萧宝夤，字智亮，萧鸾的第六个儿子，萧宝卷的同母弟弟。萧鸾窃居皇位之后，封萧宝夤为建安王。宝卷继位后，任命他为车骑将军、开府，领石头城戍守军事。宝卷昏愦狂虐，其直后刘灵运等人谋求奉立萧宝夤，秘密派人报告宝夤，宝夤答应了这件事。于是迎接萧宝夤率领石头城文武官员兵卒向宝卷所居的台城进发，号称清理君侧，百姓随从的有数百人。当时正好是傍晚，城门关闭，宝夤于是焚烧三尚以及建邺城，城上射下的箭矢杀死了数人，大家于是奔散而去。萧宝夤弃车奔逃，被部尉捉拿送到宝卷那里，宝夤自己申述是被人所逼，宝卷也就不再怪罪他。宝卷弟弟宝融继立，任命宝夤为卫将军、南徐州刺史，改封鄱陽王。
萧衍攻克建业，杀其兄弟，准备加害萧宝夤，以兵守候他，但攻迫不太紧急。他家太监颜文智与左右麻拱、黄神密谋，穿破墙壁，让宝夤在夜里逃了出去。在江岸边准备好小船，脱下原来衣服，穿上乌布襦衣，腰间系上千文左右的钱，偷偷溜到江边，脱掉鞋子，光脚行走，脚上的皮都走掉了。防守的人到天亮时才发现，追到江边，宝夤装扮成钓鱼的，随流漂浮上下十余里，追赶的人没有怀疑，等到他们散去，才渡到长江西岸。于是宝夤委命投奔华文荣。文荣与其养子天龙、惠连等三人，弃家把萧宝夤藏在山涧之中，租来驴子让他坐上，昼伏夜行，景明二年(501)到了皇魏寿春的东城戍。戍主杜元伦查寻一番，知其确实是萧氏之子，便以礼相待，驰马禀告扬州刺史、任城王元澄，元澄以车马侍卫迎接他。当时宝夤十六岁，长时的徒步行走，使他形容憔悴，见到的人都以为他是被掠夺出卖的奴隶。元澄以客礼待他。宝夤请求元澄给他服丧的衣服，元澄派人晓示情礼，按丧兄的礼制，给他齐衰丧制的衣服，宝夤从命。元澄率领官僚前去吊唁，宝夤居处有礼，不饮酒不吃肉，不笑寡言，全同极哀的礼节。寿春城有许多故旧，都受其慰唁，只是不见夏侯一族，因为夏侯苟同于萧衍的缘故。改日萧宝夤到元澄那里，元澄深深地器重他。
景明三年(502)闰四月，帝下诏曰：“萧宝夤深识大理，归诚我魏，实属有道之举，他冒险履艰，投命朝廷，微子、陈、韩也不能超过他。可派遣羽林监、领主书刘桃符到任城王那里迎接。其资生所需之物，以及衣冠、车马、在京的住房，交尚书都把它们准备好。”等萧宝夤到了京城，魏世宗很优厚地对待他。宝夤伏诉皇阙之下，请兵向南征伐，虽遇暴风大雨，他始终不移动。
这年冬天，萧衍江州刺史陈伯之与其长史褚胄等自寿春前来投降，萧宝夤请军立即前去受降。魏世宗以宝夤所述十分诚恳以及伯之所述，觉得时不可失，景明四年(503)二月，世宗于是召集高级官员到宫内讨论部署兵力的方法。四月，除萧宝夤为使持节，都督东扬、南徐、兖三州诸军事，镇东将军，东扬州刺史，丹陽郡开国公，齐王，配置兵力一万人。任命文智等三人为积驽将军，文荣等三人为强驽将军，都为军主。萧宝夤虽然少被流俗所羁，但他志性雅重，过了丧服之期他仍然不食酒肉，惨形悴色，蔬食粗衣，从不嬉笑。等到受命南伐，贵臣显要多前来凭托，他府上门庭宾客若市，掌管书写记录的官员也相寻而来，萧宝夤接对应答，分毫不失其理。
