清河王元怿，字宣仁。他从小聪慧机敏，仪容秀美，孝文帝很喜爱他。彭城王元勰格外器重他，并且说：“这个孩子风采神韵外表伟俊，黄中而内润，如果天假以年华，可继《二南》之化。”博览经史，兼习百家之言，有文学才能，善谈理趣，宽厚仁爱，很有器度，喜怒不形于色。太和二十一年(497)封王。
宣武初年，任侍中，转为尚书仆射。元怿的才干长于从政，明于决断，善于分析判断各种事情，很有名声。司空高肇因为是皇帝的舅舅而受到宠信，他擅权专政，阴谋除去皇室中有才干的亲王，多次说元怿和元愉等人的坏话。元愉难以克制心中忿恨，便在冀州谋反。由于元愉的叛逆，又嫁祸杀害元勰。元怿担心自己也会遇难。高肇又通过审讯囚徒来建立私人的恩惠。元怿乘着侍宴的机会，在喝酒喝到高兴时，就对高肇说“：天子的兄弟，还有几个人？而你相煎不息！过去王莽头秃，也凭借渭阳的资产，因而篡夺了汉室。如今你的奸佞原形已经暴露了，只怕最终仍成为乱国的根源。”他又对宣武帝说：“我听说，惟独国家宝器和爵名，是不可以轻易借给人的。所以季氏旅于泰山，孔子深加讥讽；仲叔想要车悬之物，左丘明认为应当尤其引以为戒。这是因为天尊贵而地低下，君臣之道有别，应当防微杜渐，不得僭冒越分。至于像减膳、录囚这种做法，是国君的事情，如今却让司徒去做，这哪里是为人臣子的道理？况且陛下修明政教，解断诉讼，便可以使时雨降下，四时风调雨顺。怎么能让明君失职于上，奸臣窃权于下？助长祸乱的根基，就在于此了。”宣武帝只是笑而不回答。
孝明帝熙平初年，改为太尉，侍中照旧。诏令元怿裁决门下各种事务，并负责经义注疏。当时有位和尚名叫惠怜的，自称能用念过咒语的水给人喝，用来治疗各种疾病。前来找他的病人，每天有千人以上。灵太后下诏赐给他衣服和食物，给予优厚的礼遇，让他住在城西南的地方，给百姓治病。元怿上表进谏说：“我听说法律严防妖言惑众，礼仪杜绝妖冶淫乱，这是因为要光明正大，防止奸邪。原在汉末，有位张角，也用医术，诱惑民众。当时所作所为，和今日相同。他以此诱惑民众，招致黄巾之祸。天下遭殃，长达几十年，都由张角引起。往昔新垣的奸情，不登于明堂；五利的侥幸，终于被杀戮。此事可引以为鉴。”灵太后很重视并采纳了他的意见。
灵太后因为元怿是孝明帝的亲叔叔，有德行又是先辈，众望所归，便将朝政委任给他，如同周公、崔光一样。元怿也尽力匡辅朝廷，以天下为己任。领军元叉是太后的妹夫，他恃宠而骄横不法，元怿经常以法令来管束他，多次给予贬黜和处分，元叉十分恼怒。元叉的同党通直郎宋维等人按照元叉的意图告元怿谋反。将元怿关在门下省，审问他身边的人和朝中显贵，显贵们都替元怿分辩，冤情得到昭雪，这才被释放。元怿因忠而被诽谤，便收集了过去忠烈之士的事迹，编成《显忠录》二十卷以表达自己的心情。
正光元年(520)七月，元叉和刘腾将孝明帝挟逼于显阳殿，将灵太后关在后宫，将元怿囚禁在门下省。元怿罪名成立，于是被杀害，当年三十四岁。朝廷内外，不分贵贱，了解和不了解他的人，都满怀悲愤，垂头丧气，远近十分震惊。住在京城和已回本地的夷人，听说元怿被害，割面出血以哀痛者达几百人。