元澄是任城王拓跋云的长子，字道镜，从小好学，鬓发很美，举止进退有节，言语清晰明辩，声音有如洪钟。他的父亲康王去世后，居丧期间，他以守孝道而闻名。他承袭了父亲的封爵，并被加封为征北大将军。因氐羌反叛，朝廷任命他为征南大将军、梁州刺史。文明太后接见了他并加以告诫和勉励，她看着元澄，对中书令李冲说：“这个孩子的风采神韵焕然迸发，自当成为皇族宗室的领袖，这次出行应当不辱使命，我不会乱说的。”元澄到梁州以后，耐心诱导氐羌人归附朝廷，西南一带都归顺了。朝廷加封他为侍中，赏赐一套衣物，让他乘上一匹黄马，以表彰他的功绩和才能。
改为开府、徐州刺史，很有名声和政绩。朝拜京城时，被引到皇信堂。孝文帝问元澄：“过去郑国子产铸刑书，而晋国的叔向不以为然。这两人都是贤士，究竟谁是谁非？”元澄回答说“：郑国弱小寡助，慑于强大的邻国压力，人心容易反复，不用刑律难以管理，所以铸刑书向他们表示威严。虽然有背于古制，却适合于今天权变之道。”孝文帝正在进行变革，十分欣赏元澄的回答，便笑着说“：任城王应当成为魏国的子产啊！我正在创改朝中制度，自当和任城王共建万世之功。”后来便征召他入朝当中书令，又改任尚书令。齐国的庾荜前来朝见，见元澄言辞文雅，风度秀逸超群，便对主客郎张彝说：“以前魏国的任城王以勇武著称，如今魏国任城王却以文采见美了！”
这时，皇帝下诏大集四庙的子孙，下至玄孙的儿子，在皇信堂举办宴会共叙宗室之亲，不按爵位排列顺序，全按昭穆的次序排位，用家人的礼节相见。皇帝说“：行礼已毕，我要让宗室内各人都表达自己的志向，可一概赋诗。”他特别下令由元澄作七言诗句连韵。元澄和孝文帝反复打赌比赛，因而玩得十分高兴，直至深夜才结束。
后来孝文帝对外表示要南征，本意却打算迁都，他在明堂左侧斋戒，召来太常卿王谌，亲自命令他占卜易卦来预测南征之事，得到了革的卦象。元澄进言说“：《易》中说，革就是改更的意思，将要革君臣之命。商汤、周武王得了这个卦象就是吉兆。陛下为天下皇帝，今日的卦象，不能说是革命，不能认为全是吉兆。”孝文帝严厉地说道：“这个卦象说，大人虎变，怎么说不吉利呢！”车驾回官后，立即召见元澄。元澄还未登上台阶，孝文帝就远远地对他说：“刚才所说的‘革’卦，现在想和你再讨论一下。我在明堂发怒，是担心大家跟着说三道四，坏了我的大计，所以装出很生气的样子让文武百官感到害怕罢了。”于是，他单独对元澄说：“国家从北方兴起，迁居到平城，虽然富有四海，但文化、习俗等均未合一。这里是用武之地，不是可以兴起文教的地方。崤函自古为帝宅，河洛一向是王室之居，我想举此大事，宅居中原，你意下以为如何？”元澄十分赞成这件事。孝文帝说“：任城王便是我的张子房啊！”于是，加封他为抚军大将军、太子少保，又兼尚书左仆射。当车驾到达洛阳，确定了迁都的计谋之后，皇帝诏令元澄驰回北方，询问留在那里的百官，议论这一抉择的可否。元澄说“：近日所说的‘革’卦，如今真是可称为革了！”
元澄到达代都之后，众人听了有关迁都的诏书，无不惊讶万分。元澄援引古今事例，耐心地加以开导，众人这才明白和信服。于是，元澄南归回报，在滑台会见了皇帝。孝文帝大喜，说：“如果不是任城王，我的大业不能成功啊！”元澄跟从皇帝到达邺宫，被任命为吏部尚书。
当皇帝从代都出发北巡时，留下元澄挑选旧臣。当初，魏国官员从公侯以下，动则以万计，沉冗闲散，没事可做。元澄将他们分为三等，确定优劣，让他们中有才能的尽其所能加以任用，没有人发出怨言。车驾回到洛阳后，皇帝又让他兼右仆射。
孝文帝到北芒，因而前往洪池，令元澄上龙舟侍候。皇帝对他说“：昨天夜里我梦见有一位老公公，拜立在路的左侧，说是晋朝的侍中嵇绍，特地前来迎接，神情谦恭有些害怕的样子，似乎有所请求。”元澄说：“陛下经过殷墟时吊祭比干，到洛阳以后没有祭祀嵇绍，想是他请求皇上的加恩所以托梦吧！”文帝说“：我既然有了这个梦，或许真像你所说的那样。”于是，他派人寻找嵇绍的坟墓，派使者加以祭祀。