正始元年(504)三月，萧宝夤到了汝陰，东城已被攻陷，于是停驻在寿春栖贤寺。这时，正逢敌姜庆真侵犯国境，老百姓纷纷归附，敌人围逼寿春，攻占据守在外城。宝夤亲穿战甲，率领部下打击敌人，两军自四更交战，战斗持续到第二天晚上申时，敌人越来越多。萧宝夤因兵少无援，退兵入金城。然后，又率军出相国东门，督军力战，才把敌人打退。萧宝夤寿春一战，勇冠诸军，闻见之人无不觉得他非常英勇。七月，还军京师，朝廷改封其为梁郡开国公，食邑八百户。
等到中山王元英南伐，萧宝夤又上表请征。于是朝廷任命他为使持节、镇东将军、别将以继元英，配备羽林、虎贲五百人。与元英一起频频破败萧衍部队，乘胜又攻打钟离。可正逢淮河洪水泛滥，萧宝夤与元英狼狈引退，士兵被淹死的十成有四五成。有关部门启奏萧宝夤据守东桥不力，才导致军败，理应处之以极刑。帝诏曰：“萧宝夤因难投诚，宜假以宽贷，可免死，免官削爵放还归家。”
不久，萧宝夤娶南陽公主，帝赐帛一千匹，并赐给礼具。公主有妇德，侍奉萧宝夤竭尽夫妇之礼，虽然二人成亲多年，而她仍恭敬如初。萧宝夤每每回家入室，公主必定站在门口等着他，相遇如宾，不是太妃病重，她从来没有回娘家去过。宝夤性情温顺，待妻以礼，奉敬公主，夫妻和和睦睦，清河王元怿看在眼里，亲近而看重他。
永平四年(511)，卢昶攻克萧衍朐山戍，让琅笽戍主傅文骥驻守那里。萧衍派兵攻打傅文骥，卢昶督军救助，皇帝下诏让萧宝夤为使持节、假安南将军、别将，长驱救战，听从卢昶调遣。帝赐给帛三百匹，世宗在东堂与他饯别。诏书曰：“萧衍送死，连兵再犯我境，卿忠规内树，孝诚外亮，此番前去，必欲鞭尸吴墓，戮衍江陰，因此授卿以总统之职，朕完全依仗卿而静候喜报，卿应勉力征战。”萧宝夤回答说：“仇耻未报，枕戈待旦，为臣虽无申包之志，但臣不敢忘伍子胥报仇之心。而今仰仗陛下神谋，为臣督促将帅，誓必摧敌气势，完成君王重托。陛下亲为臣饯行，为臣不胜感泣。”说着泪如雨下，哽咽良久。后来，卢昶军队惨败，只有萧宝夤全师而还。
延昌初年，朝廷提拔他为安东将军、瀛州刺史，复其齐王爵位。延昌四年(515)，迁任抚军将军、冀州刺史。等到大乘发生叛乱，萧宝夤派兵讨伐，屡屡被敌人战败。大军到后，灭了敌人。灵太后临朝，萧宝夤大军还归京师。
萧衍派他的将领康绚在浮山拦起堤坝，蓄淮河水准备灌淹扬州、徐州。朝廷提升萧宝夤为使持节、都督东讨诸军事、镇东将军以讨伐康绚。不久又封他为梁郡开国公，封邑在济州濮陽。熙平初年(516～517)，敌人修成水坝，淮河水乱流，眼看就要危及扬州、徐州，萧宝夤在堰坝上游，更开新渠，引水注入淮泽，水势稍微减小。他又派轻车将军刘智文、虎威将军刘延宗率领千余名壮士，乘着黑夜渡过淮河，放火焚烧敌人的竹木营寨，攻破敌人三处营垒，斩杀俘获敌人数千名，斩杀敌人的直..将军王升明后还归本营，大火连烧数日。萧衍将领垣孟孙、张僧副等率水军三千人，渡过淮河，北攻统军吕叵。萧宝夤派府中司马元达、统军魏续年等率军攻打，消灭了敌人，孟孙等人奔散退去。朝廷授他为左光禄大夫、殿中尚书。萧宝夤又派军主周恭叔率领数百壮士，乘夜晚渡到淮河以南，焚烧萧衍的徐州刺史张豹子等十一座大营，敌人受到惊扰，互相杀害的很多。萧宝夤还归京城，又被朝廷除任为使持节、散骑常侍、都督荆、□、东洛三州诸军事、卫将军、荆州刺史。宝夤未前去就任，又被任命为殿中尚书。
