萧宝夤字智亮，齐明帝的第六位儿子。齐废帝宝卷的同母弟弟。在齐时被封为建安王。当和帝继位后，改封为鄱阳王。
梁武帝攻克建业时，派兵看守他，并准备杀死他。萧府中的太监颜文智和左右侍从麻拱、黄神秘密定计，乘夜间挖开墙洞把宝夤送出。他们预先准备了一艘小船停靠在江岸，让宝夤脱掉原来所穿的制服，穿着黑布短衫，腰中系着一千多铜钱，偷往江边。他穿着草鞋徒步行走，脚上磨得没有一块完好的皮肤。看守他的军士们到天亮时发现并追赶他，宝夤装扮成在江上钓鱼人，让小船在江中上下漂流十多里远，追赶的军士并没有怀疑他。等到追兵散去之后，他才把船靠到西岸，以身投靠华文荣。华文荣和他的随从天龙、惠连等三人把家也抛弃了，将萧宝夤先藏到山涧里，然后租赁一头驴给他乘坐，他们白天藏起来，夜间行走。景明二年(501)，到达寿春东城军营中，营主杜元伦反复审查，确知是萧家的子弟，便以礼相待，同时派人飞速报告扬州刺史、任城王澄。任城王澄便派了车马和侍卫前来迎接他。当时只有十六岁，他徒步行走，面容十分憔悴，见到他的人还以为是别人掠来卖的人。元澄以贵客的礼节接待他。萧宝夤请求穿国君死亡时服用的斩衰的制服，任城王澄派人向他说明依照情礼，应按照死去兄长的礼节，给了齐衰的丧服，宝夤便听从了。任城王带着他的部属们前往吊唁。宝夤居处都合乎服丧的礼节，不喝酒吃肉，不苟言笑，完全是一种十分悲哀的丧礼。寿春这里有很多萧家故友，宝夤一一接受他们的慰问和吊唁。惟独不见夏侯氏一族，这是因为他们倾向于梁朝。过了些日子，宝夤前去拜见任城王澄，任城王非常器重他。
当萧宝夤到达京都以后，宣武帝以隆重的礼节接待他。宝夤跪在殿下哭诉，请求宣武帝派兵南征，并表示哪怕遇到狂风暴雨，自己决不改变心愿。这一年，梁朝的江州刺史陈伯之和州长史褚胄等人一起从寿春前来归降，请求建立军功报效朝廷。皇帝认为按陈伯之所说的情况，机不可失，更兼萧宝夤真心恳求，便封宝夤使持节、都督、东扬州刺史、镇东将军、丹杨郡公、齐王，配给军队一万人，让他驻守东城，准备到秋冬季节时大举南征。宝夤第二天将要受封，当晚痛哭不已。天亮时，皇帝按照礼节封授宝夤，赏赐马和各类物品，样样都十分丰厚，不过还比不上赏赐刘昶时的优厚和隆重。同时，朝廷允许他任意招募天下的勇士，共招到几千人。他便让文智等三人为积弩将军，文荣等三人任强弩将军，都是一军的主将。萧宝夤虽年轻又寄居北国，但为人高雅稳重，虽然服丧期满却仍断绝酒肉，表情悲伤，面容憔悴。他身穿粗布衣服，吃普通蔬菜和食品，从不和人嘻笑。当他被朝廷选派南征时，许多权贵们纷纷前来投靠和嘱托各种事情，一时门庭若市，各种书信文札接连不断。萧宝夤一一应接和回复，办得有条有理。
正始元年(504)，当萧宝夤的军队到达汝阴时，东城却已沦陷了，他便让部队停留在寿春的栖贤寺。这时，恰逢梁军将领姜庆真入侵，围逼寿春城，萧宝夤领着部队奋力作战，击败了梁军。宝夤勇冠三军，见到的人无不深受鼓舞。领军北还后，被改封为梁郡公。当中山王英领兵南征时，宝夤又上表请求出征。他和中山王英多次打败梁军，乘胜攻打钟离。可是遇到淮河泛滥，宝夤和中山王英狼狈领军退走，士兵有十分之四五的人被杀死或淹没于洪水中。有关方面官员上奏朝廷，请求将他们处以极刑。皇帝传旨免去他的死罪，罢免官职削去爵位回府。
不久，和南阳长公主成婚。公主具备妇人应有的各种美德，对待宝夤十分谦和，后来两人十分和睦而公主依然不改变对他的敬意。每当宝夤进房时，公主必定站立起来迎接他，两人相敬如宾。如果不是遇到皇太妃有病，公主从不回娘家。宝夤也性情温和，彬彬有礼，敬爱公主，因此内外和谐安宁。清河王怿对他们十分亲近和敬重。