齐明帝废了海陵王而自立为帝，南齐的雍州刺史曹武请求以襄阳城前来归附，皇帝准备亲自前去接受。他召来元澄和咸阳王禧、彭城王勰、司徒冯诞、司空穆亮、镇南将军李冲等一起商议。咸阳王禧等人主张应当前往，也有些人认为不该去。皇帝说：“众人的意见不一致，应当有个主客之分，互相启发。任城王和镇南将军主张应当留在京城，我自当作为应当前去的一方，大家静坐听我们论辩，最后都听从获胜的一方。”于是，文帝和他们反复辩论了几轮，车驾决定南征，不听从元澄和李冲等人的意见。元澄跟从皇帝南征到达悬瓠，因为病重而回京。
车驾回到洛阳后，孝文帝在清徽堂引见王公侍臣。皇帝说“：这座殿堂建成以来，还没有和王公们在这里举行宴乐之礼。今天要和群贤们一起做到没有不登的高处，没有不入的小地方。”于是到了流化渠。皇帝说：“这里的曲水，取乾道曲成之意，万物没有留滞的地方。”其次到了洗烦池。皇帝说“：这个池内也有嘉鱼。”元澄说“：所谓‘鱼在水藻，有颁其首’啊！”皇帝说：“且取‘王在灵沼，于禼鱼跃’之意。”又来到观德殿。皇帝说：“射以观德，所以叫这个名字。”又到了凝闲堂。皇帝说“：这座堂名取自夫子闲居的意思。不可以纵情奢侈而忘了勤俭，自觉安乐而忘了危险，所以在这堂的后面建了茅茨堂。”他又对李冲说“：这座堂的东面称为步元庑，西面称游凯庑。这里虽然没有唐尧这样的明君，但你们都是无愧于当他下面的元、凯这样的贤臣的。”李冲回答说“：臣下等人既然遇到了唐尧这样的明君，又怎么敢推去元、凯之臣的称号呢？”皇帝说：“太阳将下山，我还和同族宗亲有共叙亲情的惯例，你们准备出宫，怎么能不留下佳篇呢？”于是当即让黄门侍郎崔光、郭祚、通直郎邢峦、崔休等赋诗以言志。送上烛火时，公卿们辞退，李冲再次拜辞并且祝皇帝千万岁寿。皇帝说“：你们在烛火送到时告辞，又献上千万岁寿，我当回报你们《南山》之诗。”于是，他便说：“烛至辞退，庶姓之礼；在夜载考，宗族之义。你们暂且回去，我要和各宗室亲王在此举行夜饮。”后来，元澄因公事而被免职。不久，又兼任吏部尚书。
恒州刺史穆泰在恒州谋反，朝廷授给元澄持节、铜武、竹使符，左右御杖，仍兼管恒州事。当行进到雁门时，派遣书侍御史李焕先去。到恒州后立即抓住穆泰，穷追同党，所有罪犯都被抓获。巨鹿公陆睿又、安乐侯元隆等一百多人都被关进狱中。将详细情况表奏朝廷。皇帝看完奏表，便十分高兴地说：“我的任城王真是社稷重臣，就算让皋陶来审理，又怎能超过他？”皇帝看着咸阳王说“：你们如果正在那里的话，不可能办成这件事。”皇帝不久驾幸平城，犒劳元澄，并去看了那些叛乱的党人，那些人没有一个说自己是被冤枉的，当时的人无不赞叹。皇帝对左右的人说：“必也无讼，我今天亲眼见到了。”于是，任命元澄为正尚书。
皇帝南征时，留下元澄守卫京都，又兼右仆射。元澄上表请求以自己封国的一年的租赋和布帛资助军队使用，皇帝只同意接受一半。皇帝又到邺城，见到公卿们便说：“我昨天进城时，见到车上的妇女有戴着帽子，身穿小短袄的，尚书为什么没有注意到？”元澄说“：穿的人还很少。”皇帝说“：任城王想让全城都穿上吗？一句话可以使邦国丧亡，说的正是这样。可让史官把这件事记下来。”他又说“：王者的辅助大臣不是从天而降的，而是选拔有才能的人加以任用。我用人失当，你竟听任一群妇女穿着这样的奇服，我自当再行挑选。任城王在官署中办事，是让天下人遵从纲纪法度，还是处理日常事务呢？”元澄说“：我实在是到那里办理一下事务而已。”皇帝说“：要是这样的话，只要任命一位令史去办就行了，何必让你去呢？”不久便改任元澄为尚书右仆射，随从皇帝南征。孝文帝逝世时，受命佐政。