萧宝夤在淮堰的时候，萧衍给他写了一封信说：“朕谢罪齐建安王宝夤。您的亡兄长沙宣武王，过去曾任职汉中，当时正值北边寇侵华陽，他身处绝隅，内无蓄积兵粮，外无救援之军，真可谓是守危疏勒，但他计超田单，却终能保全境域破灭敌人，以弱为强。朝廷使者到州之日，君臣动色，左右相贺，齐明帝每每念及此功，未尝不停箸嗟叹。等到张永、崔慧景事出，大将覆军于外，小将怀异心于内，事态危为累卵，形势急迫过于一发千钧。您的亡兄忠诚勇敢，精神奋发，旋师大岘，累日重围敌人，一鼓作气，击溃敌人，平定慧景之乱，他的功劳超过齐桓晋文。您的亡弟卫尉，兄弟同心戮力，尽心于帝廷内外。然而，你们巨大的功劳不见回报，反而全家却遭劫难，家中百口尽被处死。朕于齐明帝外有戡敌之力，内尽帷幄之诚，日自三省，自己没有些微过错，虽然自己身处边外，也不免受到牵涉。齐明帝派刘山陰轻舟西上，被朕掩袭擒拿。当时形势危急，事情紧迫，确为不得已才那样做的。当时朕所以要誓师樊邓，会击孟津，本是想剪除梅虫儿、茹法珍等，以雪冤酷，拔济您身家亲属，以求还清白之身。可适逢张稷、王珍国已建大事，宝日至、子晋屡动危机，朕迫于乐推之心，顺应上天之命，迫不得已才就帝位，岂是朕当初本意。之所以君临天下，绝弃房室，断除滋味，正是为了使四海之民见我为君本心而已。不要说今天朕的位置是那么重要，其实朕之视此，它还不如一草一芥的份量。虽说崆峒之迹难追，但汾陽之志何远。而今朕筑造此堰，卿您当还不了解朕的用意。朕即使对昆虫，犹且不欲加害，哪里谈得上急于争夺无用之地，以苍生之命去打仗呢！正是由于李继伯在寿陽，侵犯我边境，日滋月甚。或攻小城小戍，或抢一村一里。如果朕小相应付，国境终无宁日，会导致边邑争桑、吴楚连祸的局面。所以朕每每制止镇戍将帅，不与计较。李继伯既知朕这个想法，越发窃土更多。而今修造此堰，只是为了报答李继伯侵略盗取之罪，这既不是什么大事，所以朕便不再移书告知魏廷。卿您幼年即有倜傥之心，早怀纵横之气。从前卿您在石头城举事，虽然不即成功，但行为亦是大丈夫之举。而今羁留河、洛，确实与当年情形相似。即使这样，朕为卿着想，您还不如率领部队，袭据彭城，朕当别遣军马与卿呼应。成功之后，朕便派您兄长子屏侍送卿国庙，并您家室以及诸侄从人。如果您打算归北廷，当更设奇计，以防机事差失，灾难又会来到，您千万别像当年韩信，出现受困于野鸡的局面。”萧宝夤上表把这封信送给朝廷，陈奏他的仇恨之意。朝廷下诏应答。
萧宝夤立志报仇雪恨，屡屡请求居边。神龟年间，出任都督徐州、南兖州诸军、车骑将军、徐州刺史。于是在清河东建起学馆，月初月中引见当地百姓的子弟，和颜悦色，与他们一起讨论经义，萧宝夤勤于政治，吏卒百姓都很敬爱他。共历治三州，都以治绩出名。
正光二年(521)，朝廷征拜他为车骑大将军、尚书左仆射。萧宝夤善于衙门公务，很有名声。四年(523)，萧宝夤上表说：
