穆崇是代地人，他的祖先世代效忠于神元、桓、穆帝。穆崇年青时专门喜欢偷盗。道武帝住在独孤部时，穆崇经常来往供给物品，当时没有人比得过他。后来刘显叛逆，平文皇帝的外孙梁眷知道了，便秘密地派穆崇去报告道武帝。梁眷对穆崇说：“刘显如果知道了，哪怕他用刀剑切割也不能泄露真情。”于是，他将爱妻和所骑的良马交给穆崇，对他说“：事情被发觉，我将以此来自我表明。”穆崇来向道武帝报告祸难，道武帝就奔往贺兰部。刘显果然怀疑是梁眷走漏消息，打算把他关起来。穆崇就大声到处宣扬说：“梁眷一点不顾恩义，准备帮助刘显叛逆。现在我抓来他的妻子和良马，足以雪恨。”传到刘显耳朵以后，他果然相信了。窟咄发难时，穆崇的外甥于植等人找穆崇策划想抓住道武帝来接应，穆崇连夜告诉了道武帝，道武帝杀了于植等人，北越阴山，又到了贺兰部。
道武帝当了魏王以后，穆崇跟随他平定中原，任侍中、豫州刺史、太尉、宜都公。天赐三年(406)去世。起先，卫王仪阴谋叛乱，穆崇也参与了这件事。道武帝很惋惜他的功勋，就将这件事掩盖住不说。当有关方面奏议谥号时，皇帝亲自观看谥法，里面讲到有义而不终称为丁，说：“这是很合适的。”便给他谥为丁公。
当初，道武帝因窟咄之难而避走时，派穆崇回来体察民心。穆崇把他的马匹和随从留在外面，自己穿着普通人的服装进入营地，正好里面有亮光，穆崇被舂米的妇女发现了，贼众都被惊醒起来。穆崇找不到自己的随从，就躲在一个坑里，后来便偷了马匹逃走。夜间，他在大泽中住宿，有只白狼向着他嚎叫，穆崇醒来以后，骑上马跟着白狼飞奔，这才免于灾难。道武帝觉得很惊奇，便让穆崇立庙祭祀，子孙世代奉祀。太和年间，追赠功臣，以穆崇配祭于太庙。