宣武初年，有一位前来投降的人叫严叔懋的报告说，尚书令王肃派孔思达私通齐国，准备叛变。元澄相信了他的话，便上表说，王肃将要叛变，立即将他监禁起来。而咸阳王、北海王上表说元澄擅自拘禁朝廷宰辅大臣，于是被免官回来。不久又被任命为开府、扬州刺史。他一到扬州，便加封增修孙叔敖的陵墓，捣毁蒋子文的神庙，同时上表请求修建和恢复皇室宗族的学堂，开设四科教学。皇帝下诏同意这一建议。
起先，朝廷中商议南征的计划，任命萧宝夤为东扬州刺史，驻守东城；陈伯之为江州刺史，戍守于阳石。任命元澄总督二镇，给予管辖指挥权。元澄便派遣统军傅竖眼、王神念等进军前往大岘、东关、九山、淮陵，分派诸将，日夜兼程占领这些地方。元澄统率大军，络绎不绝，首尾相接，所到之处，捷报频传，朝廷下诏书予以表彰。不久遇到大雨，淮河水暴涨，元澄领军回归寿春。回兵时十分狼狈，损失兵士四千多人。元澄连续上表请求免去扬州刺史的职务，皇帝不答应。有关方面上奏，请求免去其开府名号，又降了三级。
转任镇北大将军、定州刺史。起先，这里的百姓常常被征收各种额外的赋税，他们都觉得烦恼愁苦。前任的州官未能免除。元澄把这些负担大多减免了，又明订了各种奖罚升降的条令，上表请示朝廷，减少园林所占土地，分给无业的贫民，布绢不能当做衣服用的不让再织造，百姓们十分高兴和仰赖他。他的母亲孟太妃去世，元澄在居丧期间，十分伤心，世人都称赞他的孝行。守丧期满，被任命为太子太保。
这时，高肇当政，猜忌有才能的皇亲国戚。元澄受到高肇的诬陷，经常害怕难以保全自身，便整天喝得醉醺醺地，以表示自己荒废颓唐。他的行为奇特，被时人看作是狂荡不经。宣武帝在夜间去世，事情发生得十分突然，高肇在外面手握重兵，明帝年幼，朝野人心惶惶不安。元澄虽然受到疏远罢斥，可是在朝中仍是众望所归。领军于忠、侍中崔光等奏请任命元澄为尚书令，于是众人才感到欣慰和信服。不久又改任司空、加侍中，随着又下诏兼领尚书令。
元澄向朝廷进上《皇诰宗制》和《训诂》各一卷，想让太后读后，多想想劝诫的益处。又上奏有关利国利民所应注意去做的十条：一是度量衡应当一致，公家和私人目前不同，应当统一起来；二是应兴办学校，以明示提升和罢免的法规；三是应当兴灭国、继绝世，各举荐所了解的人才；四是在征收了五种赋调之外，一样也不再干扰民众，需使用民力的，不要超过三天；五是治理民众的官员，都应加以晋升或罢免，以示有赏有罚；六是逃亡户代缴租税的，离开原地时间已久的，如果不是工匠，应当允许他们居住下来；七是边境上的兵士已经逃跑的，或者确实已死于战场的，都应认真检查确实，三长和他们的近亲，如果确实加以隐藏，向他们征收应代缴的赋税，没有隐藏的就不要找他们的事；八是世代从事工商的人家，又向他们征收租调，他们就难以维持下去，请求从现在起免去他们的租调，让他们安心从事本业；九是严禁三长欺诈瞒骗，不得隔层相兼任职，户数不足的，就近合并；十是羽林军和武贲兵士，当边境发生战争时，可以暂时出征作战。正常时期的守边任务，应当派军队轮换驻守。灵太后把他的奏章批下来交百官们审议，这些条条有的被采纳有的被否决。
当时四方中郎将兵少势弱，不足以防守京城。元澄上奏说，应当由东中郎将兼管荥阳郡，南中郎将兼管鲁阳郡，西中郎将兼管恒农郡，北中郎将兼管河内郡。挑选二品、三品中比较亲近和贤能的两者兼具的官员们担任，减少不急之务，给四中郎将配置强兵。这样就能够作到深根固本，主干强劲而枝叶减弱。灵太后打算听从他的建议，可是因后来在商议中有不同的意见，便没有实行。不久，元澄因为有病，上表请求免去职务，朝廷不答应。
元澄又觉得北方边境挑选任用镇将时过于轻率，恐怕敌人入侵边境时，危及山陵，因此上奏朝廷请求认真选用北部的镇将，以严密防守警戒。朝廷不肯听从。后来敌寇入侵，直到旧都城，而镇将们大多不称职，各处发生叛乱，进逼皇家陵园，确实像元澄原先担心的那样。
