行军长史,跟随郯国公王轨在吕梁俘虏了陈将吴明彻,采用仲方计策最多。

  周宣帝即位,被任为少内史。宣帝死,隋文帝任丞相,他和崔仲方见面后,高兴地紧紧握手,崔仲方也忠心相随。当晚他便向隋文帝进献适宜采用的十八条计策,隋文帝十分赞许并采纳。他又劝隋文帝顺应天意受命为帝,隋文帝也听从了。到受禅时,隋文帝召崔仲方和高赹一起商议改朝时间及所用的车马祭牲的颜色。仲方说:“在五行里,晋朝为金,后魏为水,周为木,皇帝应以火来继承木德,况且圣上诞生时,有红光的吉兆。因此所用的车辆、马匹、旗帜,祭祀用的牲畜,都应采用红色。”他又劝隋文帝设置六部官制,依照汉、魏的旧制。隋文帝都采纳了。他被晋位为上开府,任司农少卿,晋爵为固安郡公。令他带三万民工到朔方、灵武修筑长城,东至黄河,西到绥州,南到勃出岭,绵延七百里。第二年,又命令仲方领民工十万,在朔方郡的东部,沿边境一带的险要地方,修筑几十座城堡,以制止胡人入侵。

  不久,遭父丧而离职。守丧期未满,起用为虢州刺史。他上书朝廷提出取陈朝的策略:

  “臣详加考查,晋朝太康元年(280),正是庚子年,晋武帝平定吴国。至今是开皇六年(586),丙午年,合计过了三百零七年。《春秋宝乾图》上说“:帝王有三百年一免之法。”如今三百年的期限可说已到了。陈氏窃据帝位,起于丙子年(556),今年是丙午年,子午相冲,正是阴阳学中的大忌之年。过去史赵曾说过:‘陈姓,出于颛顼帝族,水德,所以当岁星在鹑火位时就要灭亡了。’又说‘:周武王灭商,封胡公满于陈。’到鲁昭公九年,陈国有灾祸,裨灶说:‘再过五年岁星到了鹑火,然后陈国就灭亡了,楚国将灭了它。’楚人是祝融的后代,当过火正,所以又灭了陈。陈是舜的后裔,而舜又是颛顼的传人,太岁左行时,岁星向右转,到达鹑火的那一年,陈族将又灭亡。戊午这一年,也就是陈氏国运终结的时候了。古语和古事虽然和现在不同,但考察其中的规律,却又没有差别。今我皇朝以五运相承应感为火德,国号又称隋,古代隋国和楚国是同分野,楚是火正。午配鹑火,未是鹑首,申配实沈,酉配大梁,正当周、秦、晋、赵的分野,如果在这个时候发兵,将是得到好年头的条件。以古代的故事来比照今天,陈朝的灭亡是无疑的。我以为午、未、申、酉同是术数中的极点。向来人们说,天时不如地利,地利不如人和。况且皇上圣明,臣下贤良,兵强国富。陈朝在上的国君昏庸,在下的民众怨恨,论险没有百二河山的坚固,论兵众又比不上当年的九国之师,独处一隅的蛮夷之众,怎能挡得住奉天命进行的讨伐!

  “我知道朝廷自有宏伟的谋略,而我不过是草野村民的见解,但还是想像萤火虫那样发一点微光。现在必须在武昌以下的蕲、和、滁、方、吴、海等各州,安排精兵,秘密准备渡河,益州、信州、襄阳、荆州、基州、郢州等地,加速建造船只,大造声势,制作水战的各种用具。蜀、汉两条江,是长江上游,水路要塞,历来是兵家必争之地。贼人虽然在流头、荆门、延洲、公安、巴陵、隐矶、夏首、蕲口、盆城设置船队,但最终要聚集到汉口和峡口,以水上作战一决胜负。如果贼人考虑上游有军队,命令精兵前去支援的话,我们在下游的所有将领,立即应选择合适的地点横渡南下。如果敌人聚集大兵自卫,上游的水军就应一鼓作气向前进攻。这样,敌方虽自恃有九江五湖的天险,但没有德行便缺乏稳固的基础;徒有三吴和百越之地的兵马,但没有恩义便难以自立。”

  隋文帝看后,非常高兴。他改任崔仲方为基州刺史,征召入朝。由于崔仲方奏上平陈的方略,深得皇帝嘉许,赐给他皇袍裤和绫罗绸缎五百段,晋位为开府。当隋朝大举出兵攻陈时,任命崔仲方为行军总管,和秦王相会合。平陈后,他因事而被免职。不久,又恢复职位。

  几年以后,被任命为会州总管。当时,北方各部羌人还没有归顺朝廷,皇帝传旨命令崔仲方出征,他和敌人打了三十多仗,紫祖、四邻、望方、涉题、干碉、小铁围山、白男、弱水等赭都的各部敌人均被征服。他被赏赐给奴婢一百二十人,黄金三十斤。晋升为代州总管,后来又被征召入朝。

  正值隋文帝去世,汉王的余党占据吕州,朝廷屡攻不下。隋炀帝派周罗目侯去攻打,却被流箭射中身亡。当派崔仲方带领这支军队时,攻克了吕州,晋封他为大将军。又历官户部、礼部尚书,因事而获罪,免职。不久又被任命为国子祭酒,改为太常卿。朝廷因他已年老力衰,让他出任上郡太守。因母亲去世而离职服丧。一年多后又起用为信都太守。后来他年老请求退休,朝廷予以优待,准许他的请求,后死在家里。他儿子名焘,官定陶令。他的叔叔宣度,任齐王府司马、恒农太守。宣度的弟弟宣轨,颇有才学,任尚书考功郎中,宣轨和弟弟宣质、宣静、宣略都很早就去世。