永平四年(511)，卢昶攻下梁朝的朐山戍，让琅笽戍主傅文骥镇守。梁军攻打傅文骥，卢昶指挥众军前往救援。皇帝传旨派宝夤为使持节、假安南将军，另带一支军队长途奔赴救援，接受卢昶的管辖。宝夤接旨后，泪流满面，哽咽了很久说不出话来。后来卢昶军队被打败了，只有宝夤这支队伍得以全师而回。
延昌初年，任瀛州刺史，并恢复了齐王的封爵，又改任冀州刺史。当大乘贼寇四起时，宝夤领兵征讨，但多次被贼军打败。行台军队到达后，才将贼军消灭。灵太后临朝听政时，调宝夤回到京城。
梁朝将领康绚在浮山筑大坝引淮河水淹灌扬州和徐州。朝廷授宝夤使持节、都督东讨军事、镇东将军以讨伐梁朝，又封他为梁郡公。熙平初年，梁军构筑的大坝已成，淮河水将成为扬州、徐州的祸害，宝夤便在大坝的上游又开通新渠道，水势就减弱了。他又派遣精壮勇士一千多人在夜间渡过淮河，焚烧梁军用竹、木建造的营垒，破坏了三座军营，大火烧了几天都没有停止。他又另派将领打败了梁将垣孟孙、张僧副等人在淮北的军队。又渡过淮河南下，焚烧了梁朝徐州刺史张豹子等人的十一座营垒。当他回到京城后，被任命为殿中尚书。宝夤驻守淮河堤岸时，梁武帝寄信招降他。宝夤把这些信表送朝廷，揭发梁朝的毒计。他一心一意想报仇雪恨，恢复故国，多次请求驻守边境。
神龟年间，被任为都督、徐州刺史、车骑大将军。他便在清河东侧建造学馆，朔望日接见当地百姓的子弟，他和颜悦色地对待他们，并一起讨论各种经义。他勤于处理政务，深得属吏和州人的敬爱。
正光二年(521)，朝廷召回任尚书左仆射。他善于治理政事，很有名声。正光四年，他表奏朝廷说：
“我私下以为，在文治武功方面都成名，也就是做人的最高成就了；在品德和行为方面受到称赞，也就是人生中最重要的方面。忠贞的美名，是立身朝廷的声誉；仁义的雅号，是处世的根本。虽然职非三公六卿，任当四岳重臣，皇帝授职时说：‘你去谐和万方’，臣下辞别而说：“是的，我听命前往！”那么又根据什么能够得到高名，享有盛誉？自近以来，官无高低，人无贵贱，都以虚美之辞，相互称誉举荐，求之者不能估量其多少，给予者不能核查其是非，于是而冠履变易，名实皆失。名为考功，实同虚进，纷纷漫漫，岂能尽言！
“又，在京官员，积数年而一考，期间，或所侍奉主官，更换数次；或所服侍的国君，身亡废绝。虽当时各种文簿，记其功绩之高低上下，但日久天长，散失已尽。多年之后，再求追访，无不相互吹嘘，结为唇齿之交，掩饰过错，妄加增色。只求多得品阶而已，无所顾惜事之真伪。而贤达君子，则难免深感忧患，中庸之道已不被遵行，还有什么可说的呢！官以求取而得，身以请托而立，上下相互欺骗，没有比这事更加过分的了。
“又勤政体恤民众之隐哀，都是州官县令的职责，责任重大，然而对他们的考察以六年为期，期满后替回，再经六年才得到奖叙，因而须经十二年才能晋升一阶。可是东西两省的文武闲职，公府中的闲散佐官，没有什么事做的多余官员，或者几十天才值一次班，或者在朔望日里才暂时朝见一次。可是他们考察时间，却以四年为限。这样，十二年间，便可晋升三级。守令辛劳而责任重大，但升迁之路十分艰难；闲职冗官只挂虚名，而晋升之途非常容易，何以内外之悬殊，造成待遇厚薄相差如此之大！
“孟子说：‘仁义忠信，是天然而成的爵位；公卿大夫，是人为封赠的爵位。古代人注意修天爵而人爵也就随之而至。’所以虽然外表与内质因时而异，宠幸与受辱因世而殊，却无不珍惜这种爵号，不肯轻易给别人。所以赏罚等级，应当持正公平。这是因为赏罚出现偏差，便难以进行惩处或勉励；公正的法则一旦废止，怀有侥幸心理的人便想法欺骗。所以一定要十分谨慎十分珍惜。何况现在这些人不是肺腑之亲，也不是才华横溢的人；既没单身出使敌国，也无立过汗马之劳，更无陈说兴利除弊之功，却终身享受官员的俸禄。他们都在虚张声势、毫无寸功；乱加指点，争说赢益，轻易得到几级官职，藉以成为显耀的贵人。于是巧诈之计萌生，奸伪之论四起，千思万虑以求荣，千方百计而争利。要加以约束而流弊已久，要加以引导又有何规矩？
