樊深字文深，河东猗氏人。
早年丧母，侍奉继母十分恭谨。
少年好学，背着书到三河拜师，讲习《五经》，昼夜不倦。
魏永安年间，随军征战，以功劳授荡寇将军，先后升任伏波将军、征虏将军、中散大夫。
曾在读书时见到吾丘子，于是回家侍奉父母。
魏孝武帝西迁后，樊、王两姓聚众举义，被东魏所杀。
樊深的父亲樊保周、叔父樊欢周同时被害。
樊深在逃跑时，坠下悬崖，摔伤足部，两天没有吃饭。
后来看见一筐面饼，很想吃，但是又想到继母年老瘫痪，或许未被掳去，就忍住不吃。
夜里爬着寻找母亲，偶然相遇，拿给母亲吃。
回家以后，又立即逃走，改换姓名，在汾州、晋州之间求学，学习天文历算之术。
后来被人告发，押送河东。
适逢魏国将领韩轨的长史张曜看重他的儒学，请他到自己家，樊深乘此得以隐居。
太祖平定河东以后，追赠樊保周为南郢州刺史，樊欢周为仪同三司。
樊深回去安葬父亲，背土垒起坟茔。
不久，于谨引荐他担任府参军，让他在馆内教授子孙。
授抚军将军、银青光禄大夫，升任开府属，转任从事中郎。
于谨任司空后，让樊深担任咨议。
大统十五年(549)，代理下圭阝县令。
太祖在东馆设学，教授众将子弟，让樊深担任博士。
樊深经学渊博，每次讲解，都多次征引汉、魏以来各家解释，再进行阐发。
所以后辈人对他的讲解无法领悟，都在背后讽刺他说：“樊生讲解征引多家，无法理解。”但是儒师们都推崇他知识广博。
樊深生性好学，到老也不懈怠。
早晚往返，常常坐在马上读书，以致坐骑受惊而摔到地下，折断手脚，但始终不改。
后来授国子博士，赐姓万纽于氏。
设置六官后，授太学助教，升博士，加车骑大将军、仪同三司衔。
天和二年(567)，升县伯中大夫，加开府仪同三司衔。
建德元年(572)，上表请求退休，诏命允许。
朝廷有什么疑难，还常常召他询问。
后来因病去世。
樊深不仅专心习经，还泛读各种史书，以及《三苍》、《尔雅》、书法、阴阳、占卜之类的书。
他的学识虽然渊博，但口才不行，因此不被当时人称许。
著有《孝经》一卷、《丧服问疑》一卷、《七经异同说》三卷、《义纲略论》及《目录》三十一卷，都在世上流传。