萧会理字长才，从小聪明灵慧，喜爱文史。十一岁时，萧会理成了孤儿，因此特别受到梁武帝的宠爱，给他的衣服、礼仪和品爵都和正王待遇相同。十五岁时被任命湘州刺史，他总是相信他身边的人所出的主意，行事刘纳因此而经常限制他的行动。萧会理心里很不高兴，他设法找到刘纳收取贿赂的证据，将他拘禁起来送往建邺。刘纳叹息着说：“我一见到天子，就会让你们知道后果。”萧会理厚送给刘纳钱粮，几次派人前往安慰。同时却让心腹到青草湖扮成强盗，将刘纳全家百口人全部杀光。后萧会理累升而担任都督、南兖州刺史。太清元年(547)，萧会理总督众军北侵魏国，到彭城时，被魏军打败，退回本镇。
太清二年，侯景包围了京城，萧会理领兵入京救援。正值北徐州刺史封山侯萧正表准备接应他的哥哥萧正德，表面上声称前往救援，实际上准备偷袭广陵。萧会理打败了萧正表，这才得以沿着道路进军。台城陷落以后，萧会理回到本镇。侯景派遣前临江太守董绍先带着梁武帝亲笔手书来召回萧会理。萧会理的幕僚们说：“董绍先的书信哪里是皇帝的本意！”都劝萧会理拒绝接纳。萧会理采纳了典签范子鸾的计谋，便说：“皇上年纪大了，受制于贼寇，如今既然有亲笔信召我入朝，臣子之心，怎么能够违背呢？况且如今身居江北，功业也难以成就，不如亲自前往京都，在天子身边再作图谋。”于是接纳了董绍先。
董绍先进城之后，用一杆黑旗指挥众军，将萧会理单骑送回京都。侯景让萧会理任司空兼尚书令。萧会理虽然在贼寇的控制之中，总是想着恢复朝廷的大计，他和西乡侯萧劝等人暗中布置了许多心腹，交结壮士。当时范陽人祖皓斩了董绍先，占领广陵城起义，打算以萧会理作为内应。祖皓失败，供辞中提到萧会理。侯景假传诏书免去萧会理的官位，但仍让他以白衣的身份担任尚书令。
当年冬天，侯景前往晋熙，京都兵力虚弱，萧会理又和柳敬礼以及北兖州司马成钦谋议。柳敬礼说：“要办大事时必定要有资本，如今身边没有寸兵，怎么能够行动？”萧会理说：“湖熟有我的故友旧人三千多人，昨天前来告知，准备确定日期响应集合起来。合计敌人的守军也不过一千人，如果有大兵从外部进攻，我们在内部接应，直接拿下王伟，事情必定成功。即使侯景知道后归来，也无能为力了。”柳敬礼说：“好！”当时京城的百姓都厌恶贼军，很想为朝廷效命。但建安侯萧贲把这项计谋报告了王伟，王伟便把萧会理和他的弟弟通理抓住必了起来。
当时有位钱塘人叫褚冕，是萧会理的旧交，也被关押在京城监狱中，贼寇审问他有关事情的起因，拷打他数以千次之多，但他始终没有说出。萧会理在隔壁听到声音，远远地说：“褚郎，你不就因为我而致于此吗？但你一定不要说话。”王伟杀了萧会理等人，而褚冕到底不服罪，王伟便放了他。
萧会理的弟弟通理字仲宣，任太子洗马，受封为祈陽侯，到这时也同时遇害。