“琴瑟必求音声相和，改弦更张以得合适的音调。过去的东西已难以追回，未来的事情却还能改正。据《周官》载：太宰的职责，每年底，便令官府各自端正职责，接受总计，听取汇报然后上报于国王。三年便总算一次所有官员的政绩而进行奖惩。我认为今后可以大体依照这种办法。凡是为官的人，每年底，由本部门写清楚他任职的日期，具体考核其才能和品行的好坏，弄清实际才干，注明上下等级，虚辞滥语一概不要。将名字列好，上报尚书，由尚书再次核实。如果发现谬误，立即加以纠正并给予处罚，不允许将责任推委下属，容许他们自由进退。在确定优劣和善恶之后，上奏朝廷，再由考功曹将这些情况分别书写在黄纸和油帛上。一份由本部尚书加盖印章，留在门下；一份则由侍中黄门盖印，由尚书省掌管。必须严加保密，不得打开。考绩的时候，再最终加以确定。所有内外考核标准，裁定其可用与不可用，要广泛征求意见，使标准统一。如果有特殊的谋略或奇特的计策，事情关系到国家的兴亡，为远近所传知，没有人提出不同意见的，当然可以临时根据情况加以斟酌，不要拘于常规。至于像援引同流的说法，贪图荣誉以求晋级的请求，如果不用条件加以限制，任其随意大开方便之门的话，以后就像蔓草滋生蔓延，难以铲除了。小小细流积成大河，就会破坏规章制度，挠乱国家大典，因此我认为应当明令加以禁止，以保证形成良好的风气。”
皇帝传旨将这份奏章交百官们广泛讨论，并以此作为永久实行的标准。最后也没有对其内容作任何更改。
这时，梁武帝弟弟的儿子西丰侯萧正德前来归降。萧宝夤上表说“：萧正德既然不能和亲属亲近，又怎么能够和外人亲近？假如容许这样的丑类也封给爵位，百官们都以此为榜样，那么还有什么人才能够上杀头的罪名呢？微臣和南梁仇隙深重，痛入骨髓，如今日暮途穷，报仇无日，岂在乎这样一位区区小人！只是虽为平庸之才，而身居门下重职，忠心一片，敢不申说？”萧正德到京城之后，朝廷待他十分轻薄，一年多后，他又叛变回梁。
起初，秦州城里人薛伯珍、刘庆、杜迁等反叛朝廷，抓了刺史李彦，推举莫折大提当首领，自称秦王。莫折大提不久死去，他的第四位儿子莫折念生自号为皇帝，年号天建。他设置了文武百官，以儿子阿胡为太子，阿胡的哥哥阿倪为西河王，弟弟天生为高阳王，伯珍为东郡王，安保为平阳王。天生带领军队出陇东，攻打雍州，屯兵于黑水。朝廷为此十分忧虑，便任萧宝夤为开府、西道行台、大都督，领兵西征。明帝亲自在明堂设宴为他饯行。萧宝夤和另一位大都督崔延伯合击天生，把他打得大败，直追赶到小陇。又进讨高平的贼寇统率万俟丑奴，在安定大战，双方互有胜负。
当时有天水人吕伯度兄弟，原来和莫折念生一起反叛朝廷，可是他后来和哥哥吕众保在显亲一带聚合许多人马讨伐念生，被念生打败，奔逃到胡琛那里。胡琛任命吕伯度为大都督、秦王，并又给他一部分兵马，让他再攻秦州。吕伯度大破莫折念生的部将杜粲于成纪，又在水洛城大败念生部的金城王莫折普贤，进军至显亲。莫折念生亲自领兵和吕伯度作战，被吕伯度击败。吕伯度便背着胡琛，派他哥哥的儿子忻和带领骑兵到东面引来萧宝夤的大军。莫折念生感到事情不妙，只得假装向萧宝夤投降。朝廷嘉奖吕伯度起义而立下的大功，任命他为泾州刺史、平秦郡公。可是这时大都督元..义、高聿把军队留驻陇口，而吕伯度又被万俟丑奴所杀害，这样，敌军气势大增，萧宝夤难以制服。