“臣听说《尧典》有升贬之文，《周书》有考检吏绩之法，虽然其源头难以寻探，但其道理也许可以寻知。大致在于官人用才，审于其人所在的状况；练迹校名，验于政事虚实。哪能不以褒贬得之余论，优劣著于历试的呢？既声誉尽于月初品评，品位定于黄纸，用效于名辈，事彰于台阁，则赏罚标准，就有区别；是用还是不用，并不是没有依据。即使是勇进无退之辈，奔竞于市里之中；过分无边之请，奔驰于高门；显贵之人还是要顾及到自己的声誉品第，慎其予夺。器分定于下，爵位悬于上，不可妄自叨拈的缘故使其这样。
“而今臣窃见考检功绩的典制，义理未明，臣敢尽衷言，试陈万一。什么呢？臣窃思文武的名实，是人生的最高境界；德行的称呼，为人们最重要的东西。忠贞之美，是为朝的美誉，仁义之号，是立身首端，自己不是职在九官之列，任充四域之职，授给这些称号，赋予过誉大名，这将何以克止大名，应对询问。一段时间以来，官不论高下，人无论贵贱，全都饰辞假说，夸饰其美。泾渭同处一波，香恶共容一器，求官的人不能衡量己才大小，予官的人不能校其是非。于是便使官士相混，名与实错，虽说是考校功绩，然事同普调，纷纷漫漫，哪能说得尽。
“又在京官员，一年一考。其中或有所事之主迁移数四，或所奉之君身名废绝，或同僚离索，或同事凋零，虽然当时文簿，记下其事，然日久月深之后，剥落都已干净，同时之人都有去留，谁再掌握其当初勤还是堕？或是停官休息数年，或是分离隔绝数千里，累年之后，朝廷才追访其人声迹，立其考功品第。这些人无不苟相悦附，共为唇齿，饰垢掩疵，妄加善评，只求得到官职就行了，其余什么都不顾惜。即使是贤达的君子，也难免染上这种病患；中人以下，还有什么好说的。官以求请而得到，身以请品而得立，上下互相蒙骗，再没有比这更厉害的了。
“又经常查访人民的忧隐，都是守令的事，这种工作担子不轻，责任也实在很重大。然而等到考校他们吏绩，却都以六年为一期，既而限满代还，又要经过六年才叙职，这样就经过了十二年，才能得到一个官阶。而东西两省，文武闲职、公府散佐、无事冗官，或者数旬才值一次班，或是一月才上两次朝，等到考课之日，却以四年为限。这样十二年中，便会升三级。外任之官以职任辛劳，而升官之路至难；而此类散位虚名上的人，升官的路子却很宽易。凭什么内官外职的升迁悬殊，厚薄如此之大！
“臣又听说，圣人的大宝叫位，想什么办法守住位子叫仁。孟子也说：仁义忠信是天的爵位，公卿大夫是人的爵位。古代的人修立天爵而人爵随之。所以虽然文饰质朴异时不同，污浊隆盛殊世各异，各代无不实其名器，不随便交人掌管。所以赏罚的权柄，无不是君主自持的。以至周代如此和蔼，五叔却无官职；汉代察举，馆陶徒请无复。这难道是那时的君主不重骨肉、厚私亲？确实因为赏罚之间，一念之差，则无以劝勉勤劳；至公做法稍有松懈，则邀官之徒便蠢动相欺。所以人主至慎至惜，殷情考验如此。而况那些亲非同脉，才非秀逸；或充他国之使，始无汗马之劳；或说兴利之策，终无十一之用。都是虚张无功，妄指赢益，坐以获数阶之官，冒成显耀贵势。这样就会使巧诈萌生，诡辞蜂出，大家都挖空心思以求荣耀，千方百计去追逐名利。而掌握权柄的人，也知道这些情况，但是，抑制吧，其流已经漫溢，引导吧，那还有什么纲纪而言。
