元善是元舒的儿子，又名善住。从小跟随父亲到江南，本性好学，通晓《五经》，尤其精通《春秋左氏传》。侯景之乱时，元善回到北周，周武帝对他很礼遇，任命他为太子宫尹，赐爵位为江阳县公，经常拿着经书教授太子。
隋开皇初年，被任命为内史侍郎，凡有陈奏，文辞抑扬顿挫，令听的人深感兴趣。陈国使者袁雅前来问聘，皇帝让元善到馆舍去接受国书。袁雅出门不拜，元善同他论起旧事，说明应当有礼拜的仪式，袁雅无言可答，于是拜见，成礼以后才离开。后来转任国子祭酒。皇帝曾亲临国子学校祭奠先圣先师，让元善讲解《孝经》，元善便详论义理，兼以讽谏，皇帝大喜，说：“听了江阳的讲解，更使我动心。”赏给他绢一百匹，衣物一套。元善的学问在通博方面，比不上何妥，可是他风雅而有器度，举止仪容可观，声音清亮明朗，所以被后起的人所仰慕。何妥经常心怀不满，成心想要贬低他。有一次讲解《春秋》，所有儒生全来到，元善私下对何妥说：“名望已经有了公论，不要相互为难。”何妥也答应了。可是到讲台以后，何妥便引用许多古今争议不清的问题来为难他，元善大多回答不出，两人由此产生了仇隙。
元善认为高赹是当宰相的合适人选。他曾经对皇帝说：“杨素过于粗俗，苏威为人懦弱，元胄、元..正像鸭子一样。可以托付社稷的，只有高赹。”皇帝起初也赞同他的说法。当高赹得罪之后，皇帝认为元善的说法是替高赹进行游说的，便深加责备。元善忧惧交加，开始得了消渴病，后来病重而死去。