孝昌二年(526)，萧宝夤被授为侍中、骠骑大将军、仪同三司、假大将军、尚书令，并给予前后部鼓吹仪仗。萧宝夤起初从黑水进军，终于打到平凉，和叛贼对阵，年年进攻，贼军也很害怕他。关中得到保全，全仗萧宝夤的力量。孝昌三年正月，改授司空公。由于他出征日久，兵将都十分疲惫，所以在这个月被敌人打得大败，退回雍州。有关部门认为萧宝夤应当处死，但皇帝下诏从宽处置，削职成为编户民。但四月间，又任他为征西将军，雍州刺史、开府，西讨大都督，所有关西军队，全部听从他的调遣。九月，莫折念生被他的部属常山王杜粲杀死，全家被杀尽。杜粲向萧宝夤投降。十月，朝廷授给他尚书令，恢复原来的封爵。
这时，山东、关西一带，到处都是贼寇，朝廷出兵多次打败仗，士气低落。萧宝夤连年出征，耗费巨大，一旦被打败，心里十分担心受到猜疑和斥责，常常心中不安。朝廷这时也已对他产生了怀疑，并设障碍。当朝廷委派御史中尉郦道元当关中大使时，萧宝夤怀疑是朝廷准备暗中除掉自己，所以便另有打算。他把想法问河东柳楷，柳楷说：“大王原是齐明帝的儿子，正天下原来就应属您所有。所以您今日的作法，正符合人们的愿望。况且近来有民谣传唱说‘：鸾生十子九子歹段，一子不歹段关中乱。’武王有十位乱臣，所谓‘乱’，就是理的意思，这是说大王应当治理关中，您还有什么可以怀疑的呢？”
当郦道元走到阴盘驿时，萧宝夤派遣部将郭子恢等人秘密地杀掉了他，然后诡称前往收埋郦道元的尸体，上表朝廷，假称是被贼人所杀害。于是，萧宝夤叛变了，他另立旗帜，大赦其部内众人，称为隆绪元年，封百官。朝廷派尚书仆射、行台长孙承业前去讨伐。当时北地的毛鸿宾和他哥哥遐纠合民间义军，准备讨伐萧宝夤。萧宝夤派将军侯终德前去攻打毛遐。但侯终德却回兵打萧宝夤，当军队到达白门时，萧宝夤才发觉。他和侯终德作战，兵败，便带着公主和小儿子以及部下一百多骑从后门出走，投奔万俟丑奴。万俟丑奴任命他为太傅。
尔朱天光派遣贺拔岳等人在安定大败万俟丑奴军，并追捕了万俟丑奴和萧宝夤，把他们送回京城。皇帝传旨的把萧宝夤绑在阊阖门外的大街上，让京城的男女百姓围观，共有三天时间。吏部尚书李神亻隽、黄门侍郎高道穆历来和萧宝夤有交情，两人帮他在庄帝的面前说好话，并讲萧宝夤背叛朝廷的事情是在前朝时发生的，希望能够救他免去死罪。这时正好应诏王道习从外面进来，庄帝问他在外面听见什么没有？王道习说：“只是听说陛下不准备杀萧宝夤，人们都说李尚书、高黄门和萧宝夤交情深厚，两人又都是能在皇上面前进言的要人，一定能够救他。”接着，王道习又说：“如果说萧宝夤背叛朝廷是前朝发生的事情，就可以赦免的话，那么他这次在长安兵败时，任万俟丑奴的太傅，难道不是陛下登基后发生的事情？贼臣不除，法律又怎么实行呢？”庄帝同意他的看法，便传旨将萧宝夤带到太仆驼牛署赐死。临刑前，李神亻隽带着酒食来看望萧宝夤，并重叙旧日的友情，他伤心地流下泪来。可是萧宝夤神色坦然，一点也没有愁苦恐惧的模样，只是说这是上天的旨意和自己命该如此，自恨没有能始终保全作为臣子的节操。公主带着他的儿女来向萧宝夤诀别，伤心地大哭不已，而萧宝夤依然神色不变。
萧宝夤有三个儿子，都是公主所生，全是平庸而低劣的人品。大儿子萧烈，娶孝明帝的妹妹建德公主，官封驸马都尉，因萧宝夤反叛而受牵连被杀。次子萧权和小儿子萧凯互相用箭对射游戏，萧凯的箭快而强劲，射中了萧权，萧权死去。萧凯的妻子是长孙承业的女儿，为人十分轻薄又不懂礼貌，公主时常责备她。萧凯为此而怀恨在心，他的妻子也不断地在他面前说坏话。天平年间，萧凯派奴仆害死公主。依照法律萧凯被判以车裂的刑法，死于东市，他的妻子也被斩首，全家因而灭绝。萧宝夤的哥哥有个儿子叫萧赞。