“大凡琴瑟之音在于和谐，更张是为求其适合音调。去者既不可追，来者犹或宜改。臣查《周官》太宰之职：年终，则令官府各正其司守，接受大家评议，听其述职，而诏于王；三年，则衡查群官的治绩而决定诛赏。愚臣以为：今天可以大致依照其标准，在职官员，每年年终，本部门都明辨其居职日期，记述其才干德行好坏，审核其事实而注明上下，无稽说法，一律不取。列举交给尚书，检查其与事实符合与否。如果有纰缪，即纠正过来并处罚他们，不得又行推诿拖延，容其进退。既定其优劣，善恶交分。平庸下第之官，黜于凡俗以明王法；干练忠清的官员，选拔到重要岗位以记赏赞。汇总奏上。既奏之后，考功曹另外在黄纸、油帛上记写。一份交给本部门的尚书与令、仆的官署，留府存档；一份则交给侍中、黄门衙门，让尚书掌管。这些要严加保管，不得开视，考核官绩的时候，才能一起对照定夺。像这样，就可保存实录，制止奸诈行为。其内官外职考定的办法，裁定非庸职所管，臣请求引朝臣博议，以确立统一的办法。像那些有殊谋异策、做的事情关系国家兴废，远近之人都众口皆碑，物无异议的，自可临时斟酌，不必拘泥常例。至于那些引比他人的诉求，贪荣求级的祈请，如果不把好关口，让其溜过去了，则会蔓草难除，细流逐积，侵害国家大宪，扰乱美好章规。臣以为应明加禁止断除，以保全至治，开返本之路，杜塞弊端之门。像这样那就会使吉士满朝，优劣焕然明晰了。”
皇帝下诏交付官员广泛讨论，以定永恒法式，竟没有结局。
正光五年(524)，萧衍派其将裴邃、虞鸿等人率军侵犯扬州，皇帝下诏令萧宝夤为使持节、散骑常侍、车骑大将军、都督徐州东道诸军事，率领诸将统兵讨伐。接着扬州刺史长孙稚大破裴邃军马，斩杀虞鸿，敌人于是奔散退去。
当初，秦州城人薛珍、刘庆、杜迁等人反叛，杀了刺史李颜，推举莫折大提为首，自称秦王。大提不久死去，他的第四子念生窃取天子之号，改年号为“天建”，设立官员，以子阿胡为太子，其兄阿倪为西河王，弟天生为高陽王，伯父莫折珍为东郡王，伯父安保为平陽王。派天生率领部众出陇东，攻陷氵开城，又攻下岐州，逮住元志、裴芬之等，于是侵犯雍州，屯军黑水。朝廷十分担忧，于是除任萧宝夤为开府、西道行台，率所部东行将统，为大都督西征西贼。魏肃宗到明堂为他饯别。
萧宝夤与大都督崔延伯攻击莫折天生，大破敌军，斩获敌人数十万。追奔到了小陇，军人掠夺民财，以致稽留不前，不速追讨敌人，陇中道路又堵塞起来了。又进军讨伐高平贼帅万俟丑奴于安定，更有败战。当时有天水人吕伯度兄弟，开始与念生一起叛逆，后来与兄吕众在显亲自保，又聚众讨伐念生，战败之后，降归胡琛。胡琛任命吕伯度为大都督、秦王，给他提供士兵马匹，又征秦州，在成纪大败念生的将领杜粲，又破其金城王莫折普贤于水洛城，于是到显亲。念生率领人马，亲自迎战，伯度又被打得大败。于是吕伯度背着胡琛，袭击胡琛的将领刘拔，打败击退刘拔，派其兄子吕忻和率领人马东引国军。莫折念生迫于情急，于是诈降于萧宝夤。朝廷喜伯度立义之功，授给他抚军将军、泾州刺史、平秦郡开国公的官爵，食邑三千户。而大都督元修义、高聿，停军陇口，久久不行西进。莫折念生又反，吕伯度终被丑奴所杀。所以贼势更甚。萧宝夤不能制止。孝昌二年(526)四月，朝廷除授萧宝夤为侍中、骠骑大将军、仪同三司、假大将军、尚书令，赐予后部鼓吹，增加封邑千户。萧宝夤初自黑水，终至平凉，与敌相对，数年攻战，敌人也很惧怕他，关中地域得以保全，全赖宝夤之力。
