侯瑱,字伯玉,是巴西充国人。父亲侯弘远,几世都是西蜀的豪强。西蜀的贼徒张文萼占据白崖山,有部众万人,梁益州刺史鄱陽王萧范命令弘远征讨,侯弘远战死于战场。侯瑱坚决要求替父亲报仇,每次作战都当先锋,终于斩了文萼,从此远近知名。他便侍奉萧范,萧范委任他为将帅。山中的夷族、獠族不肯归附的,都派侯瑱征讨。他因多次立功而被任命为轻车府中兵参军、晋康太守。萧范任雍州刺史时,侯瑱被任命为冯翊太守。萧范改为镇守合肥时,侯瑱又跟随他。

侯景包围台城后,萧范便派侯瑱辅佐他的世子萧嗣入京都救援。当台城陷没后,侯瑱和萧嗣一起退回合肥,并随着萧范转去镇守盆城。不久,萧范和萧嗣都死去,侯瑱就率领了他的部众,去依靠豫章太守庄铁。庄铁对侯瑱有疑心,侯瑱惊恐不安,假装请庄铁商量事情,用刀杀了他,占了豫章。

后来侯瑱投降了侯景的部将于庆。于庆把侯瑱送到侯景那里,侯景因为侯瑱和自己同姓,就认为同宗族人,对待他很好。侯景将侯瑱的妻子和弟弟留下当人质,派侯瑱跟随于庆去讨平蠡南各郡。当侯景在巴陵失败时,侯景的将领宋子仙、任约等都被西军俘虏,侯瑱便杀了侯景的同党以接应义军,侯景也杀了侯瑱的妻子和弟弟。梁元帝任命侯瑱为南兖州刺史、郫县侯。并随都督王僧辩讨伐侯景,每次都充当先锋。收复了台城以后,侯景逃往吴郡,王僧辩派侯瑱追赶侯景,在吴松江将他打得大败。因功侯瑱被任命为南豫州刺史,镇守姑孰。

当齐国派郭元建从濡须出兵时,王僧辩派侯瑱去抵御,大败郭元建。魏进攻荆州时,王僧辩派侯瑱为前军前去救援,但还未到达而魏已攻克荆州。侯瑱镇守九江,并护卫晋安王回京都。晋安王承制,任命侯瑱为侍中、江州刺史,加都督,改封为康乐县公。当司徒陆法和占据郢州,领齐兵来侵犯时,又派侯瑱西征,还未到达而陆法和已经到齐国了。齐派慕容恃德镇守夏首,侯瑱进攻他,慕容恃德粮尽而请和,侯瑱回来镇守豫章。王僧辩派他的弟弟王僧忄音和侯瑱共同讨伐萧勃,当陈武帝杀了王僧辩后,王僧忄音陰谋杀死侯瑱以夺取他的部队。侯瑱知道了,抓了王僧忄音的全部党徒,王僧忄音逃到齐国。

当时侯瑱占据中游地区,实力强盛,又因他原先侍奉王僧辩,所以虽然对朝廷仍以臣子礼节自称,却不肯进朝去。以前,余孝顷当豫章太守,当侯瑱镇守豫章时,余孝顷便在新吴县另外设立了防城的栅栏,和侯瑱对抗。侯瑱将军人的妻子留在豫章,让他的堂弟侯大渊在豫章处理留下的事务,带领全部人马攻打余孝顷,从夏天打到冬天还不能攻下。侯大渊和他的部下侯方儿不和,侯方儿进攻侯大渊,收了侯瑱军府中的妓妾和金玉财宝前去归附陈武帝。侯瑱既已失去根本,轻骑回归豫章,豫章人拒绝让他入城,他便前往盆城,投到他的部将焦僧度那里。焦僧度劝侯瑱投奔齐国,侯瑱认为陈武帝有大器量,必定能够容纳自己,便到朝廷请罪,陈武帝恢复了他的爵位。永定二年(558),晋位为司空。文帝即位,又进任太尉。王琳到栅口时,朝廷又任命侯瑱为都督,侯安都等都隶属于他。

天嘉元年(560)二月,王琳率领他在合肥、巢湖的部众,乘船依次而下。侯瑱领军队进至兽槛洲。第二天两军交战,王琳军队略略后退。晚上,东北风将王琳的船只全都刮坏了。夜里有流星坠入敌人营垒中。当天亮后风停了,王琳进到江边,用鹿角围在岸上,不敢再出战。当时西魏的将领史宁占据上游地区,侯瑱得知后,知道王琳难以维持很久,便把军队收回据守湖边,等待对方自败。史宁到后,包围了郢州。王琳害怕众人溃散,便带领船只东下,在离芜湖十里的地方停泊。第二天,齐人派兵援救王琳。侯瑱让军中烧早饭并在寝席上吃饭,船停在芜湖的洲尾等待王琳。准备交战时,有微风从东南而来,众军施放火种,定州刺史章昭达乘坐平虏大舰从江中进击,王琳军队大败,逃走而幸免死亡的只有十分之二三,王琳因此跑到齐国去了。

当年,诏令侯瑱为都督五州诸军事,镇守盆城。周将贺若敦、独孤盛等来攻巴、湘时,又任命侯瑱为西讨都督,大败独孤盛的军队。他因功被任命为湘州刺史,改封零陵郡公。天嘉二年去世,追赠为大司马,谥为“壮肃”,配享于陈武帝的庙中。他的儿子侯净藏继嗣,娶了陈文帝的女儿富陽公主。