元文都是元则的儿子。他性情耿直，在北周时任右侍上士。隋开皇初年，被任命为内史舍人。炀帝即位后，屡迁至御史大夫，因事而被免职。不久，又被任命为太府卿，在当时很有声誉。大业十二年(616)，炀帝前往江都，下诏让文都和段达、皇甫无逸、韦津等人同任东都留守。炀帝驾崩时，文都和段达、韦津等共同拥戴越王侗当皇帝。越王侗任命文都为内史令、开府仪同三司、光禄大夫、左骁卫大将军、摄右翊卫将军、鲁国公。
不久宇文化及立秦王浩为帝，领兵到达彭城，各地纷纷响应。文都便劝越王侗派使者和李密交通。李密便请求投降，于是，授给李密官爵，以礼接待使者，十分隆重。王世充知道后很不高兴，文都听说后，便暗暗定下杀王世充的计策。越王侗又委任文都为御史大夫，因王世充坚决反对而作罢。卢楚劝文都赶快杀了王世充，文都便带奏书进殿。有人把这件事报告王世充，王世充奔回含嘉城。到夜间，王世充发难，攻进了东太阳门，在紫微观下拜见越王侗，说：“请斩文都，归罪于司寇。”越王侗见王世充兵势兴盛，便派他所任命的将军黄桃树将文都抓出去。文都望着越王侗说“：臣下今晨亡故，陛下也当在晚间及难。”越王侗大哭让人把他带走，身边的人无不十分同情与怜悯，默默无言。当走到兴教门时，王世充传令左右人员用乱刀斩了他，他的几个儿子也同时被害。