孝昌三年(527)正月，除授司空公。萧宝夤出师既久，兵将疲惫，这个月大败，还军雍州。仍停长安，收拾离散的人马。有关部门议处宝夤死罪，帝诏恕罪削职为民。四月，朝廷又除授其为使持节，都督雍、泾、岐、南豳四州诸军事，征西将军，雍州刺史，假车骑大将军，开府，西讨大都督，关西军马，都受其节度。九月，莫折念生被其常山王杜粲所杀，一门尽被斩戮。杜粲据州请求归降萧宝夤。十月，朝廷除授他为散骑常侍、车骑将军、尚书令，恢复旧封。
这时，太行山东、关西、寇贼横行，王师屡屡败北，人情沮丧。萧宝夤自觉出军累年，费损很大，一旦兵败，恐怕要遭猜忌罪责，心里很不安稳。朝廷又派御史中尉郦道元为关中大使。宝夤说这是朝廷想算计他，更加惶恐不安。而长安轻薄之徒，又加劝说。道元行到陰盘驿，萧宝夤密派其将郭子恢等攻而杀之，诈收道元尸体，上表谎称其为敌人所害。又杀了都督、南平王仲礒。这个月，萧宝夤反叛朝廷，僭立帝号，大赦部管域内，称号隆绪元年，设置百官。又派郭子恢东侵潼关，行台张始荣围攻华州刺史崔袭。帝下诏让尚书仆射行台长孙稚讨伐。当时北地人毛鸿宾与其兄毛遐招集义民为兵，准备讨伐萧宝夤。宝夤派其大将军卢祖迁等攻打毛遐，被遐所杀。宝夤又派其将侯终德前去攻打毛遐。恰逢郭子恢被官军打败，长孙稚又派子长孙子彦在华州攻破始荣，终德因此受挫，回戈复取萧宝夤。军队到了白门，萧宝夤方才觉察到，率军与终德交战，战败，宝夤携公主以及小儿子与百余名部下，从城后门出逃，渡过渭桥，投奔宁夷巴人张宕昌、刘兴周家。不久奔归丑奴，丑奴以萧宝夤为太傅。
永安三年(530)，都督尔朱天光派贺拔岳等在安定大破丑奴，追擒丑奴、宝夤，一并送到京城。帝诏安置在阊阖门外都街之中，京师百姓，都来观看，一共经历三天。吏部尚书李神俊、黄门侍郎高道穆都与萧宝夤素有旧情，二人相约，一同言于庄帝，说“其叛逆也是前朝的事”，希望能赦免死罪。恰逢应诏王道习当时从外面进来，庄帝问道习在外面听说了什么。道习说：“只听说陛下不想杀掉萧宝夤。”帝问缘故。道习说：“人们说：李尚书、高黄门与萧宝夤交情很好，二人都身处近臣位置，必定能够保全宝夤性命。”道习说：“如说宝夤叛逆是在前朝，便可宽恕他。但萧宝夤败于长安，走为丑奴太傅，难道不是陛下您临治之日？贼臣不杀，法律怎么实施呢？”庄帝觉得有道理，于是赐宝夤在太仆碆牛署自杀。萧宝夤将死时，李神俊提酒前来与他叙旧，二人对之，李神俊泪下。而萧宝夤泰然自若，一点也不害怕，只说“推天委命，只恨不能终其臣节”而已。公主携家眷与萧宝夤诀别，痛哭极哀。宝夤死时，面不改色。萧宝夤有三个儿子，都是公主所生，但都平庸陋劣。