元澄又上奏说“：如今都城中府寺都没有建筑完备，现在军事稍停，不要再征召民众，请调用各杂务人员以及司州郡县中犯罪应责打十大板以上、百鞭以下之人改为收取赎罪之物，让交纳绢一匹、送砖二百块，以便逐渐修建。”朝廷诏令听从办理。但太傅、清河王元怿上表反对这件事，因而未能实行。
元澄又奏说：“司州牧、高阳王雍拷打奉朝请韩元昭、前门下录事姚敬贤致死，虽然是因公而办案，于理却不合。为什么呢？如果韩元昭等人罪恶昭彰，可定为死罪，就应当在都市中用刑，当众弃市；如果仅出于怀疑有罪，情况尚未查清，不应让三清九流之内的官员，死于杖下，草菅人命，伤理败法。往年他在州中任职时，在大集市上鞭打致死五人，可是检查这些人的赃物，却没有一点证据。如今又酷刑伤人，竟至于此。朝野议论纷纷，都觉得十分惊异。如果生杀之权在下面，为臣子的可以专行暴虐，那么，国君的权力，又有什么用途？请将这件事交付廷尉追究，检验他们逼迫的情形，追查他们被拷打致死的理由。”朝廷下诏听从。元澄当官，对各种事情都不加回避。他又上奏有关垦田中分配给人以及接受者之间的八条规定，很有条理。西域的口厌哒、波斯各国，都通过他们的公使们送给元澄骏马一匹。元澄请求交给太仆，充实到国家的马厩中。朝廷下诏：“任城王廉洁忠贞的品德，超过了楚相孙叔敖，可以让他交付马厩，以成就君子之大美。”
御史中尉、东平王元匡奏请朝廷，取出景明元年(500)以来朝廷内外的考绩簿籍、吏部的任命官员登记册、中兵功勋登记簿和各种考核官吏的资料，准备从中检查出冒升官阶窃取官职的人员。灵太后应许了他的请求。元澄上表认为：“御史的职责，根据传闻纠察。至于冒称功勋而得品级，各处情况不同。如果传闻是某一处有问题，就应当检查这一部分的材料。如果差别很大，虚假的情形必然败露，然后以典章刑法加以处置，谁敢不服？岂能因为某一处出现问题就全部追究已经隔代所发生的差错，这样追究过失，谁能承担罪责？这实在是圣朝所应慎重处置的大事啊！”灵太后采纳了他的意见，停止查办。后来，又改任元澄为司徒公，侍中、尚书令依旧。
神龟元年(518)，朝廷下诏加赐女侍中们貂蝉，和宫廷外面的侍中服饰相同。元澄上表进谏说：“高祖、世宗时都有女侍中的官职，没有看见把金蝉连缀在象珥上，把鼠貂竖在鬓发上。江南伪晋时，穆何皇后曾经给女尚书的冠上加饰貂..，这是衰乱的世道，妖异的服饰。况且由妇人来穿男子的服装，是阴盛到极点而转化为阳，所以从穆、哀帝之后，国家很快就灭亡了。因此刘裕能够篡权叛道。礼乐仪表，各种变化，是风化的本原，请求仍依照过去的礼仪，收回原来颁发的诏书。”皇帝听从他的意见。
当时，灵太后非常喜欢大兴土木，在京城建起永宁、太上公等佛家寺庙，人力金钱耗费不少，在外地各州也都修建五层佛塔。又经常为各种斋会施舍财物，动则以万计。老百姓因修建各种土木工程而疲惫不堪，金银的价格扶摇直上。削减和侵夺百官们的俸禄和人力，耗费国库中积蓄的钱财。同时，她又任意赏赐身边的人员，每天多达数千。元澄上表极力说明这些事的得失。虽然最终没有被采纳，但灵太后经常很客气而有礼貌地加以答复。朝政事务，不论大小，都召他参与。元澄也尽心辅佐朝廷，凡是所办的事情于民众不利的，元澄必定竭力劝谏，十分认真，反复不断，朝廷内外人都敬重他并对他有所惧怕。
神龟二年(519)去世，追赠假黄钺、使持节、都督中外诸军事、太傅、领太尉公，给予特殊的礼遇，备有九锡，依照晋朝大司马齐王攸的作法，谥号为文宣王。元澄安葬的时候，各种丧器都装饰得非常齐全，灵太后亲自送到郊外，停车悲伤地痛哭，悲哭之声感动了左右侍从们。百官们前来参加丧礼的有一千多人，无不伤心地哭泣着，当时的人都认为这是丧礼中最为荣耀的一次了。元澄的第四位儿子彝承袭了他的爵位。
元彝字子伦，是元澄的后妻冯氏所生的，颇有他父亲的风度。被任命为通直散骑常侍。当元叉专权时，元彝耻于依附他，所以得不到显要的职位。庄帝初年，在河阴遇害。追赠他仪同三司、青州刺史，谥为“文”。